genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.366.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  366  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33445059--33446149	355	3.2	338	77	8	1089	19	26	29	23	1.98
33445806--33446307	158	3.2	157	78	5	555	20	27	29	22	1.98
33446281--33446333	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
33446123--33446492	184	2.0	184	83	3	458	21	25	28	24	1.99
33446633--33446688	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
33446038--33446870	354	2.4	355	80	4	903	19	26	30	24	1.98
33446662--33447149	159	3.1	155	76	6	491	19	28	30	21	1.98
33449099--33449456	158	2.3	159	77	4	373	20	25	28	24	1.99
33450311--33450363	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
33450716--33450768	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33452073--33452125	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
33450680--33452290	855	1.9	850	80	6	1883	20	25	29	25	1.99
33452312--33452358	21	2.2	21	88	0	67	29	25	38	6	1.81
33452436--33452487	26	2.0	26	88	7	79	28	26	15	28	1.96
33453191--33453524	157	2.1	158	82	3	388	20	26	28	25	1.99
33453498--33453550	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
33453862--33453917	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
33454536--33454568	11	3.0	11	90	0	57	27	30	27	15	1.96
33455732--33455779	25	1.9	25	86	0	69	27	27	20	25	1.99
33455757--33456257	158	3.2	156	76	7	515	19	27	30	21	1.98
33456231--33456283	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33456674--33457142	159	2.9	156	79	7	489	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33457114--33457166	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33457691--33458192	158	3.2	159	77	6	495	22	27	27	22	1.99
33457691--33458061	157	2.4	157	76	5	372	22	27	28	22	1.99
33458006--33458374	183	2.0	184	85	3	494	23	26	26	24	2.00
33458665--33458717	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33459112--33459573	158	2.9	156	75	7	457	18	27	30	23	1.97
33459547--33459598	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
33460463--33460768	158	1.9	158	80	5	350	18	24	29	26	1.98
33460667--33460882	117	1.8	117	83	3	283	17	28	25	29	1.97
33460856--33460908	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
33461664--33462102	171	2.6	171	84	4	546	19	28	30	21	1.98
33462570--33462639	26	2.7	26	95	0	131	27	24	18	30	1.98
33462909--33462934	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
33462973--33463025	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
33463197--33463490	158	1.9	158	79	4	333	20	28	29	21	1.98
33463474--33463525	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
33463855--33463907	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
33464002--33464388	159	2.4	159	82	6	446	18	27	29	24	1.98
33464354--33464406	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
33465077--33465129	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33465105--33465608	159	3.2	159	75	10	399	21	25	29	24	1.99
33465576--33465631	26	2.2	26	83	6	69	30	23	17	28	1.97
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33466050--33466102	26	2.0	27	81	7	63	54	7	11	26	1.62
33466301--33466352	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
33466797--33466852	26	2.2	26	83	6	69	26	21	19	32	1.97
33466880--33467193	170	1.8	170	82	4	400	19	29	29	21	1.97
33467166--33467218	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
33467192--33467571	158	2.4	155	78	5	433	19	27	32	21	1.97
33467631--33467682	26	2.0	25	92	3	86	26	21	23	28	1.99
33468352--33468404	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33468744--33469139	171	2.3	171	77	3	368	21	25	30	22	1.99
33469206--33469258	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33470487--33471272	158	5.0	158	77	5	629	17	27	31	23	1.97
33470453--33471271	317	2.6	317	79	4	785	18	27	30	23	1.97
33471244--33471296	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33472151--33472203	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
33472491--33472546	26	2.2	26	96	0	103	30	26	16	26	1.96
33472121--33472863	343	2.2	343	84	2	967	20	28	28	23	1.98
33472871--33473227	171	2.1	171	80	2	403	19	26	31	21	1.97
33473327--33473382	26	2.2	26	90	0	85	32	25	17	25	1.97
33474196--33474247	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
33474518--33474568	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
33480694--33480746	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
33481050--33481102	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33480671--33481311	356	1.8	356	84	2	896	21	26	29	22	1.99
33481076--33481417	157	2.2	156	84	7	433	21	27	29	21	1.98
33481139--33481722	157	3.6	157	79	9	526	18	28	31	21	1.97
33481139--33481744	326	1.9	312	80	9	704	18	28	30	21	1.97
33481743--33482113	158	2.4	157	82	3	406	19	27	31	21	1.97
33482241--33482293	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33481234--33482451	524	2.4	505	81	6	1437	19	27	30	22	1.98
33483832--33483884	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
33483610--33484258	354	1.8	352	80	5	772	21	26	28	24	1.99
33484410--33484704	158	1.9	159	82	3	371	18	26	30	24	1.98
33485812--33485841	12	2.5	12	100	0	60	16	26	50	6	1.70
33485947--33485998	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
33486448--33486498	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
33487163--33487215	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
33487861--33487913	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33487727--33488450	353	2.0	355	82	3	859	20	26	29	23	1.99
33489438--33489490	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
33495007--33495060	26	2.1	26	89	6	83	27	24	20	27	1.99
33495174--33495535	157	2.3	158	80	5	401	20	26	29	23	1.99
33495034--33495523	158	3.1	156	74	7	461	21	27	28	22	1.99
33495507--33495559	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
33496911--33496963	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33497424--33497476	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
33499366--33499738	161	2.3	157	76	9	362	21	26	28	23	1.99
33499855--33499908	26	2.1	25	86	10	74	25	18	22	33	1.97
33500567--33500931	158	2.3	159	77	6	373	22	26	26	24	2.00
33500745--33501113	183	2.0	184	83	4	460	22	25	26	25	2.00
33501404--33501456	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
33501813--33502311	158	3.2	157	73	6	459	20	26	29	24	1.99
33502286--33502337	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
33503004--33503661	158	4.2	157	78	5	666	19	27	30	23	1.98
33503635--33503687	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
33504446--33504884	171	2.6	170	86	2	578	18	28	30	21	1.97
33504916--33505400	159	3.1	156	76	7	453	18	27	29	24	1.98
33505696--33505721	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
33506642--33506694	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
33506791--33507168	158	2.4	158	81	6	408	18	27	29	24	1.98
33507140--33507192	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
33507864--33507916	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33507890--33508392	159	3.2	157	74	7	469	20	25	30	23	1.98
33508837--33508889	26	2.0	27	81	7	63	54	7	11	26	1.62
33509585--33509640	26	2.2	26	83	6	69	30	19	17	32	1.95
33509982--33510363	159	2.4	158	75	4	383	20	25	31	22	1.98
33510425--33510477	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33511644--33511699	26	2.2	26	90	6	87	28	23	19	28	1.98
33512041--33512421	159	2.4	157	75	5	372	20	26	30	21	1.98
33512483--33512535	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
33514057--33514109	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33514083--33514584	158	3.2	157	74	6	465	20	26	28	24	1.99
33515325--33516107	159	4.9	158	78	4	711	17	27	31	23	1.97
33515329--33516107	317	2.5	315	80	4	802	17	27	31	23	1.97
33516988--33517040	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
33517321--33517371	26	2.0	26	96	0	93	33	29	15	21	1.94
33517822--33517874	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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