genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  214  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22053472--22053867	157	2.5	159	75	4	370	25	27	27	19	1.99
22055062--22055423	184	2.0	184	81	4	435	22	30	27	20	1.98
22055247--22055740	159	3.1	157	77	7	433	22	30	27	20	1.98
22055714--22055766	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22056345--22056369	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
22056447--22056499	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
22056472--22056828	157	2.3	157	79	3	385	24	30	26	19	1.98
22057128--22057180	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
22057154--22057655	159	3.2	156	78	6	494	25	30	24	19	1.98
22057629--22057681	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
22057153--22058393	684	1.8	686	84	2	1697	24	29	25	20	1.99
22059042--22059855	158	5.1	156	75	6	557	23	29	27	19	1.98
22059054--22059862	317	2.5	314	82	2	900	23	30	27	19	1.98
22059044--22059799	159	4.8	158	74	6	573	23	30	27	18	1.98
22061146--22061177	11	2.9	11	90	0	55	18	34	25	21	1.96
22061590--22061642	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
22061787--22062146	158	2.3	157	80	6	388	27	29	24	18	1.98
22063028--22063077	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
22063746--22063797	26	2.0	26	85	7	70	26	15	26	30	1.96
22063770--22064272	158	3.2	158	79	3	474	21	29	29	19	1.98
22064246--22064298	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
22065008--22065540	160	3.4	159	81	5	594	23	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22065008--22065593	319	1.8	317	80	3	712	23	29	28	18	1.98
22065974--22066025	26	2.0	26	88	0	77	23	17	28	30	1.97
22065339--22066145	343	2.4	336	78	8	806	22	29	28	19	1.98
22066182--22066234	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22067085--22067587	159	3.2	156	74	7	426	23	28	27	20	1.99
22067561--22067613	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22068311--22068833	170	3.1	170	87	1	692	22	31	26	18	1.97
22068922--22069337	158	2.6	158	79	3	433	25	28	28	18	1.98
22069399--22069450	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
22076013--22076504	158	3.1	158	76	6	476	22	29	28	20	1.98
22076478--22076529	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
22076319--22076874	185	3.0	183	80	5	575	22	28	27	20	1.99
22076689--22077191	159	3.2	156	76	5	409	24	28	26	21	1.99
22075988--22077287	687	1.9	685	81	2	1606	23	27	27	20	1.99
22078926--22078987	27	2.3	27	75	8	65	24	19	24	32	1.98
22079815--22079867	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
22080975--22081010	13	2.8	13	86	0	54	19	30	47	2	1.64
22081102--22081153	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
22081919--22081945	12	2.2	12	100	0	54	0	25	33	40	1.56
22082469--22082521	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
22081101--22083600	868	2.9	870	81	5	2819	23	28	26	21	1.99
22082861--22083321	159	2.9	158	76	7	454	24	29	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22083336--22083388	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
22085534--22086035	158	3.2	157	78	6	514	22	29	28	19	1.98
22086009--22086061	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22085850--22086403	184	3.0	181	79	6	614	24	29	27	19	1.98
22086193--22086245	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
22086694--22086746	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22087729--22087779	25	2.1	24	88	3	75	27	23	25	23	2.00
22087929--22087981	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22090578--22090630	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
22091455--22091507	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
22091994--22092046	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
22092020--22092517	159	3.1	159	75	7	382	23	29	26	20	1.99
22093746--22093798	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
22094471--22094522	26	2.0	26	88	7	79	28	17	23	30	1.97
22094496--22095400	158	5.6	158	71	12	547	23	29	26	20	1.99
22095153--22095511	157	2.3	156	79	7	411	24	30	25	19	1.98
22095631--22095678	25	1.9	25	91	0	78	25	20	29	25	1.99
22096078--22096130	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22096103--22096545	159	2.8	158	75	8	398	26	29	26	17	1.98
22096579--22096631	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
22096942--22096994	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22096262--22097379	363	3.2	353	79	8	1156	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22097297--22097349	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
22097137--22097500	185	2.0	185	87	2	536	24	29	26	20	1.99
22097323--22097820	158	3.1	157	76	5	484	22	29	28	19	1.98
22106826--22106876	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
22107229--22107675	159	2.8	158	77	5	402	23	29	27	19	1.98
22107024--22108104	513	2.1	513	80	2	1148	25	28	25	21	1.99
22108219--22108269	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
22108585--22108637	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22107521--22109423	867	2.2	870	82	4	2228	24	28	26	21	1.99
22109779--22109831	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
22109804--22110166	158	2.3	158	81	3	424	23	31	27	17	1.97
22109864--22110299	159	2.8	158	76	4	378	22	31	26	19	1.97
22110280--22110332	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
22109358--22110503	514	2.2	519	77	8	1178	23	29	27	19	1.98
22110911--22110966	26	2.2	26	86	0	76	26	21	23	28	1.99
22111303--22112072	317	2.4	315	81	5	899	23	30	27	18	1.98
22111304--22112115	159	5.1	158	74	7	619	23	29	27	19	1.98
22113016--22113417	159	2.5	158	76	6	393	26	29	25	17	1.98
22113492--22113544	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22112627--22115342	881	3.1	867	81	4	3035	25	29	25	19	1.99
22114752--22114804	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
22114777--22115140	157	2.3	157	76	5	374	26	29	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22115973--22116025	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
22116156--22116818	159	4.2	159	73	6	438	23	29	27	19	1.98
22115998--22116818	317	2.6	316	83	4	981	23	29	26	20	1.98
22115998--22116748	159	4.7	154	74	7	522	23	29	27	19	1.98
22116633--22117003	184	2.0	184	84	3	478	25	28	25	21	1.99
22117295--22117347	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
22116472--22117450	503	1.9	502	81	5	1181	24	28	27	19	1.99
22117321--22117873	170	3.3	165	80	8	504	23	29	25	20	1.99
22117630--22118155	158	3.3	157	74	6	373	24	30	25	19	1.98
22116827--22118431	843	1.9	839	80	5	1878	23	29	27	19	1.98
22119186--22119237	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
22120615--22120667	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22121786--22121838	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
22122135--22122527	158	2.5	158	79	7	379	23	30	25	20	1.99
22127719--22127769	26	2.0	26	92	7	86	29	15	23	31	1.95
22128063--22128115	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22128431--22128483	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
22128456--22129274	159	5.2	159	75	5	645	22	28	27	21	1.99
22128456--22129274	317	2.6	316	84	2	1029	22	28	27	21	1.99
22129248--22129300	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22129050--22130050	354	2.8	354	86	1	1333	24	28	26	20	1.99
22130480--22130532	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22131520--22131569	25	2.0	25	88	7	75	28	14	28	30	1.95
22132584--22132636	26	2.0	26	88	0	79	28	16	22	32	1.96
22139880--22139907	11	2.5	11	100	0	56	7	32	35	25	1.83
22139993--22140373	158	2.4	158	77	5	394	25	28	25	19	1.99
22140469--22140521	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22140679--22141488	158	5.1	157	76	6	614	24	28	26	20	1.99
22140678--22141374	158	4.4	160	78	4	646	24	28	26	20	1.99
22140676--22141491	316	2.6	313	82	3	947	24	28	26	20	1.99
22142771--22143269	158	3.2	158	76	2	448	22	28	28	20	1.98
22145044--22145096	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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