genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  268  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25974179--25974237	26	2.3	25	80	8	73	27	20	27	25	1.99
25974204--25974635	159	2.7	158	79	6	437	22	29	29	17	1.97
25975627--25975694	26	2.6	26	92	0	109	30	14	23	30	1.94
25975680--25976169	159	3.1	158	78	7	499	23	31	26	18	1.98
25976145--25976195	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
25975946--25976948	355	2.8	360	83	4	1220	21	30	27	20	1.98
25976500--25976552	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
25976867--25976919	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25977588--25977640	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25977614--25978443	158	5.2	158	74	6	639	22	30	27	19	1.98
25977613--25978446	328	2.6	322	82	3	991	22	30	27	19	1.98
25978417--25978469	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25978785--25978837	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
25979618--25979670	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25981207--25981259	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25982573--25983024	157	2.9	158	76	4	381	22	29	28	19	1.98
25983396--25983448	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25984163--25984455	159	1.8	159	84	4	403	25	29	25	19	1.99
25984157--25984535	159	2.4	159	78	6	392	25	28	26	20	1.99
25984632--25984682	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
25984313--25985465	343	3.3	342	79	7	1095	23	28	27	20	1.99
25986244--25986296	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25987669--25988023	185	1.9	185	83	1	460	23	29	26	20	1.99
25987669--25988063	185	2.1	185	81	2	427	23	28	26	21	1.99
25988197--25988250	26	2.1	26	89	0	81	25	18	27	27	1.98
25988563--25988615	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25987692--25988907	368	3.4	358	80	7	1222	23	29	27	20	1.99
25988672--25989052	171	2.2	171	83	3	473	22	29	28	18	1.98
25988308--25989397	539	2.0	526	83	3	1360	22	29	27	19	1.98
25989102--25989154	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25988772--25989932	355	3.3	353	83	3	1382	23	30	27	19	1.98
25989458--25989508	26	2.0	26	84	7	68	25	13	33	27	1.94
25989812--25989864	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
25991108--25991132	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
25990833--25991864	355	2.9	354	79	4	1068	24	29	26	20	1.99
25991740--25991792	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
25992447--25992498	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
25992471--25993046	159	3.6	156	75	8	431	23	29	27	19	1.98
25992766--25993092	171	1.9	169	80	4	372	22	29	27	19	1.98
25993118--25993170	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
25993867--25994698	158	5.2	157	72	8	562	22	28	27	21	1.99
25993867--25994698	330	2.6	316	80	4	876	22	28	27	21	1.99
25994342--25995143	368	2.2	356	81	4	892	23	27	27	21	1.99
25995750--25995802	26	2.0	26	85	0	70	26	16	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25996254--25996322	26	2.7	26	100	0	138	27	14	31	26	1.95
25996422--25996477	24	2.3	24	96	0	103	10	41	23	25	1.86
25996657--25996709	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
25997406--25997907	158	3.2	156	74	9	489	23	31	26	18	1.98
25997881--25997933	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25998071--25998123	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25997745--25998233	190	2.6	184	83	6	590	23	30	26	19	1.98
25998427--25998479	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
25999517--25999569	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26000265--26001082	159	5.2	157	76	7	686	22	29	27	20	1.98
26000264--26001085	317	2.6	317	83	3	1003	22	29	27	20	1.98
26001056--26001108	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
26000898--26001401	184	2.7	183	82	4	579	23	28	26	21	1.99
26001950--26002002	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
26001081--26002052	354	2.7	355	83	2	1223	22	29	27	20	1.99
26003163--26003218	26	2.2	26	90	0	85	23	21	25	30	1.99
26002967--26003960	355	2.8	349	81	4	1115	23	29	26	20	1.99
26003867--26003919	26	2.0	26	85	7	72	26	15	28	30	1.96
26004615--26005032	159	2.6	157	75	8	387	25	29	27	16	1.97
26005094--26005144	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
26005460--26005512	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26006231--26007040	159	5.1	158	73	6	614	23	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26006220--26007040	317	2.6	316	81	4	855	23	28	27	20	1.99
26007863--26007915	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
26007888--26008274	159	2.4	159	77	4	386	24	30	28	16	1.96
26008366--26008418	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
26008735--26008787	26	2.0	26	85	0	70	22	20	26	30	1.98
26009641--26009943	159	1.9	158	79	4	342	24	30	25	19	1.98
26010328--26010379	26	2.0	26	85	7	70	28	13	25	32	1.93
26009759--26010592	369	2.3	368	83	3	987	24	28	25	20	1.99
26009869--26010715	369	2.3	367	81	4	1006	24	28	25	21	1.99
26011013--26011065	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
26011380--26011430	26	2.0	26	88	7	77	27	21	23	27	1.99
26012846--26014423	817	1.9	814	87	3	2234	27	22	22	27	1.99
26014535--26014845	159	2.0	158	80	3	356	23	32	27	17	1.96
26015594--26016096	159	3.2	158	75	6	417	22	29	28	19	1.98
26016438--26016490	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26015905--26016884	368	2.7	368	81	3	1053	23	27	27	21	1.99
26016798--26016857	26	2.4	26	86	5	79	23	18	30	28	1.98
26017407--26018701	354	3.6	350	81	4	1325	21	28	28	21	1.98
26025749--26025801	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26026485--26026848	158	2.3	158	78	7	373	25	31	25	18	1.97
26026949--26027001	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26027309--26027361	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26028032--26028084	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26029254--26029306	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26029279--26029711	159	2.7	158	80	5	498	23	29	27	19	1.98
26030124--26030173	26	1.9	26	91	0	82	30	20	26	24	1.98
26030845--26030897	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
26030870--26031180	158	2.0	158	80	2	347	20	32	29	17	1.96
26031187--26031239	26	2.0	26	85	0	70	26	15	24	33	1.95
26030843--26031568	355	2.1	342	82	5	875	22	30	26	20	1.98
26032436--26032940	159	3.2	157	73	5	460	23	30	27	18	1.97
26033036--26033068	11	3.0	11	95	0	57	9	30	36	24	1.86
26033139--26033191	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26033165--26033666	158	3.2	157	76	4	526	22	30	28	18	1.97
26033640--26033692	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
26034121--26035152	159	6.5	159	74	4	760	24	30	26	18	1.98
26034112--26035247	158	7.2	156	73	7	700	24	30	25	19	1.98
26034111--26035247	317	3.6	316	84	2	1345	24	30	25	19	1.98
26035221--26035273	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
26036361--26036410	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
26036181--26037198	368	2.8	366	82	4	1203	24	28	25	20	1.99
26037098--26037148	26	2.0	25	92	3	84	27	19	25	27	1.99
26038326--26038378	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26038127--26039152	368	2.8	366	82	3	1181	22	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26039810--26040213	159	2.5	160	78	5	399	21	29	30	18	1.97
26040256--26040308	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26039809--26040403	312	1.9	314	81	5	718	22	28	28	19	1.98
26040611--26040663	26	2.0	26	82	13	65	26	18	26	28	1.98
26040452--26040821	184	2.0	184	83	4	469	24	27	26	21	1.99
26040637--26040979	158	2.2	158	83	5	417	23	27	26	21	1.99
26040252--26041409	342	3.3	348	77	9	889	24	28	26	21	1.99
26041321--26041373	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
26042069--26042516	159	2.8	157	78	3	443	24	30	27	18	1.98
26042546--26042597	26	2.0	26	92	7	88	26	19	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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