genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  74  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11744229--11744812	159	3.7	158	76	5	557	24	29	27	18	1.98
11745184--11745620	157	2.8	158	80	4	423	23	31	26	19	1.98
11745184--11745683	158	3.2	157	78	4	477	23	30	25	20	1.99
11745657--11745714	26	2.2	27	87	3	82	25	18	25	29	1.98
11746024--11746076	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
11746524--11746576	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11747429--11747481	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11747625--11747678	27	2.0	26	89	10	83	27	16	25	29	1.97
11750201--11750253	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11750226--11751796	657	2.4	656	81	4	1815	24	29	26	19	1.99
11751511--11751881	159	2.4	157	81	4	399	24	32	25	17	1.97
11751855--11751905	25	2.0	26	96	3	95	25	19	27	27	1.99
11752063--11752115	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
11752247--11752317	25	2.8	26	89	4	108	26	19	29	23	1.98
11752247--11752324	26	3.0	26	83	10	106	26	20	28	24	1.99
11752481--11752533	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11752506--11752886	156	2.4	157	80	5	432	23	30	27	18	1.98
11753517--11753569	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
11753897--11753948	26	2.0	26	96	3	97	28	17	23	30	1.97
11753921--11754353	159	2.7	159	79	4	464	23	29	27	19	1.98
11755379--11755431	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11755623--11756114	158	3.1	158	74	9	349	21	28	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11756088--11756140	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11756455--11756507	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11757799--11757851	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
11758429--11758476	25	1.9	25	91	0	78	27	18	25	29	1.98
11758655--11759012	158	2.3	158	78	3	371	24	28	26	20	1.99
11759125--11759177	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11759305--11759360	26	2.2	26	93	6	96	26	19	25	28	1.99
11758231--11759908	680	2.4	685	81	5	1890	23	27	27	21	1.99
11759807--11759857	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
11760111--11771300	597	18.8	597	94	1	19858	39	17	12	30	1.86
11761184--11761444	126	2.1	125	78	4	265	37	15	14	31	1.89
11761780--11762011	125	1.9	125	84	1	313	39	16	13	31	1.87
11765949--11766181	126	1.9	126	85	2	326	38	16	13	31	1.87
11772572--11772622	26	2.0	26	84	0	66	25	27	17	29	1.98
11773576--11774101	158	3.3	158	71	9	453	21	26	27	23	1.99
11774382--11774434	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
11775055--11775608	159	3.4	159	76	5	466	18	27	30	23	1.98
11775607--11776116	159	3.2	159	78	5	517	19	26	30	23	1.98
11776088--11776140	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11776820--11776869	26	1.9	26	87	0	73	28	28	20	24	1.99
11776846--11777347	158	3.2	158	76	4	519	19	26	30	23	1.98
11777321--11777373	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11777701--11777753	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
11782649--11782709	27	2.3	27	91	0	95	8	32	22	36	1.84
11784892--11785357	159	2.9	157	79	4	495	18	28	30	22	1.97
11785757--11786065	158	2.0	158	86	1	440	16	27	33	22	1.96
11785763--11786153	158	2.5	158	81	3	428	17	27	32	21	1.96
11787110--11787162	26	2.0	26	85	7	72	24	26	20	28	1.99
11787136--11787550	159	2.6	157	75	9	401	20	26	31	21	1.98
11787615--11787667	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
11788231--11788283	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
11788713--11788768	27	2.1	27	83	6	69	30	23	17	28	1.97
11789082--11789134	26	2.0	26	82	7	63	26	24	20	28	1.99
11789248--11789842	301	2.0	302	81	4	709	20	25	29	24	1.99
11789920--11790411	159	3.1	156	78	6	517	19	27	30	22	1.98
11790385--11790437	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
11790843--11791174	157	2.1	158	85	2	454	18	30	31	19	1.96
11792168--11792561	159	2.5	158	80	4	427	20	25	31	22	1.98
11792629--11792681	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11793729--11793781	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
11795256--11795306	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
11799094--11799156	21	3.0	21	90	0	99	19	17	47	15	1.83
11799440--11799492	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
11799466--11799852	159	2.4	157	76	7	388	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11799942--11799994	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11800329--11800381	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11807909--11807967	26	2.3	26	86	11	79	27	25	18	28	1.98
11807384--11808435	500	2.1	498	82	4	1271	20	27	28	23	1.99
11808871--11808921	26	2.0	26	92	7	86	27	19	21	31	1.97
11808901--11809395	159	3.1	155	76	9	498	19	28	30	22	1.98
11809369--11809421	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
11809597--11810092	158	3.1	158	79	6	583	18	28	31	22	1.97
11810066--11810118	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
11809908--11810841	184	5.0	182	78	6	809	20	27	27	23	1.99
11810250--11810302	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11808838--11810459	696	2.3	693	87	2	2332	19	27	29	23	1.98
11810329--11810704	196	1.9	196	82	2	477	21	27	26	23	1.99
11809908--11810841	380	2.5	367	83	3	1109	20	27	27	23	1.99
11810973--11811025	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11811695--11811747	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11811721--11812064	159	2.2	157	80	7	383	20	25	31	22	1.98
11812038--11812090	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
11813774--11813826	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
11814387--11814932	159	3.4	159	78	4	458	19	26	30	23	1.98
11815286--11815338	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11815450--11815811	158	2.3	159	80	8	398	20	24	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11815785--11815837	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11815749--11816180	184	2.3	184	79	3	458	20	26	27	25	1.99
11815819--11817043	512	2.4	512	79	6	1247	20	26	29	23	1.99
11816708--11817007	159	1.9	159	79	1	341	19	27	31	21	1.98
11818162--11818214	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
11818188--11818689	158	3.2	158	74	5	474	19	25	31	24	1.98
11818663--11818715	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11818898--11819405	159	3.2	157	76	6	468	20	27	28	23	1.99
11819374--11819426	26	2.0	26	82	13	65	30	26	15	28	1.96
11819736--11819791	26	2.2	26	90	0	85	28	26	17	26	1.98
11820219--11820269	26	2.0	26	84	7	68	31	25	11	31	1.92
11820427--11820478	26	2.0	26	88	3	79	30	28	17	23	1.97
11821255--11821307	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
11821724--11821781	26	2.2	26	84	0	71	58	10	12	18	1.61
11822044--11822350	159	1.9	157	85	2	418	18	28	31	21	1.97
11822323--11822374	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
11823044--11823096	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
11823545--11823597	26	2.0	26	85	7	72	24	20	22	32	1.98
11823923--11823975	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11828411--11828775	159	2.3	160	82	6	445	19	25	29	25	1.99
11828642--11829350	195	3.7	193	81	6	771	21	28	28	22	1.99
11828944--11828994	26	2.0	26	84	7	68	33	23	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11829139--11829191	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
11830010--11830421	155	2.6	158	78	6	460	19	28	28	23	1.98
11830395--11830447	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11830484--11830935	159	2.8	158	79	3	523	19	28	28	22	1.98
11830577--11831360	397	2.0	397	85	3	1069	20	26	28	24	1.99
11831663--11831715	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
11832031--11832083	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11832198--11832558	159	2.3	159	80	4	388	20	27	30	22	1.98
11832423--11833105	184	3.8	175	76	8	564	20	27	28	24	1.99
11832894--11832944	26	2.0	26	84	7	68	23	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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