genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.397.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  397  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35881022--35881839	159	5.2	158	74	6	476	25	29	24	20	1.99
35881021--35881839	317	2.6	317	83	2	966	25	29	24	20	1.99
35881813--35881865	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35883047--35883099	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35882730--35883428	355	2.0	343	80	6	778	24	28	25	20	1.99
35883212--35883666	158	2.9	158	75	6	465	22	28	27	20	1.99
35884442--35884494	26	2.0	26	86	13	74	28	16	26	28	1.97
35885694--35886196	159	3.2	159	77	5	536	24	30	26	19	1.98
35886170--35886222	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
35886562--35887061	157	3.2	158	75	7	501	23	29	27	19	1.98
35887037--35887087	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
35885666--35887995	867	2.7	863	82	3	2755	23	28	26	20	1.99
35887403--35887455	26	2.0	26	81	0	61	30	20	22	26	1.98
35887904--35887956	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
35889512--35890009	158	3.2	155	74	8	448	25	29	26	18	1.98
35890363--35890415	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35891523--35891575	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35891838--35891890	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
35891325--35891903	315	1.8	317	83	3	783	22	29	25	22	1.99
35891977--35892022	12	3.8	12	76	0	56	2	43	30	23	1.66
35891977--35892023	24	2.0	24	86	0	67	2	42	29	25	1.67
35891629--35892334	372	1.9	370	80	4	839	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35892931--35892983	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
35893273--35893325	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35893470--35893521	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
35894475--35894527	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35894646--35894978	159	2.1	158	83	1	416	21	30	29	19	1.97
35895002--35895053	25	2.0	26	88	3	79	25	17	26	30	1.97
35895527--35895579	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35893656--35896145	527	4.8	524	78	5	2248	23	28	27	21	1.99
35895734--35896043	159	2.0	158	84	1	406	23	30	27	19	1.98
35896054--35896106	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
35897769--35897822	26	2.0	27	89	3	83	25	25	20	27	1.99
35898949--35899001	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
35899831--35899881	26	2.0	26	92	7	86	31	25	15	27	1.96
35900332--35900381	26	1.9	26	88	8	75	30	26	14	30	1.94
35901394--35901444	26	2.0	26	92	7	86	27	19	19	33	1.96
35901469--35901784	159	2.0	158	80	4	359	17	27	30	24	1.97
35901919--35901970	26	2.0	25	85	3	68	30	21	19	28	1.97
35901296--35902275	526	1.9	524	81	4	1202	18	25	29	26	1.98
35901945--35902803	318	2.7	317	82	3	980	18	25	31	24	1.98
35901945--35902799	159	5.4	157	77	6	729	18	25	31	24	1.98
35903581--35903633	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
35903607--35904099	159	3.1	158	78	7	502	20	27	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35904082--35904133	25	2.0	26	92	3	88	28	23	21	26	1.99
35904802--35904854	26	2.0	26	85	0	70	26	24	22	26	2.00
35904828--35905231	158	2.6	154	76	8	373	21	26	30	20	1.98
35908270--35908322	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
35908296--35908790	158	3.2	154	78	8	425	20	28	29	21	1.98
35908296--35909612	159	8.2	157	69	13	413	20	27	29	22	1.99
35908764--35908816	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
35908247--35909257	501	2.0	493	82	4	1219	20	27	29	23	1.99
35909584--35909636	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35909964--35910016	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35911534--35911585	25	2.1	25	92	0	86	30	21	17	30	1.96
35912060--35912110	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
35912559--35912611	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35912402--35912772	185	2.0	183	83	5	462	21	25	28	24	1.99
35912928--35912980	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
35912546--35913538	368	2.7	368	81	2	1113	21	26	28	23	1.99
35913296--35913348	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35913322--35913809	158	3.1	158	74	5	398	20	27	30	22	1.98
35913579--35914088	279	1.8	279	90	0	815	17	27	30	23	1.97
35915848--35915899	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
35916375--35916427	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
35914758--35917246	527	4.8	526	79	5	2292	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35916887--35916939	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
35917576--35917628	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35917918--35917970	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
35918639--35918691	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
35918872--35918909	12	3.2	12	88	0	58	28	28	39	2	1.70
35919327--35919376	26	1.9	26	95	0	91	30	28	16	26	1.96
35920120--35920510	158	2.5	157	75	11	386	20	26	27	25	1.99
35920331--35920687	185	1.9	185	84	2	468	20	26	28	24	1.99
35920852--35920904	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
35920885--35921284	158	2.5	155	75	4	379	19	27	31	22	1.98
35922149--35922586	158	2.8	158	78	3	414	18	28	30	22	1.97
35922083--35922576	159	3.1	157	77	4	517	19	28	30	22	1.97
35922649--35922940	157	1.8	159	82	5	378	17	27	31	23	1.97
35922913--35922965	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35923786--35923838	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
35924655--35924705	26	2.0	26	88	0	75	31	31	11	25	1.92
35924681--35925213	158	3.4	158	75	5	376	20	27	29	22	1.98
35925580--35925834	137	1.9	138	81	2	316	15	30	30	23	1.95
35925703--35926002	159	1.9	159	85	1	422	18	26	30	24	1.98
35926708--35926760	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
35926734--35927235	159	3.2	156	72	8	431	21	26	29	22	1.99
35927209--35927261	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35928021--35928617	158	3.7	157	75	9	454	20	27	28	22	1.99
35928603--35928655	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
35928782--35929133	158	2.2	158	78	7	374	19	24	30	25	1.98
35929826--35929878	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35929859--35930669	159	5.1	156	74	8	597	19	25	30	24	1.98
35929859--35930670	317	2.6	315	84	3	988	19	25	30	24	1.98
35931339--35931709	159	2.3	157	78	9	394	20	26	29	23	1.99
35932218--35932269	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
35932285--35932586	158	1.9	158	83	4	394	19	27	29	23	1.98
35945221--35945273	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35945588--35945640	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35945930--35945982	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35945212--35946299	343	3.1	341	82	6	1265	19	27	29	23	1.98
35945212--35946308	367	3.1	341	82	6	962	19	27	29	23	1.98
35945956--35946459	158	3.2	159	76	5	502	19	28	29	22	1.98
35947823--35947875	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35947849--35948348	157	3.2	158	75	6	397	21	26	28	24	1.99
35949043--35949095	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
35949103--35949453	159	2.2	159	82	0	425	20	26	29	23	1.99
35949559--35949611	26	2.0	26	92	0	88	32	24	16	26	1.97
35949660--35950087	159	2.7	157	77	5	441	16	26	31	26	1.96
35949593--35950085	158	3.1	155	75	6	470	17	25	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35950060--35950112	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35951261--35951313	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35952441--35952490	26	1.9	26	87	0	73	60	12	6	22	1.53
35952700--35952752	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
35954630--35954682	26	2.0	26	92	0	88	30	30	16	22	1.96
35954794--35955159	159	2.3	159	79	3	405	19	26	29	24	1.98
35955953--35956249	159	1.9	159	86	1	425	16	27	31	23	1.96
35956374--35956426	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
35956400--35956763	159	2.3	157	77	4	363	20	27	28	23	1.99
35958167--35958613	159	2.8	157	77	7	461	19	27	31	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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