genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  230  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23276699--23277236	159	3.4	159	82	2	641	17	28	31	23	1.97
23277209--23277261	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23277932--23277984	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
23277958--23278451	158	3.1	156	76	5	506	19	27	30	22	1.98
23278433--23278485	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23278800--23278899	27	3.7	28	87	9	145	26	28	18	28	1.98
23278800--23278908	53	2.1	53	84	10	143	28	26	17	27	1.98
23278961--23279563	159	3.8	158	73	5	543	18	27	30	24	1.98
23279695--23279746	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
23279778--23280055	151	1.8	151	83	4	373	19	28	28	23	1.98
23280239--23280291	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23279978--23280386	210	2.0	204	81	7	483	19	28	29	21	1.98
23280265--23280628	159	2.3	157	76	7	367	20	28	30	21	1.98
23280709--23281147	171	2.6	171	80	4	526	19	27	31	22	1.97
23281054--23281423	158	2.3	158	79	5	372	18	26	30	25	1.98
23281397--23281449	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23282118--23282167	26	1.9	26	92	8	84	22	28	22	28	1.99
23282144--23282646	159	3.2	158	80	5	572	18	28	31	21	1.97
23282619--23282671	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23283499--23283551	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
23283525--23283867	158	2.2	157	82	5	395	19	25	30	24	1.98
23283841--23283893	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23283683--23284430	184	4.0	184	78	8	677	21	26	28	23	1.99
23284038--23284090	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
23283791--23284324	197	2.8	190	80	9	565	21	27	28	22	1.99
23284256--23284633	159	2.4	157	73	8	345	21	26	29	21	1.99
23284721--23284773	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23285101--23285153	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23286334--23286390	26	2.2	26	90	9	91	31	28	17	22	1.97
23285667--23286622	514	1.8	514	81	5	1188	20	27	29	22	1.98
23288400--23288851	158	2.8	157	70	7	358	20	25	29	24	1.99
23288146--23288923	317	2.4	323	80	6	821	19	24	30	25	1.98
23288895--23288947	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23289294--23289346	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23288603--23289387	399	2.0	400	83	3	1017	21	25	29	23	1.99
23289695--23290120	159	2.7	158	71	8	378	21	27	28	21	1.99
23290163--23290215	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23290542--23290593	25	2.0	26	96	3	97	30	26	17	25	1.97
23295150--23295201	21	2.5	21	93	0	86	11	30	21	36	1.89
23297424--23297819	158	2.5	158	75	4	386	20	27	28	23	1.99
23298150--23298203	26	2.1	26	89	6	83	25	27	20	25	1.99
23298176--23298561	159	2.4	158	74	7	377	20	27	30	21	1.98
23298655--23298707	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
23299036--23299088	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23297260--23299591	882	2.7	854	81	5	2660	21	27	28	22	1.99
23299062--23299563	159	3.2	157	75	10	380	19	27	29	23	1.98
23299537--23299589	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
23300259--23300311	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23300760--23300809	26	1.9	26	88	8	75	30	28	12	30	1.92
23300827--23301151	171	1.9	170	82	4	404	18	26	32	23	1.97
23301449--23301809	159	2.3	158	79	6	390	17	27	30	25	1.97
23300187--23301838	501	3.2	505	74	8	1409	20	26	28	24	1.99
23303203--23303255	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
23303229--23303729	158	3.2	157	76	5	474	19	27	29	23	1.98
23303703--23303755	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23303798--23304084	158	1.8	159	81	3	364	17	28	29	24	1.97
23303162--23304439	512	2.5	513	83	5	1494	19	27	29	23	1.98
23304412--23304464	26	2.0	26	86	13	74	26	22	20	30	1.98
23305143--23305195	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
23305177--23305634	157	2.9	155	75	10	453	19	27	29	22	1.98
23305169--23305668	158	3.2	155	73	12	462	21	26	29	23	1.99
23307049--23307101	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
23307075--23307577	159	3.2	159	80	3	548	21	26	28	23	1.99
23306976--23308115	513	2.2	501	81	5	1233	21	26	27	24	1.99
23308065--23308116	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
23310321--23310372	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23311383--23311438	26	2.2	26	86	0	76	30	21	21	26	1.98
23311543--23311895	156	2.2	158	79	7	371	19	25	30	24	1.98
23311869--23311920	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
23312045--23312409	158	2.3	158	80	5	396	18	24	30	25	1.98
23312998--23313049	26	2.0	25	85	3	68	26	23	21	28	1.99
23312584--23313356	418	1.8	420	82	4	979	21	27	28	22	1.99
23314048--23314100	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
23314547--23314599	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23314915--23314967	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
23315098--23315150	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23314880--23315286	183	2.2	184	81	3	473	19	28	28	23	1.99
23315173--23315466	158	1.9	157	83	7	382	19	29	29	21	1.97
23315541--23315593	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
23317899--23317951	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
23318108--23318607	157	3.2	156	76	5	488	24	30	26	18	1.98
23318068--23318536	157	3.0	158	77	4	505	24	31	27	17	1.97
23318581--23318633	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
23319299--23319794	159	3.1	159	76	5	376	24	30	26	18	1.98
23319776--23319828	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
23319986--23320487	159	3.2	159	75	5	365	23	28	26	20	1.99
23320461--23320513	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23322261--23322763	159	3.2	157	77	5	494	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23322737--23322788	26	2.0	26	88	0	77	30	17	23	28	1.97
23323933--23323983	26	2.0	26	84	7	68	25	17	27	29	1.98
23324501--23324844	159	2.2	158	77	4	343	22	28	27	20	1.99
23326916--23326966	26	2.0	26	84	7	68	29	17	21	31	1.96
23327457--23328090	184	3.4	184	85	3	716	25	28	25	20	1.99
23328516--23328568	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
23328334--23330005	355	4.7	358	78	9	1706	23	28	26	20	1.99
23328859--23328911	26	2.0	26	88	0	79	24	20	24	30	1.99
23328616--23330005	356	3.9	353	80	7	1648	23	29	26	20	1.99
23328343--23330011	711	2.4	709	91	1	2633	23	28	26	20	1.99
23329227--23329279	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
23329570--23329622	26	2.0	26	88	0	79	24	20	24	30	1.99
23329925--23329977	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23331149--23331199	26	2.0	26	84	0	66	29	17	25	27	1.98
23331542--23332149	159	3.8	158	77	3	549	22	30	27	19	1.98
23332885--23332935	26	2.0	26	88	0	75	31	15	25	27	1.96
23334987--23335039	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
23335652--23335704	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
23335678--23336278	157	3.8	159	74	6	508	23	29	27	19	1.98
23335677--23336443	316	2.4	323	80	6	817	23	30	26	19	1.98
23336493--23336545	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23336996--23337046	26	2.0	26	84	7	68	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23337374--23337427	26	2.1	26	89	6	83	29	20	20	29	1.98
23338357--23338408	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
23338533--23338822	158	1.8	157	82	2	366	25	28	26	18	1.98
23339249--23339679	159	2.7	159	76	2	436	24	28	27	19	1.99
23339726--23339778	26	2.0	26	88	0	79	22	22	28	26	1.99
23339923--23339975	26	2.0	26	82	7	63	33	16	22	26	1.96
23340400--23340452	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
23340610--23340662	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23342284--23342336	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
23341454--23342604	514	2.2	514	79	6	1241	23	28	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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