genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  174  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19112554--19112606	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19111529--19113146	513	3.2	505	76	7	1521	23	30	26	19	1.98
19112580--19113081	158	3.2	156	79	5	553	22	30	27	19	1.98
19113055--19113107	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19113788--19113840	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19113814--19114307	159	3.2	154	76	7	441	23	29	26	19	1.98
19114675--19115177	158	3.2	158	81	5	568	22	30	27	18	1.98
19115151--19115206	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
19115545--19115959	159	2.6	156	76	8	401	24	26	27	21	1.99
19116400--19116452	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
19113786--19117016	868	3.7	878	80	5	3348	23	29	26	20	1.99
19116901--19116956	26	2.2	26	87	6	78	28	21	23	26	1.99
19116365--19117685	707	1.9	709	80	4	1599	25	28	25	20	1.99
19117609--19117658	26	1.9	26	91	0	82	26	14	26	34	1.94
19118880--19118932	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19119221--19119273	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
19119971--19120007	17	2.2	17	90	9	58	37	13	21	27	1.91
19119988--19120761	343	2.3	343	81	3	898	24	27	27	21	1.99
19120843--19120895	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
19120821--19121238	185	2.3	184	88	2	608	26	27	24	21	1.99
19121529--19121581	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
19122262--19122314	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19122287--19122715	159	2.7	158	77	3	430	24	29	28	18	1.98
19122764--19122815	25	2.0	26	88	3	79	25	15	30	28	1.96
19122801--19123123	171	1.9	171	84	1	441	21	32	27	18	1.96
19122788--19123157	171	2.2	171	81	3	422	22	30	27	19	1.98
19122447--19123411	354	2.8	341	77	8	918	23	28	27	19	1.98
19123607--19123664	26	2.2	26	81	6	73	22	20	29	27	1.99
19124303--19124355	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
19124486--19124535	26	1.9	26	87	0	73	26	18	30	26	1.98
19125207--19125259	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
19123876--19127097	904	3.6	901	94	1	5534	26	24	24	24	2.00
19126110--19126162	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
19127011--19127428	159	2.6	158	79	2	453	23	29	28	18	1.97
19128098--19128606	159	3.2	158	74	8	350	23	31	27	17	1.97
19128482--19128750	146	1.8	147	80	5	321	24	28	29	17	1.97
19129639--19129691	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
19130866--19130918	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19131392--19131444	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
19131678--19132089	159	2.6	157	76	7	409	21	29	27	21	1.99
19132063--19132115	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
19132415--19132467	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
19132440--19132880	159	2.8	155	76	6	422	24	30	26	18	1.98
19133361--19133720	159	2.3	157	80	3	391	21	34	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19133735--19133785	26	2.0	26	88	7	77	27	15	27	29	1.96
19134467--19134519	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
19134492--19135113	158	3.9	158	77	7	541	23	30	27	18	1.98
19135495--19135547	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19142994--19143046	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19144918--19144970	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19145941--19145993	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
19145577--19146103	196	2.7	193	84	3	639	23	27	26	22	1.99
19145966--19146467	158	3.2	158	76	7	444	22	30	27	19	1.98
19146443--19146493	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
19147165--19147217	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19147190--19147492	158	1.9	158	83	4	387	23	31	27	18	1.97
19147507--19147559	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
19147717--19147769	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19147908--19148266	184	2.0	184	83	2	461	25	29	24	20	1.99
19148088--19148497	159	2.6	158	81	3	502	24	30	28	17	1.97
19149278--19149330	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19149851--19149902	25	2.0	26	85	3	70	34	21	21	23	1.97
19150044--19150663	159	3.9	158	76	5	574	22	30	28	18	1.97
19150001--19150703	159	4.4	157	74	7	528	21	29	27	20	1.98
19150001--19150703	317	2.2	314	85	3	926	21	29	27	20	1.98
19150678--19150729	25	2.0	26	88	3	79	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19150495--19151193	354	1.9	355	81	7	820	22	29	26	21	1.99
19151044--19151096	26	2.0	26	85	7	72	33	20	18	26	1.96
19151557--19151609	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
19156200--19156252	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
19156395--19156447	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19156420--19156839	160	2.6	160	79	5	456	23	29	27	19	1.98
19157264--19157316	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
19157105--19157579	197	2.5	189	80	6	516	24	28	26	20	1.99
19157461--19157513	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19157232--19157676	197	2.3	197	83	0	541	22	29	25	22	1.99
19158695--19158747	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19158720--19159143	159	2.7	159	77	3	388	23	29	29	17	1.97
19159197--19159249	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19159589--19160015	159	2.7	158	76	4	403	23	29	28	18	1.98
19160065--19160117	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
19160798--19160850	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
19167177--19167229	26	2.0	26	86	13	74	26	18	28	26	1.98
19167558--19167609	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
19167582--19167925	158	2.2	158	81	6	394	22	30	27	19	1.98
19167899--19167951	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
19171609--19171952	158	2.2	158	79	6	358	24	29	26	20	1.99
19172096--19172151	26	2.2	26	90	6	87	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19173256--19173308	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
19173980--19174032	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19174311--19174363	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
19175425--19176124	316	2.2	317	84	2	890	24	29	26	19	1.99
19175425--19176194	159	4.9	157	72	8	590	23	29	27	19	1.98
19176731--19176783	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19175743--19176834	514	2.2	509	82	4	1305	23	28	27	20	1.99
19175743--19177039	514	2.5	508	78	6	1241	23	29	27	20	1.99
19177098--19177150	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
19177124--19177624	158	3.2	157	77	6	521	22	28	27	20	1.99
19177598--19177650	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19184634--19184691	26	2.2	27	84	9	75	31	18	20	29	1.97
19185382--19185844	159	2.9	158	77	6	434	22	29	27	19	1.98
19186224--19186276	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
19186066--19186434	182	2.0	183	82	3	438	25	28	25	20	1.99
19184925--19186819	867	2.2	873	81	5	2195	23	29	26	20	1.99
19186410--19186750	159	2.2	157	76	7	357	21	29	29	19	1.98
19187456--19187508	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19187491--19187984	159	3.1	159	76	8	389	24	29	26	19	1.98
19187958--19188010	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
19188326--19188378	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19187776--19188486	368	1.9	367	83	3	901	24	30	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19189365--19189417	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
19189772--19190193	159	2.7	157	73	6	386	25	28	27	18	1.98
19190246--19190296	26	2.0	26	84	0	66	27	15	25	31	1.96
19189222--19191190	868	2.3	873	82	3	2299	24	28	26	20	1.99
19191860--19192306	159	2.8	157	79	6	463	23	31	26	18	1.97
19192178--19192545	183	2.0	183	85	3	490	23	28	26	20	1.99
19191833--19193455	499	3.3	500	82	4	1848	23	29	26	19	1.98
19192362--19192861	158	3.2	156	75	7	472	23	30	26	19	1.98
19192835--19192887	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
19193330--19193382	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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