genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  325  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30196711--30197173	158	2.9	156	76	7	434	23	30	27	19	1.98
30196711--30197173	157	2.9	154	74	9	412	23	30	27	19	1.98
30197858--30197910	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
30198405--30198457	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30198430--30198868	159	2.8	158	80	2	477	22	28	29	19	1.98
30198906--30198958	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
30199650--30200152	159	3.2	156	78	5	510	22	29	27	20	1.98
30200126--30200178	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
30200854--30201340	170	2.9	171	80	4	554	21	28	27	21	1.99
30201366--30201418	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
30201391--30201829	159	2.8	158	77	6	417	23	30	28	17	1.97
30203422--30203474	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
30203659--30203711	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
30203650--30205742	869	2.4	851	83	4	2585	23	29	26	20	1.99
30205379--30205429	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
30206898--30207203	159	1.9	159	80	5	359	27	30	25	17	1.97
30207250--30207302	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
30207346--30207655	171	1.8	172	83	2	417	21	30	25	21	1.99
30207334--30207694	171	2.1	169	79	6	395	21	29	27	21	1.98
30209524--30209576	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
30208854--30209640	354	2.3	354	81	5	872	24	29	26	19	1.98
30210022--30210072	26	2.0	26	88	0	75	25	19	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30210466--30210518	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
30210491--30210930	159	2.8	157	76	8	417	23	28	29	19	1.98
30211348--30211400	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30211849--30211901	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
30210464--30212193	881	2.0	881	84	1	2250	23	28	27	20	1.99
30212031--30212776	159	4.7	160	75	6	606	23	29	27	19	1.98
30212032--30212870	317	2.6	315	84	1	1009	23	29	27	19	1.98
30212026--30212873	158	5.4	158	75	4	659	22	29	27	20	1.98
30212851--30212929	26	3.0	26	85	3	97	25	18	27	27	1.98
30214448--30214500	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30213896--30214791	368	2.4	363	82	4	1075	22	29	27	19	1.98
30214842--30214894	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
30214868--30215229	157	2.3	158	84	1	458	26	29	25	19	1.99
30215365--30215888	196	2.7	196	80	3	590	24	28	26	20	1.99
30215759--30216129	158	2.3	157	82	3	415	25	30	25	18	1.98
30215859--30216160	158	1.9	158	80	0	352	24	30	24	20	1.98
30215770--30216178	158	2.6	158	79	1	345	25	30	25	18	1.98
30218103--30218154	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
30218286--30218338	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
30218103--30218496	184	2.1	184	81	3	445	25	27	25	21	1.99
30218640--30218692	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30219861--30220361	159	3.2	156	75	6	463	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30220335--30220387	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
30220666--30220745	27	3.0	26	91	7	126	33	20	20	26	1.96
30220718--30221220	158	3.2	158	75	5	370	23	28	27	20	1.99
30221194--30221246	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
30221008--30221614	318	1.9	324	80	7	714	22	29	27	20	1.99
30221558--30221968	159	2.6	157	80	5	443	23	27	29	19	1.98
30223130--30223182	26	2.0	26	92	7	90	24	24	24	26	2.00
30224377--30224804	159	2.7	157	75	7	407	25	31	27	16	1.97
30224851--30224903	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30225588--30225638	26	2.0	26	92	7	86	31	19	23	25	1.98
30226089--30226138	26	1.9	26	83	0	64	26	16	28	30	1.96
30226820--30226872	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
30226846--30227342	159	3.1	159	78	4	504	22	30	27	18	1.98
30227316--30227371	25	2.3	25	81	3	69	25	14	25	35	1.93
30227479--30228180	158	4.5	158	72	6	444	25	30	25	19	1.98
30227604--30228185	317	1.8	316	82	2	756	23	31	24	19	1.98
30228198--30228255	26	2.2	26	84	0	80	29	25	41	3	1.72
30227907--30228571	342	1.9	342	83	1	839	24	30	26	17	1.97
30228636--30228688	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
30228832--30229343	201	2.6	197	79	3	504	25	28	25	19	1.99
30229206--30229256	26	2.0	26	84	7	68	33	13	27	25	1.94
30229232--30229731	159	3.2	156	77	4	477	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30229705--30229757	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
30230767--30230819	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
30230801--30230954	84	1.8	84	85	2	220	28	25	31	14	1.95
30231253--30231744	157	3.1	155	74	8	456	24	29	26	19	1.98
30231718--30231767	26	1.9	26	92	8	84	28	20	26	26	1.99
30232122--30232527	159	2.6	159	77	4	417	23	28	29	18	1.98
30233976--30234517	158	3.4	156	78	6	540	23	30	26	19	1.98
30235774--30235826	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
30236130--30236182	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
30235104--30236290	353	3.4	352	79	5	1187	23	28	26	20	1.99
30235970--30236333	185	2.0	185	84	0	485	25	28	26	20	1.99
30236156--30236731	159	3.6	158	76	3	539	22	30	28	18	1.97
30236155--30236732	317	1.8	318	84	1	791	23	30	28	18	1.97
30242911--30243306	158	2.5	158	81	5	444	24	28	28	18	1.98
30245412--30245464	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30245816--30245868	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
30246197--30246249	26	2.0	26	85	7	72	32	22	20	24	1.98
30247559--30247611	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
30247422--30247768	185	1.9	185	83	4	452	24	28	26	20	1.99
30248096--30248471	158	2.4	158	77	4	382	24	30	26	18	1.98
30248096--30248527	159	2.7	157	76	4	429	24	30	27	17	1.97
30248436--30248782	185	1.9	185	83	3	450	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30246854--30249760	501	5.7	506	79	6	2889	23	29	26	20	1.99
30249111--30249474	158	2.3	157	78	6	385	25	29	25	18	1.98
30249053--30250352	686	1.9	685	82	3	1655	24	29	25	20	1.99
30249867--30250257	159	2.5	159	80	3	405	20	32	27	18	1.97
30250267--30250316	26	2.0	26	88	11	77	28	18	26	28	1.98
30252742--30253106	158	2.3	159	77	4	369	20	26	28	24	1.99
30253078--30253130	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30259720--30260218	158	3.2	156	74	10	424	19	26	30	22	1.98
30260570--30260622	26	2.0	26	85	0	70	33	22	13	30	1.92
30261271--30261349	26	3.0	25	92	3	113	27	24	18	29	1.98
30261797--30261849	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30261614--30262303	354	1.9	355	86	0	979	22	26	28	23	1.99
30262185--30262586	171	2.4	171	76	7	440	20	25	30	24	1.99
30263513--30263562	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
30264011--30264063	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30264387--30264442	26	2.2	26	90	6	87	30	23	19	26	1.98
30264416--30264758	158	2.2	158	79	4	370	22	25	27	24	2.00
30264734--30264784	26	2.0	26	88	7	77	29	19	17	33	1.95
30265692--30265744	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
30265718--30266219	158	3.2	158	74	5	485	20	27	29	22	1.99
30266389--30266441	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30266645--30266884	119	2.0	119	95	0	435	21	25	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30266928--30266980	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30267171--30267658	159	3.1	160	75	8	373	20	27	29	23	1.98
30267632--30267684	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
30267841--30267893	26	2.0	26	89	7	81	33	28	13	24	1.93
30268025--30268077	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
30269057--30269109	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30269779--30269831	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30270118--30270169	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
30270460--30270512	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30271681--30271733	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402