genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  233  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23481243--23481558	171	1.9	170	85	2	436	19	24	31	24	1.98
23480795--23481616	367	2.3	352	78	8	832	20	25	29	24	1.99
23481630--23482071	158	2.8	156	78	6	442	17	29	30	22	1.96
23482043--23482095	26	2.0	26	89	7	81	26	18	22	32	1.97
23482756--23482806	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
23482782--23483282	158	3.2	158	77	11	513	19	26	31	22	1.98
23483637--23483689	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23483344--23484253	366	2.5	364	81	5	979	19	25	30	24	1.98
23484713--23484765	26	2.0	26	85	0	70	33	24	15	26	1.95
23485055--23485105	26	2.0	26	88	0	75	31	19	17	31	1.95
23485785--23485837	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23486138--23486189	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
23486163--23486526	157	2.3	157	84	6	495	17	28	33	21	1.96
23486647--23486699	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
23485868--23487014	510	2.3	510	85	4	1508	19	28	30	21	1.97
23487211--23487849	325	2.0	325	90	1	1005	33	23	14	29	1.94
23488073--23488377	159	1.9	158	82	0	376	18	26	31	23	1.98
23488353--23488402	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
23489077--23489131	26	2.1	27	89	3	85	23	29	18	29	1.98
23489149--23489610	159	2.9	158	80	3	525	18	29	30	21	1.97
23489104--23489609	158	3.2	155	77	7	518	20	28	28	22	1.98
23489583--23489635	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23489641--23489965	171	1.9	171	79	3	368	19	27	30	22	1.98
23490424--23490476	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
23489206--23491443	840	2.6	838	82	5	2599	20	27	29	22	1.99
23490817--23491309	158	3.1	156	75	7	483	19	26	31	22	1.98
23491498--23491550	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23491683--23491734	26	2.0	26	85	7	70	26	21	19	32	1.97
23492036--23492088	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
23492818--23493751	159	5.8	159	76	7	684	19	26	30	23	1.98
23493725--23493778	27	2.0	26	82	10	65	35	24	12	27	1.92
23494449--23494748	155	1.9	154	82	3	370	21	28	28	22	1.99
23494918--23494970	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23495750--23496145	159	2.5	158	80	2	436	18	27	29	23	1.98
23496113--23496170	26	2.2	26	81	3	62	25	17	24	32	1.96
23495863--23496156	158	1.9	159	82	0	374	20	26	29	23	1.99
23496326--23496378	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23496020--23496399	196	1.9	196	81	2	458	21	27	28	22	1.99
23497317--23497738	159	2.6	160	77	6	375	18	26	29	25	1.98
23497737--23498553	159	5.2	156	74	7	635	20	27	28	23	1.99
23497737--23500545	318	8.6	316	74	10	1601	19	26	29	23	1.99
23498724--23500704	159	12.2	159	72	9	1008	20	26	29	23	1.99
23498724--23499570	317	2.7	316	83	3	1065	19	26	30	24	1.98
23497318--23501207	989	3.9	989	86	1	5087	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23499713--23501207	318	4.6	318	75	9	1015	20	26	29	23	1.99
23500791--23501207	159	2.6	159	78	3	453	17	28	29	23	1.97
23501911--23501963	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
23502074--23502439	158	2.3	159	79	6	393	20	25	29	24	1.99
23501937--23502425	159	3.1	157	76	7	477	19	25	30	23	1.98
23502790--23502842	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23504541--23504593	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23504645--23505046	158	2.6	158	81	7	471	16	30	29	23	1.96
23511597--23512166	158	3.6	158	79	3	603	18	27	29	23	1.98
23512140--23512191	26	2.0	26	85	7	70	28	19	21	30	1.97
23512566--23512904	158	2.1	159	82	3	416	18	29	30	21	1.97
23513171--23513223	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23513892--23513944	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
23514376--23514428	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
23514908--23515202	159	1.9	158	80	3	351	20	26	30	22	1.98
23514908--23515501	301	2.0	301	81	4	714	20	26	29	23	1.99
23515900--23515950	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
23515420--23516269	343	2.4	344	78	6	874	20	28	29	22	1.98
23515926--23516427	158	3.2	158	75	7	507	19	28	29	22	1.98
23515926--23516586	317	2.1	317	84	2	853	19	28	29	22	1.98
23516560--23516612	26	2.0	26	92	0	88	30	26	20	22	1.98
23515634--23517088	660	2.2	658	82	3	1740	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23516586--23517087	158	3.2	158	76	7	516	21	26	29	22	1.99
23517061--23517113	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
23518063--23518115	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23519758--23519810	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23519953--23520008	26	2.2	26	90	0	85	30	28	17	23	1.97
23519732--23520096	198	1.9	196	84	2	489	20	28	28	23	1.99
23521481--23521529	26	1.9	25	95	4	89	24	22	22	30	1.99
23521323--23521689	184	2.0	184	84	2	477	19	25	30	25	1.98
23521384--23522076	353	2.0	353	81	3	811	19	25	30	24	1.98
23521997--23522677	159	4.3	157	73	5	508	20	25	27	26	1.99
23521992--23522678	318	2.2	318	81	1	795	20	25	27	26	1.99
23522773--23522816	11	4.0	11	87	0	61	20	31	34	13	1.92
23524095--23524145	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
23524214--23524623	159	2.6	158	79	6	436	20	28	28	23	1.99
23524595--23524647	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
23525656--23525708	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
23525283--23526210	343	2.7	339	84	4	1141	21	27	27	23	1.99
23526183--23526235	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
23527064--23527116	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23528288--23528340	26	2.0	26	92	0	88	33	22	16	26	1.96
23528498--23528550	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23528655--23528881	121	1.9	121	83	0	301	21	25	33	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23529658--23529709	26	2.0	26	84	0	68	30	21	19	28	1.97
23529842--23529894	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
23531125--23531177	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23531626--23531678	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
23531824--23531876	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
23531107--23532369	691	1.8	696	82	3	1616	21	25	28	25	1.99
23532316--23532368	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
23533011--23533063	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23533037--23533535	157	3.2	158	73	9	451	21	27	28	22	1.99
23533388--23533719	184	1.8	184	87	1	495	21	26	29	22	1.99
23533812--23533836	13	1.9	13	100	0	50	12	32	16	40	1.84
23533879--23533929	26	2.0	26	88	0	75	25	27	17	29	1.98
23533912--23534248	159	2.1	158	81	5	378	19	26	30	23	1.98
23534944--23534996	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
23535339--23535391	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
23535682--23535734	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23536386--23536438	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
23536412--23536902	159	3.1	157	74	9	422	19	26	30	23	1.98
23536887--23536938	26	2.0	26	85	7	70	26	21	19	32	1.97
23538675--23538727	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
23538655--23539070	184	2.3	184	84	4	509	21	26	27	24	2.00
23539025--23539389	159	2.3	160	80	2	394	20	26	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23539980--23540423	159	2.8	157	74	6	432	19	28	28	22	1.98
23540397--23540449	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23541656--23541708	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
23542356--23542407	26	2.0	26	88	0	77	32	28	15	23	1.95
23542858--23542910	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
23543225--23543277	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
23543523--23543575	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
23543190--23543775	298	2.0	298	83	3	759	21	26	29	22	1.99
23543549--23544050	158	3.2	157	77	6	510	19	26	30	23	1.98
23544024--23544076	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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