genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  189  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20234655--20234707	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
20234852--20234904	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20234548--20234905	197	1.8	197	85	3	515	21	27	27	22	1.99
20235064--20235366	159	1.9	157	83	4	385	17	26	32	24	1.97
20236308--20236610	159	1.9	159	80	3	349	19	25	31	23	1.98
20236695--20237441	158	4.7	157	74	6	564	19	28	30	22	1.98
20236720--20237438	316	2.3	315	80	3	784	19	28	29	22	1.98
20237767--20237819	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20237793--20238292	157	3.2	155	73	11	426	21	27	28	23	1.99
20238796--20238848	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20239538--20239590	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
20240015--20240071	26	2.2	26	90	0	87	28	15	19	36	1.92
20240747--20240800	27	2.0	26	86	10	74	31	25	18	24	1.97
20241252--20241301	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
20240188--20242001	502	3.6	498	78	7	1683	20	26	29	22	1.99
20242117--20242169	26	2.0	26	96	0	97	28	28	20	22	1.99
20242184--20242476	159	1.9	157	84	1	397	16	29	32	21	1.95
20242143--20243273	158	7.2	156	71	8	470	19	27	29	23	1.98
20243247--20243299	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20243941--20243993	26	2.0	26	82	13	65	30	26	16	26	1.97
20244643--20244697	26	2.0	26	86	6	74	25	29	16	29	1.97
20245743--20245795	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20246490--20247307	316	2.6	314	78	7	868	20	26	28	24	1.99
20247281--20247336	26	2.2	25	82	14	71	30	25	16	28	1.96
20247660--20247712	26	2.0	26	85	0	70	30	24	20	24	1.99
20248160--20248212	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20248894--20248972	26	3.0	26	92	0	122	27	26	17	27	1.98
20256931--20256981	26	2.0	26	84	7	68	29	29	13	27	1.94
20257247--20257298	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
20256909--20257479	304	1.8	304	82	7	727	19	26	28	25	1.99
20257588--20257640	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
20257196--20257956	342	2.2	342	84	3	978	18	26	30	24	1.98
20257614--20258115	158	3.2	157	75	7	383	18	27	30	23	1.98
20257716--20258117	158	2.5	158	77	5	418	17	28	30	23	1.97
20258089--20258141	26	2.0	26	86	13	74	26	20	20	32	1.98
20258302--20258352	26	2.0	26	96	0	93	27	25	21	25	1.99
20258326--20258804	158	3.0	154	74	8	451	18	25	30	24	1.98
20259162--20259214	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
20259229--20260637	158	8.9	158	75	5	1106	19	27	30	23	1.98
20259188--20260637	316	4.6	317	82	2	1622	19	27	29	23	1.98
20259188--20260637	633	2.3	630	84	1	1871	19	27	29	23	1.98
20260610--20260662	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20262298--20262729	159	2.7	158	79	5	424	19	27	29	24	1.98
20263481--20263841	158	2.3	157	79	7	383	19	26	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20263942--20263971	12	2.5	12	94	0	51	33	30	33	3	1.74
20264866--20264918	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20265862--20266204	158	2.2	158	82	3	422	19	27	29	23	1.98
20266387--20266436	26	1.9	26	88	8	75	26	30	18	26	1.98
20266740--20266792	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20266376--20267109	343	2.1	346	81	5	827	20	26	28	23	1.99
20266766--20267180	159	2.6	158	76	4	449	22	24	29	23	1.99
20266766--20267267	158	3.2	156	74	7	451	22	25	27	24	2.00
20267241--20267293	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20267083--20267452	184	2.0	184	83	1	463	21	25	27	24	1.99
20268276--20268328	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
20272485--20272538	26	2.1	26	86	6	74	27	24	20	27	1.99
20275322--20275374	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20275408--20275851	159	2.8	157	74	5	419	17	26	30	25	1.97
20275823--20275875	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
20276650--20277096	159	2.8	158	78	6	431	17	26	31	24	1.97
20277964--20278329	159	2.3	159	79	2	394	19	25	29	26	1.98
20278302--20278354	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20279051--20279100	25	2.0	24	85	11	66	26	22	20	32	1.98
20279076--20279571	158	3.1	159	79	3	525	20	27	30	22	1.98
20279545--20279597	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20280268--20280320	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20281307--20281359	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
20281806--20281858	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20282015--20282067	26	2.0	26	92	0	88	32	26	16	24	1.97
20282357--20282409	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
20283152--20283594	159	2.8	159	77	3	446	17	27	32	22	1.96
20284291--20284343	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20284317--20284817	160	3.2	157	77	5	508	20	27	28	23	1.99
20285049--20285516	159	3.0	157	77	5	476	19	26	30	23	1.98
20285488--20285540	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20284218--20285710	697	2.1	697	83	3	1860	20	26	28	23	1.99
20285869--20285921	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20285895--20286246	159	2.2	157	77	9	367	20	26	30	23	1.98
20286368--20286420	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20286912--20286964	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20287001--20287452	159	2.9	158	77	5	387	19	28	29	22	1.98
20287585--20287637	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
20287928--20287980	26	2.0	26	86	13	74	26	24	18	30	1.98
20288863--20289164	156	1.9	156	81	6	367	19	26	30	23	1.98
20288731--20289164	159	2.8	157	77	6	432	17	28	30	23	1.97
20289138--20289190	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20289346--20289398	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20289687--20289736	26	1.9	26	91	0	82	20	26	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20290593--20290645	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
20290619--20291120	158	3.2	157	74	5	458	21	27	28	22	1.99
20291094--20291146	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20291939--20292217	59	4.7	58	87	4	396	34	14	7	43	1.73
20292234--20292290	30	1.9	30	92	0	96	77	1	5	15	1.03
20292230--20292323	18	4.9	19	75	16	88	75	3	6	14	1.13
20292235--20292290	5	11.6	5	75	21	57	78	1	3	16	0.97
20292826--20292863	19	2.0	19	94	0	67	39	21	7	31	1.82
20293235--20293354	13	8.5	14	66	25	58	69	1	2	26	1.11
20293274--20293328	23	2.4	23	84	9	76	74	1	0	23	0.91
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20293392--20293431	16	2.5	17	88	12	66	80	2	0	17	0.83
20293237--20293430	23	8.0	23	67	16	65	69	2	4	23	1.18
20293596--20293641	10	4.6	10	81	7	58	0	2	10	86	0.64
20293658--20293791	42	3.0	45	83	9	161	39	21	15	23	1.91
20293759--20293851	31	3.1	31	71	26	99	35	24	15	24	1.94
20293817--20293927	42	2.7	41	92	2	195	35	24	16	24	1.95
20294934--20295043	8	13.6	8	81	5	114	10	10	0	79	0.95
20294942--20295044	33	3.2	32	84	4	134	9	9	0	80	0.90
20294942--20295045	17	6.4	17	74	15	103	9	10	0	79	0.93
20297485--20297537	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20297691--20297742	25	2.0	26	88	3	79	30	17	25	26	1.97
20297464--20297850	205	1.9	207	81	4	478	23	28	26	21	1.99
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20298570--20298622	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
20298595--20299096	159	3.2	157	77	8	439	24	29	25	20	1.99
20299070--20299122	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
20297658--20299513	881	2.1	879	82	3	2227	24	28	26	20	1.99
20299450--20299502	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
20299759--20299811	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
20300154--20300444	159	1.8	158	80	5	354	24	28	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402