genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  155  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17738572--17738903	157	2.1	159	80	4	377	19	28	28	23	1.99
17738515--17738939	158	2.7	158	79	4	417	18	27	29	23	1.98
17739065--17739117	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
17739559--17739611	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17740060--17740112	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17740265--17740626	184	2.0	184	82	2	449	21	26	27	24	1.99
17740780--17740835	26	2.2	26	90	0	85	28	23	19	28	1.98
17741308--17741360	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
17741925--17742216	158	1.8	159	81	2	363	19	28	28	23	1.98
17742190--17742242	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17741599--17742281	355	1.9	356	84	2	915	20	26	28	24	1.99
17742040--17742399	184	2.0	184	85	2	490	19	26	29	25	1.98
17743247--17743697	158	2.8	159	78	5	410	19	26	30	23	1.98
17744125--17744177	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17743975--17744335	184	2.0	185	87	1	519	19	26	29	24	1.98
17745551--17745603	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17747191--17747243	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
17747249--17747600	159	2.2	158	81	1	427	19	28	30	21	1.97
17747424--17747732	171	1.8	171	80	2	379	20	27	30	22	1.98
17747705--17747757	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17747120--17748075	514	1.9	514	80	3	1125	20	27	28	23	1.99
17748395--17748447	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17750003--17750055	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17750517--17750569	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17752037--17752089	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
17752127--17752566	159	2.8	158	80	6	478	18	26	31	23	1.97
17752063--17752564	158	3.2	157	78	6	512	19	25	31	23	1.98
17752538--17752590	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17752747--17752825	26	3.0	26	86	0	104	27	24	18	29	1.98
17753207--17753238	11	2.9	11	95	0	55	28	28	25	18	1.98
17753812--17753864	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
17753879--17754345	158	2.9	159	80	5	543	20	28	28	22	1.99
17755193--17755245	26	2.0	26	92	7	90	26	26	22	24	2.00
17755587--17755988	159	2.5	158	76	5	414	21	29	29	19	1.97
17756248--17756297	26	1.9	26	88	8	75	24	26	24	26	2.00
17755904--17756384	184	2.6	187	79	5	433	21	23	29	25	1.99
17756528--17756578	26	2.0	26	92	7	86	33	23	15	27	1.95
17756997--17757049	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17757710--17757759	26	1.9	26	95	0	91	24	24	22	30	1.99
17757739--17758234	158	3.1	155	76	7	462	19	27	30	22	1.98
17758393--17758444	26	2.0	26	88	7	79	26	28	19	25	1.98
17758735--17758787	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
17759674--17759972	158	1.9	158	80	0	346	17	28	31	22	1.97
17759482--17759972	159	3.1	158	73	5	465	18	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17759955--17760007	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17760677--17760729	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
17761474--17761525	26	2.0	26	88	0	77	26	25	17	30	1.97
17767644--17767696	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17768024--17768076	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17768050--17768551	158	3.2	156	74	7	460	19	26	29	23	1.98
17768525--17768577	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
17769252--17769304	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17769278--17769666	159	2.4	158	76	8	374	22	26	29	21	1.99
17769756--17769834	26	3.0	26	92	0	122	30	22	17	29	1.97
17770662--17770714	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
17771926--17771977	26	2.0	25	85	3	68	32	28	13	25	1.93
17772425--17772477	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
17772485--17772842	171	2.1	170	83	0	437	20	28	31	18	1.97
17772091--17773333	684	1.8	683	82	2	1589	21	26	29	22	1.99
17773806--17773858	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
17774914--17775271	158	2.3	158	80	4	425	19	27	31	22	1.98
17775762--17775811	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
17775788--17776927	159	7.2	156	68	10	551	20	26	28	23	1.99
17776390--17776439	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
17777084--17777135	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
17777300--17777835	159	3.4	159	77	4	490	22	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17779353--17779385	12	2.8	12	90	0	57	33	27	36	3	1.72
17780156--17780208	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
17780098--17780645	196	2.7	195	84	6	620	21	26	28	23	1.99
17780352--17780404	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17780561--17780613	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
17781062--17781114	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
17780893--17781390	273	1.8	273	85	2	705	23	24	27	24	2.00
17781704--17781756	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17781730--17782231	158	3.2	158	77	6	541	19	27	29	22	1.98
17781608--17782928	697	1.9	698	82	2	1677	19	27	28	23	1.99
17783246--17783298	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
17783272--17783657	158	2.4	157	75	4	373	21	25	30	22	1.99
17783747--17783799	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
17783214--17784366	513	2.3	501	81	5	1337	21	26	29	23	1.99
17783837--17784286	159	2.8	159	79	4	471	20	26	29	24	1.99
17784457--17784509	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17784230--17784799	197	2.9	195	82	3	637	20	29	26	22	1.99
17784654--17784705	26	2.0	26	84	0	68	26	26	19	26	1.99
17784687--17785180	158	3.1	157	76	6	496	19	27	30	22	1.98
17785154--17785206	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
17786409--17786461	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
17786499--17786937	159	2.8	157	77	7	440	18	28	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17786435--17786921	158	3.1	158	75	9	495	19	28	30	22	1.98
17786910--17786962	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
17786680--17787842	367	3.3	341	77	10	1019	19	28	29	22	1.98
17787315--17787657	159	2.2	157	80	5	377	18	30	30	20	1.96
17787528--17787866	184	1.8	185	87	1	502	20	28	28	23	1.99
17787815--17787867	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17788514--17788566	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17788540--17789041	158	3.2	157	75	8	471	20	27	29	22	1.99
17789015--17789067	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
17789217--17789269	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17789011--17789635	195	3.2	194	86	4	781	21	24	28	25	1.99
17789413--17789464	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
17789794--17789844	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
17790293--17790345	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17790489--17790541	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17790622--17790769	80	1.9	76	88	5	224	14	28	28	28	1.96
17790753--17790805	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
17791254--17791820	159	3.6	159	80	4	491	17	28	29	23	1.97
17791795--17791845	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
17793124--17793725	159	3.8	159	79	4	522	18	27	30	23	1.98
17793136--17793725	318	1.9	318	81	3	722	18	27	30	23	1.98
17793698--17793750	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17794403--17794455	26	2.0	26	85	7	72	30	28	15	26	1.96
17794906--17794958	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
17794932--17795777	159	5.2	163	74	10	617	19	28	30	22	1.98
17794994--17795776	318	2.4	324	81	4	841	18	28	31	22	1.97
17796483--17796535	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
17795678--17797259	722	2.2	725	88	2	2307	26	23	22	27	2.00
17797268--17797563	159	1.9	157	80	4	344	19	26	29	23	1.99
17797231--17797730	157	3.2	156	75	6	382	20	25	29	25	1.99
17797704--17797756	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
17804338--17804388	26	2.0	26	84	7	68	35	25	11	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402