genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  139  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16561137--16561701	159	3.6	156	77	5	528	18	27	30	24	1.98
16561130--16561701	317	1.8	316	83	1	768	18	27	30	24	1.98
16561619--16562277	355	1.8	362	82	6	845	19	27	30	22	1.98
16562108--16562572	159	2.9	158	83	3	558	17	28	31	21	1.96
16563460--16563512	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16563486--16563992	159	3.2	158	76	7	418	20	27	28	24	1.99
16563965--16564017	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16564581--16564633	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
16565065--16565117	26	2.0	26	85	7	72	32	24	13	30	1.93
16565459--16566263	159	5.2	155	72	12	462	19	26	30	23	1.98
16565592--16566193	302	2.0	302	83	5	770	19	26	30	23	1.98
16566415--16566774	156	2.3	158	81	7	412	20	26	29	24	1.99
16566747--16566799	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
16565894--16567128	510	2.4	510	81	5	1343	20	26	29	23	1.99
16567196--16567546	158	2.2	158	88	2	517	17	31	32	18	1.94
16568526--16568581	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
16569016--16569068	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16570509--16570941	159	2.7	157	73	7	397	19	26	30	24	1.98
16570649--16571245	302	2.0	302	81	4	704	19	26	30	23	1.98
16571643--16571693	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
16571255--16572673	343	4.2	342	74	11	876	20	26	29	23	1.99
16571453--16572673	343	3.6	338	77	7	1236	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16571742--16572331	159	3.7	157	75	6	453	18	27	30	23	1.98
16572304--16572356	26	2.0	26	100	0	106	26	26	24	22	2.00
16571454--16572832	661	2.1	660	83	3	1702	20	27	29	22	1.98
16573173--16573225	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16573515--16573567	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16573895--16573947	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
16573966--16574421	159	2.9	158	77	3	443	19	28	27	24	1.99
16572718--16574253	721	2.1	709	80	4	1618	21	27	27	22	1.99
16574786--16575283	158	3.1	157	78	2	539	19	26	30	23	1.98
16575748--16576486	159	4.6	159	74	7	491	18	27	28	25	1.98
16575665--16576486	318	2.6	317	81	5	870	19	26	29	24	1.98
16576459--16576510	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
16577371--16577420	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
16577933--16577985	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
16579561--16579613	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16580220--16580272	26	2.0	26	89	7	81	24	22	20	32	1.98
16582232--16582260	12	2.4	12	100	0	58	27	41	13	17	1.87
16586822--16586874	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
16586848--16587212	159	2.3	157	74	4	349	19	26	30	23	1.98
16587703--16587755	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
16587729--16588390	159	4.2	157	81	5	699	18	27	31	22	1.98
16588363--16588415	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16589405--16589457	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
16590282--16590645	158	2.3	158	81	2	426	20	26	29	23	1.99
16590986--16591038	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
16592196--16592691	159	3.1	157	78	6	493	20	27	29	22	1.98
16592665--16592717	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16592509--16592876	184	2.0	185	80	5	415	23	26	27	22	1.99
16593211--16593240	12	2.5	12	94	0	51	33	30	33	3	1.74
16593332--16593384	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16592449--16594016	666	2.4	658	80	6	1691	20	28	28	22	1.98
16593358--16594175	315	2.6	316	81	5	859	19	27	30	22	1.98
16593423--16594165	158	4.7	160	76	6	629	18	28	30	23	1.97
16594525--16594577	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16594551--16595050	158	3.2	157	74	4	486	19	28	29	23	1.98
16595026--16595077	26	2.0	26	92	7	88	30	26	15	26	1.96
16596149--16596441	159	1.8	158	84	5	394	17	29	31	21	1.96
16596414--16596466	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16595752--16596782	342	3.0	339	87	3	1375	19	28	30	22	1.98
16596440--16597257	157	5.2	160	76	6	738	18	27	30	22	1.98
16596440--16597256	316	2.6	314	84	4	1018	18	27	30	23	1.98
16597072--16597440	184	2.0	183	84	2	472	21	26	28	22	1.99
16598086--16598138	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
16598810--16598862	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16598836--16599336	159	3.2	158	79	4	535	18	28	30	22	1.97
16599687--16599738	26	2.0	26	92	0	86	32	28	13	25	1.93
16599713--16600213	158	3.2	158	80	7	525	19	27	29	23	1.98
16600186--16600238	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
16601406--16601458	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
16601931--16601983	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
16602127--16602179	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16602153--16602486	158	2.1	158	82	2	393	19	27	29	23	1.98
16602469--16602521	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16603219--16603860	159	4.1	156	75	7	464	20	27	28	23	1.99
16603457--16603860	158	2.6	153	79	8	390	20	28	27	23	1.99
16604335--16604387	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
16604544--16604596	26	2.0	26	86	13	74	30	26	18	24	1.98
16604710--16604760	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
16605999--16606051	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
16605896--16606265	195	1.9	194	85	5	505	21	26	27	23	1.99
16606194--16606245	26	2.0	26	92	3	88	30	26	17	25	1.97
16607002--16607059	26	2.2	26	81	0	71	63	8	6	20	1.45
16607259--16607311	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
16607285--16607624	159	2.2	156	80	6	373	20	25	27	25	1.99
16607757--16607809	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
16608622--16608677	26	2.2	26	87	12	80	30	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16608978--16609030	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16608385--16609241	353	2.4	354	78	3	843	22	26	26	24	2.00
16609294--16609321	13	2.2	13	100	0	56	7	46	25	21	1.76
16609357--16609406	26	1.9	26	88	8	75	20	28	24	28	1.99
16614249--16614608	196	1.8	196	87	1	542	21	28	27	22	1.99
16615044--16615096	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16615800--16616304	158	3.2	158	76	6	504	19	27	30	22	1.98
16616280--16616331	27	2.0	27	88	11	81	26	23	21	28	1.99
16616671--16617173	159	3.2	156	74	5	463	18	27	30	22	1.98
16618565--16618617	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
16618908--16618960	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
16618823--16619496	195	3.6	193	71	16	593	19	27	28	24	1.99
16619274--16619326	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
16618493--16619694	366	3.3	364	84	5	1456	19	27	29	22	1.98
16619640--16619692	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16620081--16620493	159	2.6	159	83	2	528	17	29	30	23	1.97
16620925--16621219	161	1.8	159	82	5	380	18	28	29	23	1.98
16621842--16622418	158	3.6	155	76	7	516	19	28	29	23	1.98
16621841--16622417	317	1.8	317	83	1	771	19	28	29	23	1.98
16622778--16623272	159	3.1	156	77	4	503	19	27	29	23	1.98
16623247--16623324	26	3.0	26	90	3	122	32	19	17	30	1.95
16623651--16623703	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16624829--16624881	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
16625330--16625390	26	2.4	26	78	8	72	26	19	19	34	1.96
16626057--16626109	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
16626083--16626584	158	3.2	157	73	6	467	19	26	29	23	1.98
16626558--16626610	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
16626935--16626987	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16627016--16627464	159	2.8	159	78	4	485	18	27	29	24	1.98
16626961--16627461	158	3.2	157	77	5	494	19	26	28	24	1.99
16627438--16627488	26	2.0	26	88	7	77	25	21	19	33	1.97
16627635--16627684	26	1.9	26	91	0	82	24	26	24	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402