genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  82  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12305285--12307121	710	2.6	711	80	5	1983	20	27	28	23	1.99
12306778--12307320	158	3.4	158	73	6	463	22	27	28	21	1.99
12307336--12307481	76	1.9	76	88	0	220	19	28	22	28	1.98
12307465--12307517	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
12308311--12308363	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12307832--12308806	342	2.7	360	78	10	1011	19	26	30	22	1.98
12309231--12309283	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12309731--12309782	25	2.0	26	89	10	81	26	23	21	28	1.99
12310451--12310501	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
12310477--12311189	159	4.5	158	76	5	591	19	26	31	22	1.98
12310477--12311189	316	2.3	315	84	2	910	19	26	31	22	1.98
12311788--12311843	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
12312506--12312560	26	2.1	27	89	3	85	23	29	18	29	1.98
12313012--12313064	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12313735--12313787	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
12313713--12314630	342	2.7	340	82	2	1097	19	27	28	23	1.98
12314419--12314471	26	2.0	26	92	7	90	30	24	18	26	1.98
12314324--12314686	184	2.0	184	81	3	435	21	28	27	22	1.99
12314967--12315017	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
12315392--12315444	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12315514--12315539	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
12316188--12316670	158	3.1	157	76	5	468	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12316865--12316917	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
12317972--12318783	159	5.1	158	76	6	705	18	26	30	24	1.98
12317972--12318812	317	2.7	314	83	3	1010	19	26	30	23	1.98
12318941--12318992	25	2.0	26	92	3	88	26	25	19	28	1.98
12319304--12319356	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
12322012--12322036	12	2.1	12	100	0	50	16	24	16	44	1.86
12322514--12322566	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12322630--12323064	158	2.7	158	82	3	534	17	27	31	23	1.97
12322540--12323040	159	3.2	155	78	5	513	19	27	30	22	1.98
12322634--12323883	159	7.6	159	70	12	556	17	27	31	23	1.97
12323224--12323882	157	4.2	159	77	6	604	18	26	31	23	1.97
12323700--12324068	185	2.0	185	82	2	445	19	26	29	25	1.98
12324725--12324777	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12325025--12325074	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
12325176--12325549	158	2.4	158	78	6	407	19	27	28	24	1.99
12325523--12325575	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12326279--12326762	158	3.1	157	76	8	478	18	26	31	23	1.97
12326747--12326799	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
12327141--12327641	159	3.2	156	73	7	447	20	27	29	22	1.99
12327618--12327667	26	1.9	26	88	8	75	26	26	20	28	1.99
12328328--12328380	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12328437--12329173	159	4.6	160	77	5	681	18	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12328354--12329173	316	2.6	315	84	4	988	19	26	29	24	1.98
12328994--12329357	184	2.0	185	84	2	473	20	26	29	24	1.99
12329179--12329673	158	3.1	158	78	5	568	18	27	31	22	1.97
12329414--12330500	548	2.0	548	81	2	1290	19	27	29	23	1.98
12330684--12331239	159	3.6	156	71	12	446	19	28	28	24	1.98
12330685--12331268	305	1.9	305	85	3	818	19	28	28	23	1.98
12331043--12331406	158	2.3	160	76	7	355	21	26	28	24	1.99
12331380--12331432	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
12331576--12331628	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
12331734--12332103	158	2.3	157	76	4	375	19	24	30	25	1.98
12331602--12332102	159	3.2	157	74	6	447	19	24	31	24	1.98
12332287--12332341	26	2.1	26	89	0	83	29	27	18	25	1.98
12334272--12334324	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12334626--12334678	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12335276--12335334	26	2.3	27	91	5	95	30	25	18	25	1.98
12335340--12335813	159	3.0	156	71	7	409	18	27	31	23	1.97
12335342--12335982	158	4.0	157	73	7	439	19	26	29	23	1.98
12335955--12336007	26	2.0	26	85	7	72	33	26	15	24	1.95
12337118--12337214	48	2.0	48	89	0	149	25	14	20	39	1.91
12337349--12337423	26	2.9	26	90	4	107	29	20	20	30	1.97
12337565--12337616	26	2.0	26	92	0	86	25	28	21	25	1.99
12338755--12338808	26	2.0	27	82	10	67	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12338815--12339282	158	3.0	158	78	5	406	17	27	31	23	1.97
12339257--12339309	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12339626--12339678	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
12339652--12340470	316	2.6	317	81	4	873	21	27	27	23	1.99
12339737--12340472	159	4.6	159	71	8	435	20	28	27	23	1.99
12341892--12341944	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
12344709--12344761	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12344862--12345237	158	2.4	159	78	5	384	18	26	30	25	1.98
12345209--12345261	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12345565--12345616	26	2.0	26	85	3	70	30	23	19	26	1.98
12346266--12346318	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
12346333--12346795	158	2.9	159	77	4	450	19	27	30	22	1.98
12346767--12346819	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12347123--12347174	26	2.0	26	85	3	70	30	23	19	26	1.98
12347826--12347878	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
12347852--12348342	158	3.1	157	72	8	420	21	26	28	23	1.99
12349180--12349232	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12349852--12350382	159	3.3	158	81	5	597	18	27	30	24	1.98
12350357--12350409	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12350738--12350790	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12351404--12351459	26	2.2	26	93	0	94	30	21	19	28	1.98
12353225--12353910	159	4.3	158	76	3	576	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12353163--12353910	318	2.4	317	83	3	932	20	27	29	22	1.98
12353663--12354166	255	2.0	255	79	3	550	21	26	29	22	1.99
12354211--12354263	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12355780--12356143	159	2.3	158	80	1	413	19	25	29	25	1.98
12356116--12356168	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12356822--12356873	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
12357541--12357594	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
12358267--12358319	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12358635--12358687	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12357526--12358846	368	3.6	365	85	4	1693	19	27	29	23	1.98
12358819--12358871	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12359332--12359731	157	2.5	157	76	6	401	20	27	29	23	1.99
12359824--12359876	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
12359912--12360244	170	2.0	170	84	2	445	20	27	29	23	1.99
12360155--12360534	158	2.4	159	77	5	394	20	26	28	24	1.99
12360507--12360558	26	2.0	26	88	7	79	26	26	19	26	1.99
12361230--12361279	26	1.9	26	84	8	66	24	30	18	28	1.97
12361395--12361759	158	2.3	159	77	5	380	20	24	28	26	1.99
12361731--12361783	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
12361819--12362151	170	2.0	170	84	2	436	20	27	29	23	1.99
12362158--12362443	159	1.8	158	80	5	353	21	26	28	23	1.99
12362307--12362624	169	1.9	170	83	2	415	19	27	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12363742--12363794	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
12370268--12370319	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
12370990--12371047	26	2.3	26	82	11	77	31	25	15	27	1.96
12370224--12371618	368	3.8	367	71	11	1087	21	26	27	23	1.99
12370211--12371638	723	2.0	721	83	2	1830	21	26	27	23	1.99
12371396--12371897	159	3.2	155	75	7	447	20	26	28	24	1.99
12372266--12372318	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12372292--12372793	158	3.2	155	74	7	436	20	26	29	22	1.99
12372938--12372990	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12372965--12373457	159	3.1	157	75	8	467	18	26	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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