genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.387.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  387  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35092263--35092341	26	3.0	26	88	0	122	29	20	24	26	1.99
35092327--35092794	171	2.7	171	78	5	455	21	30	27	19	1.98
35093327--35093378	26	2.0	25	85	10	70	28	23	21	26	1.99
35093823--35093875	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
35094042--35094401	184	2.0	185	81	4	433	24	28	26	20	1.99
35094217--35094717	158	3.2	157	77	8	480	23	30	26	19	1.98
35092977--35094794	868	2.1	870	81	5	2100	24	29	26	19	1.99
35095229--35095281	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
35096801--35096853	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
35096826--35097328	158	3.2	156	79	8	487	21	29	28	20	1.98
35097302--35097354	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35104446--35104499	26	2.1	26	85	0	72	27	20	29	22	1.98
35104653--35105022	184	2.0	184	85	1	490	25	28	25	20	1.99
35104837--35105274	159	2.8	157	77	6	452	23	28	28	19	1.98
35105314--35105364	26	2.0	26	84	0	66	27	15	27	29	1.96
35106036--35106086	26	2.0	26	96	0	93	31	19	23	25	1.98
35106061--35106478	158	2.6	158	78	3	439	24	29	27	17	1.98
35106536--35106588	26	2.0	26	89	7	81	24	15	28	32	1.95
35107443--35107495	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35107970--35108020	26	2.0	26	88	7	77	27	17	25	29	1.98
35108729--35109179	158	2.9	155	74	10	387	24	30	26	18	1.98
35109777--35109829	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35110118--35110170	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35110313--35110365	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35110814--35110866	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35114291--35114343	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35114317--35114731	159	2.6	158	78	3	415	19	26	31	23	1.98
35114792--35114844	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
35115513--35115565	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
35115975--35116027	26	2.0	26	85	7	72	24	20	22	32	1.98
35117965--35118409	159	2.8	160	78	6	469	18	28	29	24	1.98
35118381--35118433	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35118761--35118813	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
35120598--35120951	158	2.2	158	82	4	435	19	25	30	24	1.98
35122101--35122128	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
35122222--35122274	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
35123080--35123574	158	3.1	156	72	6	413	20	27	29	22	1.99
35123548--35123600	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
35123903--35123981	26	3.0	26	90	0	113	31	26	16	25	1.96
35124412--35124464	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
35130983--35131035	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35131009--35131682	159	4.2	158	77	6	568	19	27	31	21	1.97
35131656--35131708	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35131682--35132184	159	3.2	158	77	5	455	19	27	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35132156--35132208	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
35132444--35132495	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
35132943--35132995	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35131466--35133015	786	2.0	789	84	2	2044	20	26	30	23	1.98
35131466--35133036	787	2.0	789	84	2	2041	20	26	30	22	1.98
35132785--35133338	184	3.0	183	81	4	621	20	26	29	24	1.99
35133127--35133179	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35135042--35135091	26	1.9	26	88	8	75	32	14	20	34	1.92
35135226--35136148	159	5.8	158	74	9	638	23	30	27	18	1.97
35135385--35135992	157	3.9	157	75	7	473	23	31	27	17	1.97
35135206--35135968	316	2.4	317	84	3	966	23	30	27	17	1.97
35135223--35136134	316	2.9	315	82	5	935	23	30	27	18	1.98
35138315--35138367	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
35138651--35138720	20	3.5	20	90	1	97	12	45	18	22	1.83
35139095--35139147	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
35140550--35141052	159	3.2	157	75	9	443	23	29	26	20	1.99
35141026--35141078	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
35141664--35141719	26	2.2	26	90	6	87	30	19	21	28	1.98
35142770--35143585	158	5.2	157	73	6	601	24	28	26	20	1.99
35142769--35143585	316	2.6	314	81	4	926	23	28	26	20	1.99
35143559--35143611	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
35144792--35144844	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35144817--35145247	159	2.7	156	75	6	386	23	29	27	19	1.98
35144988--35145722	342	2.1	343	83	2	911	22	28	27	20	1.99
35145635--35145687	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35146353--35146404	26	2.0	26	88	3	79	23	19	28	28	1.98
35146695--35146772	26	3.0	25	85	5	102	28	16	25	29	1.97
35146898--35147212	171	1.8	171	82	4	402	24	30	25	19	1.98
35148049--35148093	19	2.2	20	84	11	65	0	37	31	31	1.58
35148055--35148093	19	2.1	19	95	0	69	0	35	30	33	1.58
35150140--35150192	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35150895--35151415	158	3.3	157	78	5	539	24	31	25	18	1.98
35153747--35153799	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35155674--35155723	26	2.0	25	88	4	73	32	18	22	28	1.97
35156013--35156063	24	2.0	26	85	7	70	27	21	25	25	1.99
35157105--35157568	159	2.9	157	77	5	470	24	31	25	18	1.98
35158855--35158907	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
35160641--35161132	158	3.1	158	77	7	469	22	30	27	18	1.98
35161109--35161158	26	1.9	26	87	0	73	28	22	26	24	1.99
35162695--35162747	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35163432--35163879	159	2.8	158	79	4	465	22	28	28	20	1.99
35163908--35163960	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
35164275--35164327	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35163710--35164375	367	1.8	368	87	2	1009	21	28	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35170918--35171292	158	2.4	158	77	5	373	26	28	26	19	1.99
35171405--35171457	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35170891--35171988	505	2.2	497	82	5	1307	24	28	26	21	1.99
35171899--35171951	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
35172891--35172944	26	2.0	26	85	3	72	27	18	25	27	1.98
35174678--35174730	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
35175426--35175922	159	3.1	159	75	5	398	23	29	27	19	1.98
35176523--35176562	21	1.9	21	100	0	80	5	35	25	35	1.78
35176761--35176818	26	2.2	27	84	9	75	29	18	22	29	1.98
35176602--35177060	184	2.5	185	81	4	554	23	26	28	21	1.99
35176945--35176997	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
35177666--35177718	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
35177692--35178193	158	3.2	158	74	7	464	25	29	24	19	1.99
35178167--35178245	26	3.0	26	90	0	122	27	20	25	26	1.99
35179231--35179285	26	2.2	25	87	9	76	29	21	20	29	1.98
35179728--35179780	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
35179940--35180305	183	2.0	184	82	5	456	25	28	26	19	1.99
35180121--35180527	159	2.6	158	78	6	430	25	30	28	16	1.97
35178881--35180698	867	2.1	870	81	4	2115	24	28	26	20	1.99
35182703--35182755	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
35182729--35183230	158	3.2	160	77	5	509	23	29	27	19	1.98
35183204--35183282	26	3.0	25	94	3	131	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35190572--35190932	184	2.0	183	86	1	499	24	28	27	19	1.99
35190757--35191237	159	3.0	157	79	5	563	21	30	29	19	1.97
35191232--35191282	26	2.0	26	84	0	66	25	13	29	31	1.94
35191955--35192005	26	2.0	26	92	0	84	33	21	19	25	1.97
35191980--35192481	159	3.2	157	77	6	447	23	29	27	19	1.98
35192455--35192507	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35193362--35193414	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35193889--35193941	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
35194638--35195204	158	3.6	156	74	8	453	24	30	28	17	1.97
35195697--35195749	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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