genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  180  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19572634--19572686	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19574199--19574251	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
19574332--19574739	158	2.6	159	79	6	427	19	27	29	24	1.98
19575434--19575486	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
19576312--19576364	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
19576508--19576560	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19583107--19583421	157	2.0	156	91	1	506	38	15	20	25	1.92
19583558--19583940	171	2.2	168	78	8	405	21	25	31	21	1.98
19584041--19584092	26	2.0	26	100	0	104	26	23	19	30	1.98
19585698--19586074	158	2.4	158	84	2	497	19	27	29	24	1.98
19585671--19586073	159	2.5	159	82	2	533	18	27	29	24	1.98
19586047--19586099	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19587746--19587900	83	1.9	83	82	2	195	10	33	28	27	1.90
19588060--19588111	25	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
19588971--19589020	26	2.0	25	84	11	66	28	26	18	28	1.98
19589712--19589764	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
19592278--19592722	220	2.0	219	88	3	664	36	19	15	28	1.93
19592628--19592942	157	2.0	156	90	3	499	38	15	20	25	1.92
19593078--19593460	170	2.2	169	77	8	391	21	25	30	21	1.99
19593562--19593615	27	2.0	27	100	0	108	29	22	18	29	1.97
19595072--19595122	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
19595223--19595598	158	2.4	158	84	2	497	19	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19595571--19595623	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19597147--19597196	26	1.9	26	88	8	75	26	26	20	28	1.99
19597257--19597415	86	1.8	86	86	2	230	10	34	28	27	1.89
19597574--19597626	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
19598294--19598347	26	2.1	26	89	6	83	27	27	18	25	1.98
19598483--19598533	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
19599229--19599281	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
19599333--19599755	158	2.7	158	78	3	458	20	29	27	22	1.98
19600188--19600636	159	2.8	158	78	3	490	18	27	29	24	1.98
19600609--19600660	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
19601331--19601383	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19607470--19607522	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19607309--19607816	184	2.8	184	80	1	561	20	27	28	22	1.99
19607832--19608181	159	2.2	159	80	4	382	19	27	30	23	1.98
19608155--19608207	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19608861--19608913	26	2.0	26	85	7	72	28	18	20	32	1.97
19609426--19609820	171	2.3	171	84	1	497	20	26	32	20	1.97
19609890--19609942	26	2.0	26	85	0	70	28	22	16	32	1.96
19609916--19610417	158	3.2	158	77	3	517	21	27	28	22	1.99
19610391--19610443	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19611113--19611165	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19611456--19611508	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19611353--19612267	196	4.7	197	79	2	910	22	25	27	24	2.00
19612045--19612097	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
19611424--19612267	393	2.2	392	83	3	1045	22	25	27	24	2.00
19612424--19612475	27	2.0	26	92	3	86	26	25	19	28	1.98
19612922--19612972	26	2.0	26	92	7	86	29	21	19	29	1.98
19612763--19613127	182	2.0	181	85	5	488	21	26	28	23	1.99
19614829--19614881	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19615535--19615587	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
19616101--19616495	171	2.3	171	84	1	506	20	26	33	20	1.97
19616565--19616617	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19616599--19617092	158	3.1	158	78	3	535	21	27	28	22	1.99
19617066--19617118	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19617788--19617840	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19618304--19618354	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
19618804--19618854	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
19617736--19620689	500	5.6	499	72	14	2019	21	26	28	23	1.99
19618985--19619037	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19618878--19619797	196	4.7	196	80	2	1015	22	25	28	23	1.99
19619574--19619626	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
19618735--19619797	393	2.7	387	82	4	1241	21	25	28	24	1.99
19619955--19620005	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
19619981--19620479	158	3.2	157	75	5	495	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19620455--19620505	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
19620295--19620663	183	2.0	184	87	2	528	20	26	28	24	1.99
19620809--19620859	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
19620369--19621176	354	2.3	347	79	5	889	19	26	29	23	1.99
19620835--19621334	158	3.2	159	75	7	480	20	26	30	23	1.98
19621308--19621386	26	3.0	26	96	3	142	26	22	20	30	1.98
19619470--19621360	855	2.2	868	84	3	2481	20	26	28	23	1.99
19621530--19621582	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
19630567--19630619	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19631486--19631538	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19631606--19632053	158	2.8	158	76	4	409	19	27	30	23	1.98
19631512--19632004	158	3.1	156	76	5	517	19	26	31	23	1.98
19631587--19632053	159	2.9	158	76	3	463	19	27	30	22	1.98
19632169--19632224	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
19632404--19632690	158	1.8	158	79	3	335	19	25	29	25	1.99
19632255--19632701	159	2.8	158	75	7	422	19	26	29	24	1.98
19632881--19632940	26	2.4	26	77	5	70	28	28	18	25	1.98
19632915--19633410	158	3.1	156	77	6	469	21	26	27	23	1.99
19633924--19633976	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
19634149--19634442	158	1.9	158	82	5	378	18	25	30	24	1.98
19634425--19634477	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
19634621--19634673	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19635696--19635748	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19636039--19636427	185	2.1	184	83	3	487	22	26	25	24	2.00
19636382--19636434	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
19638412--19638464	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19637812--19638940	501	2.3	496	79	4	1177	20	26	29	24	1.99
19639736--19639788	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19639388--19639947	196	3.0	182	76	10	552	20	26	28	24	1.99
19639638--19640448	343	2.4	341	86	3	1090	19	28	28	23	1.98
19640079--19640131	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19640105--19640607	159	3.2	157	76	5	519	18	27	29	23	1.98
19640581--19640633	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
19641261--19641990	342	2.1	341	83	2	924	19	26	29	24	1.98
19641652--19642152	158	3.2	157	77	6	512	17	25	31	24	1.97
19642902--19643392	158	3.1	156	76	4	457	19	27	30	21	1.98
19643520--19643572	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19643887--19643939	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
19643913--19644254	158	2.2	157	85	3	456	19	26	30	23	1.98
19644231--19644280	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
19644949--19645001	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
19645494--19645546	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
19647096--19647147	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
19647122--19647621	158	3.2	156	77	7	519	20	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19647595--19647647	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19647438--19647806	184	2.0	183	83	1	470	20	27	28	23	1.99
19647023--19648649	499	3.3	498	83	2	1947	19	26	29	23	1.98
19648093--19648145	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
19648119--19648610	159	3.1	157	76	7	460	19	25	31	23	1.98
19649816--19649868	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19649292--19651261	869	2.3	866	83	4	2439	20	26	28	24	1.99
19651055--19651391	184	1.8	184	82	0	431	21	26	29	23	1.99
19651041--19651461	184	2.3	184	76	4	418	20	25	28	25	1.99
19652471--19652521	26	2.0	26	84	7	68	29	29	13	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402