genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  164  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18370714--18370767	26	2.0	27	89	10	85	27	20	25	25	1.99
18370450--18370925	185	2.6	184	88	1	648	24	28	26	20	1.99
18371216--18371268	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
18371964--18372343	159	2.4	158	77	6	381	25	29	26	18	1.98
18372452--18372502	26	2.0	26	88	7	77	29	13	27	29	1.94
18372594--18372623	12	2.5	12	94	0	51	3	33	30	33	1.74
18372282--18372672	194	2.0	194	83	4	484	24	28	25	20	1.99
18372615--18373147	157	3.4	157	76	11	530	22	29	27	20	1.98
18373121--18373173	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
18373316--18373368	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
18373511--18373812	159	1.9	158	80	2	354	23	30	26	18	1.98
18374686--18374735	26	1.9	26	87	0	73	32	14	24	30	1.94
18375053--18375105	26	2.0	26	92	7	90	26	22	26	24	2.00
18374894--18375255	184	2.0	184	83	1	465	24	27	27	21	1.99
18373296--18376500	869	3.7	866	80	3	3190	24	27	25	21	1.99
18375554--18375606	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
18376031--18376460	158	2.7	158	74	8	370	22	27	27	22	1.99
18377157--18377209	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
18377707--18377759	26	2.0	26	85	7	72	33	18	18	28	1.95
18377891--18378404	159	3.3	157	75	7	488	24	30	25	18	1.98
18378730--18378782	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
18378917--18378965	25	2.0	25	87	0	71	28	14	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18379121--18379489	183	2.0	183	86	2	508	23	27	27	22	1.99
18379779--18379831	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18380488--18380540	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
18380513--18380958	159	2.8	157	79	4	459	24	28	26	20	1.99
18381712--18381761	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
18380962--18381953	355	2.8	355	79	3	1022	24	28	25	21	1.99
18380962--18381974	354	2.8	355	78	3	1037	24	27	26	21	1.99
18381738--18382238	158	3.2	158	75	5	501	23	28	27	20	1.99
18382212--18382290	26	3.0	26	85	3	106	30	17	22	29	1.97
18382942--18382994	26	2.0	26	82	7	63	26	15	26	32	1.95
18383337--18383838	158	3.2	158	77	5	523	22	30	27	19	1.98
18383812--18383861	26	1.9	26	88	8	75	30	20	24	26	1.98
18386830--18386882	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
18386856--18387357	158	3.2	159	75	7	475	21	27	28	22	1.99
18387331--18387383	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18388834--18388886	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18388998--18389359	158	2.3	158	78	7	369	20	25	29	24	1.99
18389335--18389385	26	2.0	26	88	7	77	29	23	11	35	1.90
18389873--18389951	26	3.0	26	92	0	122	27	26	18	26	1.98
18390463--18390515	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18390966--18391021	26	2.2	26	90	0	85	28	25	17	28	1.98
18391673--18391725	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18391884--18392113	114	2.0	114	95	1	417	19	25	27	26	1.99
18392700--18393011	166	1.9	166	81	2	385	18	28	29	23	1.98
18393118--18393170	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
18394006--18394412	159	2.6	158	79	5	469	19	26	31	23	1.98
18394889--18394941	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18395387--18395439	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18395230--18395782	184	3.0	184	79	2	576	20	25	28	24	1.99
18395597--18396028	158	2.7	158	75	5	361	20	26	29	22	1.98
18394853--18396125	684	1.9	682	82	3	1592	20	25	28	25	1.99
18396070--18396123	26	2.1	26	86	6	74	27	18	20	33	1.96
18395697--18396638	515	1.8	513	81	3	1185	19	25	29	24	1.99
18396586--18396664	26	3.0	26	98	0	149	26	29	20	24	1.99
18396809--18396861	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
18397757--18397835	26	3.0	26	94	0	131	29	29	17	24	1.97
18397845--18398310	158	3.0	156	77	3	477	18	24	30	25	1.98
18398283--18398335	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18399857--18399907	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
18400128--18400179	26	2.0	26	88	3	79	30	28	17	23	1.97
18401028--18401080	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18401475--18401525	26	2.0	26	88	7	77	29	27	13	29	1.94
18402026--18402076	26	2.0	26	88	0	75	27	23	17	31	1.97
18403011--18403063	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18403409--18403727	169	1.9	169	81	3	383	18	26	31	23	1.98
18407687--18408122	158	2.8	156	76	9	395	19	29	28	22	1.98
18408094--18408146	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
18408469--18408889	159	2.7	159	79	7	480	16	28	30	23	1.97
18408862--18408914	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18409225--18409278	26	2.1	26	86	6	74	25	24	22	27	2.00
18409382--18409754	159	2.3	158	78	8	382	19	27	29	23	1.98
18409730--18409782	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
18410110--18410162	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18408472--18410665	882	2.5	864	82	4	2672	19	27	29	22	1.98
18410136--18410637	158	3.2	158	75	9	389	18	27	30	22	1.98
18411332--18411384	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18412302--18412354	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18412144--18412513	184	2.0	184	85	4	496	21	27	28	23	1.99
18412328--18412828	159	3.2	158	78	3	515	17	27	30	23	1.97
18412806--18412854	26	1.9	25	88	12	73	24	24	20	30	1.98
18413837--18413892	26	2.2	26	87	6	78	32	21	17	28	1.96
18413885--18414274	171	2.3	171	75	7	391	21	25	31	22	1.98
18414258--18414550	158	1.9	157	83	2	381	18	27	31	22	1.97
18414523--18414574	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
18415233--18415285	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18415910--18415940	12	2.6	12	94	0	53	25	29	41	3	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18416203--18416255	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18416045--18416414	184	2.0	184	85	4	496	21	27	28	23	1.99
18416229--18416729	159	3.2	158	78	3	524	17	27	30	23	1.97
18416707--18416755	26	1.9	25	88	12	73	24	24	20	30	1.98
18417739--18417794	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
18417787--18418293	171	3.0	171	73	10	399	20	27	30	21	1.98
18418160--18418452	158	1.9	157	84	3	401	18	27	30	23	1.98
18418425--18418476	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
18419134--18419186	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18419157--18419661	158	3.2	157	74	5	462	20	27	29	22	1.98
18419632--18419687	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
18421213--18421265	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
18421174--18421793	184	3.4	182	80	3	622	21	25	28	24	1.99
18421582--18421634	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18421608--18422003	159	2.5	158	73	6	377	21	24	30	22	1.99
18422083--18422135	26	2.0	26	85	7	72	24	20	20	33	1.97
18422295--18422344	26	1.9	26	88	8	75	22	26	22	30	1.99
18422633--18422685	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
18423477--18424076	159	3.6	159	77	10	400	20	27	28	23	1.99
18423443--18424065	329	1.9	334	81	5	765	20	26	29	23	1.98
18423620--18424075	170	2.7	171	81	3	526	21	26	28	23	1.99
18424092--18424137	12	3.8	12	82	0	56	30	26	39	4	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18424100--18424146	24	2.0	24	82	0	58	31	29	34	4	1.77
18424251--18424303	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18425045--18425346	156	1.9	157	84	0	399	17	29	30	22	1.97
18425481--18425984	160	3.2	159	74	7	502	19	27	29	23	1.98
18425960--18426010	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
18426155--18426207	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
18425799--18426548	197	4.0	190	79	9	701	20	27	29	22	1.99
18426104--18426548	182	2.4	184	85	2	574	19	28	28	23	1.98
18426365--18426851	158	3.1	155	72	11	436	18	27	29	24	1.98
18427595--18427647	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402