genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  194  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20581996--20582559	158	3.6	159	79	4	489	25	30	26	18	1.98
20581996--20582656	158	4.2	157	77	4	407	23	30	26	19	1.98
20582630--20582682	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
20582986--20583036	26	2.0	26	88	0	75	29	19	23	27	1.98
20583485--20583537	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
20590029--20590081	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20590748--20590798	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
20590808--20591253	157	3.0	145	74	11	339	24	31	26	17	1.97
20591235--20591290	26	2.2	26	90	0	85	25	16	26	32	1.96
20591090--20591445	184	1.9	183	86	2	500	25	28	25	20	1.99
20590555--20591898	501	2.7	486	82	4	1447	24	29	25	19	1.98
20591261--20591762	158	3.2	158	74	3	463	24	29	26	20	1.99
20591736--20591788	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
20591431--20592065	355	1.8	346	81	6	798	23	29	26	20	1.99
20592103--20592160	26	2.2	27	87	9	84	25	20	25	27	1.99
20592129--20592640	159	3.2	158	76	6	482	21	27	28	21	1.99
20594004--20594509	159	3.2	157	76	6	489	22	30	27	19	1.98
20594483--20594535	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
20595205--20595257	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20596979--20597029	26	2.0	26	84	7	68	31	15	23	29	1.95
20597688--20597738	26	2.0	26	92	0	84	29	19	27	23	1.98
20597473--20597808	181	1.9	181	81	5	410	25	27	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20598939--20598989	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
20599135--20599187	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
20598768--20599258	196	2.5	198	85	3	636	25	27	26	20	1.99
20600360--20600693	158	2.1	159	79	5	354	24	31	26	16	1.96
20600675--20600727	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
20601017--20601069	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
20600360--20601142	342	2.3	339	84	3	1005	24	29	28	18	1.98
20602080--20602581	158	3.2	159	77	5	473	23	28	27	20	1.99
20603693--20603745	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
20606104--20606394	159	1.8	159	82	2	379	24	27	26	20	1.99
20606590--20606642	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
20607441--20607837	158	2.5	158	78	6	444	23	31	25	19	1.98
20607441--20607908	159	3.0	156	75	5	474	24	30	27	18	1.98
20606113--20608027	685	2.8	683	79	7	2189	24	28	26	20	1.99
20607956--20608008	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
20608689--20608739	26	2.0	26	88	7	77	33	17	19	29	1.95
20609084--20609570	159	3.1	157	75	8	389	25	29	26	18	1.98
20609552--20609602	26	2.0	26	92	0	84	25	9	31	33	1.88
20609017--20610132	501	2.2	501	82	3	1298	23	28	26	20	1.99
20609578--20610078	158	3.2	158	75	7	379	21	30	27	20	1.98
20611143--20611572	159	2.7	158	79	3	425	23	30	26	18	1.98
20611605--20611662	26	2.2	27	90	3	91	27	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20612327--20612379	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
20612511--20612563	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20613247--20613779	158	3.4	157	77	8	548	21	31	27	19	1.97
20613753--20613805	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20615009--20615087	26	3.0	26	92	0	131	22	20	29	27	1.98
20616101--20616153	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
20617252--20617644	210	1.9	210	86	3	567	24	27	25	22	2.00
20617588--20618004	159	2.6	156	80	5	444	24	29	27	17	1.98
20618891--20618943	26	2.0	26	89	7	81	22	20	28	28	1.99
20619275--20619727	159	2.9	158	79	6	436	22	29	27	20	1.99
20619752--20619804	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
20620141--20620569	159	2.7	157	77	7	429	24	28	27	19	1.98
20621247--20621274	11	2.5	11	100	0	56	17	39	25	17	1.92
20621859--20621909	26	2.0	26	84	3	68	23	17	23	35	1.95
20621584--20622010	195	2.2	197	82	2	536	22	25	28	22	1.99
20622568--20622620	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
20622671--20623011	171	2.0	171	83	1	423	21	30	26	21	1.98
20624218--20624270	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20624598--20624650	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
20624623--20625023	159	2.5	157	78	6	425	25	27	26	20	1.99
20625099--20625151	26	2.0	26	88	0	79	28	18	24	28	1.98
20623976--20625777	881	2.0	880	82	2	2138	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20626289--20626332	11	4.0	11	87	0	61	13	34	31	20	1.92
20626401--20626453	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
20626586--20626638	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20627253--20627305	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20627966--20628018	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20628309--20628361	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20628066--20628718	330	2.0	331	84	3	848	23	28	26	21	1.99
20628662--20628953	159	1.8	159	94	0	521	22	30	25	21	1.99
20628664--20629117	159	2.9	159	81	5	476	23	31	25	20	1.98
20630274--20630329	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
20630641--20630691	26	2.0	26	88	7	77	31	17	23	27	1.97
20630483--20630843	183	2.0	183	86	1	499	25	29	25	19	1.99
20631129--20631184	26	2.2	26	86	0	76	26	16	25	32	1.96
20630984--20631333	184	1.9	183	81	4	427	26	27	24	21	1.99
20631155--20631656	158	3.2	157	74	6	440	23	28	26	21	1.99
20631630--20631682	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
20633893--20634398	159	3.2	155	76	5	418	24	31	25	18	1.98
20635091--20635143	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
20637404--20637456	26	2.0	26	82	7	63	28	16	24	30	1.97
20637372--20637710	184	1.8	183	84	3	466	25	27	27	20	1.99
20637590--20637640	26	2.0	26	92	0	84	29	19	27	23	1.98
20638486--20638538	26	2.0	26	85	0	70	30	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20638669--20639198	197	2.7	197	84	3	667	24	28	25	20	1.99
20639037--20639089	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20640579--20640631	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
20641802--20642171	184	2.0	184	82	0	452	26	27	24	21	1.99
20641987--20642487	158	3.2	157	77	4	468	25	28	25	21	1.99
20643600--20643652	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20644992--20645041	26	1.9	26	92	8	84	30	18	24	28	1.97
20646091--20646142	26	2.0	26	88	7	79	25	17	26	30	1.97
20646314--20646811	157	3.2	159	79	7	507	22	29	28	20	1.98
20646778--20646827	26	2.0	24	85	14	66	32	16	26	26	1.96
20646785--20646837	26	2.0	26	82	7	63	30	16	24	28	1.97
20648165--20648995	354	2.3	354	81	3	931	23	29	26	19	1.98
20648691--20648741	26	2.0	26	88	0	75	33	19	21	25	1.97
20649189--20649241	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
20649883--20649934	26	2.0	26	92	7	88	28	19	21	30	1.97
20649912--20650272	158	2.3	158	77	2	364	26	27	25	20	1.99
20649912--20650295	159	2.4	157	76	4	376	25	27	26	20	1.99
20649912--20650346	159	2.8	157	75	5	374	25	28	26	19	1.99
20650396--20650448	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
20649881--20650927	511	2.1	500	81	4	1190	24	28	25	21	1.99
20650422--20650921	157	3.2	156	74	6	436	24	30	25	20	1.99
20651618--20651670	26	2.0	26	85	7	72	32	22	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20651647--20652086	157	2.8	157	78	4	420	23	31	28	16	1.96
20652810--20652862	26	2.0	26	85	7	72	32	22	22	22	1.98
20652839--20653279	158	2.8	158	76	5	401	23	31	28	16	1.96
20653684--20654150	159	2.9	157	76	3	443	23	29	27	19	1.98
20654957--20654992	13	2.8	13	100	0	72	30	30	38	0	1.58
20656268--20656320	26	2.0	26	89	7	81	32	16	20	30	1.95
20656738--20656790	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20657249--20657301	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20657443--20657475	11	3.0	11	95	0	57	18	30	27	24	1.98
20658095--20658146	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402