genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.400.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  400  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36117493--36118155	355	1.9	355	85	0	923	24	29	26	19	1.98
36118039--36118091	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
36118788--36119130	158	2.2	158	81	3	386	23	29	26	20	1.99
36119104--36119156	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
36119773--36119825	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36119593--36120246	355	1.8	355	85	0	905	24	27	28	19	1.99
36121873--36121925	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
36122897--36122949	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36130356--36130408	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
36130381--36130799	158	2.6	157	76	7	425	26	28	26	18	1.98
36130859--36130908	26	1.9	26	87	0	73	24	16	30	30	1.96
36131579--36131630	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
36132760--36132812	26	2.0	26	82	7	63	30	20	22	26	1.98
36133626--36133678	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
36132958--36134048	343	3.1	342	74	9	982	24	28	26	20	1.99
36135822--36136187	159	2.3	158	78	6	391	26	28	24	19	1.99
36136297--36136349	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
36137349--36137398	26	2.0	25	96	4	91	32	20	24	24	1.98
36138365--36138416	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
36138865--36138917	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
36140061--36140113	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
36140807--36141213	158	2.6	158	80	5	448	25	28	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36141281--36141333	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
36141705--36142333	314	2.0	303	80	6	699	22	31	28	17	1.97
36141861--36142384	158	3.3	156	77	3	507	22	30	28	18	1.97
36143078--36143130	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
36143103--36143593	159	3.1	157	77	4	492	24	30	26	18	1.98
36143673--36144103	159	2.7	158	76	4	382	21	29	28	20	1.98
36144080--36144129	26	1.9	26	92	8	84	28	20	28	24	1.99
36144799--36144851	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36145627--36145679	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
36146348--36146400	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36146374--36146876	159	3.2	159	76	5	426	23	30	27	19	1.98
36147007--36147048	12	3.5	12	93	0	66	4	47	28	19	1.69
36147236--36147312	26	3.0	26	88	5	104	29	16	23	29	1.96
36154020--36154072	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
36154698--36154988	158	1.8	158	82	2	379	25	26	27	20	1.99
36154690--36155037	158	2.2	158	78	2	367	23	29	25	21	1.99
36155047--36155099	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
36155390--36155442	26	2.0	26	86	13	74	26	16	24	32	1.97
36155599--36155651	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
36156100--36156152	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
36156622--36156674	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
36156935--36156985	26	2.0	26	92	0	84	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36157659--36157711	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
36159846--36159898	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36159871--36160846	158	6.2	159	77	6	842	23	30	27	18	1.98
36159872--36160846	317	3.1	310	79	5	974	23	30	27	18	1.98
36160820--36160872	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
36161430--36161454	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
36161987--36162039	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
36162355--36162407	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
36162854--36162905	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
36163714--36163765	25	2.0	25	82	10	61	26	13	26	32	1.94
36164445--36165175	158	4.6	159	74	7	619	24	29	27	18	1.98
36164444--36165175	317	2.3	316	82	5	881	24	29	27	18	1.98
36164444--36165198	159	4.8	158	74	7	643	23	29	27	19	1.98
36165224--36165276	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
36165833--36166194	158	2.3	159	83	6	475	19	25	30	24	1.98
36166568--36167073	158	3.2	156	75	6	466	20	27	28	23	1.99
36167047--36167099	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36169398--36169450	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
36171583--36171635	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
36171608--36172073	158	2.9	159	76	5	444	23	30	27	19	1.98
36172084--36172136	26	2.0	26	85	7	72	28	15	22	33	1.94
36172698--36172723	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36172767--36172819	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
36172792--36173208	159	2.6	158	78	1	442	23	29	29	17	1.98
36173255--36173307	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
36173624--36173676	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
36174125--36174176	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
36175716--36176448	316	2.3	316	85	2	945	24	29	27	18	1.98
36175716--36176471	159	4.8	158	75	6	675	23	29	27	18	1.98
36176497--36176549	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
36177107--36177467	157	2.3	158	83	5	469	19	26	30	22	1.98
36177533--36177580	20	2.4	20	100	0	96	22	20	45	10	1.81
36177861--36178366	158	3.2	156	76	6	484	20	27	28	23	1.99
36178340--36178392	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36179644--36179696	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
36180604--36181000	159	2.5	157	78	4	386	19	27	27	24	1.99
36180510--36181000	158	3.1	158	76	3	484	20	26	28	23	1.99
36181387--36181880	158	3.1	157	70	8	385	20	26	28	24	1.99
36182221--36182273	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36180129--36182749	868	3.0	861	79	4	2803	20	25	28	24	1.99
36182893--36182945	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
36183371--36183420	25	2.0	26	88	4	75	28	24	16	32	1.96
36183520--36183744	125	1.8	125	84	3	310	22	26	26	24	2.00
36183836--36183886	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36184556--36184608	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
36184621--36185124	158	3.2	158	77	3	503	18	26	31	23	1.97
36185241--36185293	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
36187390--36187445	26	2.2	26	87	6	78	30	23	19	26	1.98
36187170--36187576	185	2.2	184	80	4	435	21	24	28	25	1.99
36187895--36187947	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
36189431--36189509	26	3.0	26	94	3	133	27	24	18	29	1.98
36190107--36190159	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36190292--36190344	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
36190488--36190540	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36191061--36191116	26	2.2	26	90	6	87	32	26	16	25	1.96
36191247--36191299	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
36191038--36191459	185	2.3	183	82	5	487	23	26	26	23	2.00
36191273--36191775	159	3.2	158	73	5	467	20	26	29	23	1.99
36191749--36191801	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
36192151--36192616	158	2.9	158	79	2	450	18	25	31	24	1.97
36192590--36192642	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
36194179--36194229	26	2.0	26	84	7	68	35	29	7	27	1.85
36194680--36194732	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
36196389--36196441	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
36198391--36198495	21	5.0	21	94	0	156	40	31	6	20	1.79
36198391--36198488	42	2.3	42	96	0	178	39	31	7	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36199718--36199795	26	3.0	26	90	3	122	24	30	19	25	1.98
36200245--36200296	25	2.0	26	81	3	61	30	17	23	28	1.97
36200965--36201017	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
36201845--36201897	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
36202332--36202383	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
36202807--36202858	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
36203530--36203582	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
36203556--36204048	158	3.1	159	75	7	381	20	26	29	23	1.99
36204408--36204460	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
36205337--36206000	159	4.2	159	78	5	603	20	26	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402