genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  292  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27758122--27758174	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
27759382--27759434	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
27759881--27759933	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27760064--27760116	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
27760409--27760459	26	2.0	26	96	0	93	27	29	15	27	1.96
27760973--27761025	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
27761100--27761534	158	2.7	158	78	3	464	19	26	29	24	1.98
27762495--27762547	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
27762996--27763048	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27764391--27764443	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
27765297--27765350	26	2.0	27	89	3	83	25	31	18	24	1.97
27765323--27765664	158	2.2	158	78	5	368	21	29	26	22	1.99
27765798--27765850	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
27766358--27766708	159	2.2	160	79	6	390	20	25	29	24	1.99
27766680--27766732	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
27767405--27767454	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
27767754--27767806	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
27768410--27768465	26	2.2	26	90	6	87	32	23	16	28	1.96
27768439--27768940	158	3.2	157	78	7	475	20	28	28	21	1.98
27768914--27768966	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27769999--27770048	26	1.9	26	88	8	75	24	26	22	28	1.99
27770025--27770516	159	3.1	158	74	8	354	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27770146--27770558	158	2.6	158	74	8	388	20	25	29	24	1.99
27770682--27770734	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
27770757--27771051	159	1.9	158	82	3	369	20	29	28	21	1.98
27773688--27773740	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27773713--27774141	159	2.7	156	79	6	441	24	29	27	17	1.98
27774190--27774287	26	3.8	26	86	2	135	27	19	25	27	1.99
27774274--27774716	159	2.8	158	78	9	461	22	30	27	19	1.98
27773690--27774798	553	2.0	554	84	3	1435	23	28	27	20	1.99
27775487--27776002	158	3.3	158	78	4	394	23	30	26	18	1.98
27775487--27776092	159	3.8	158	78	4	524	23	30	27	18	1.97
27776122--27776174	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27776489--27776541	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27776120--27776818	367	1.9	367	78	4	755	23	28	26	22	1.99
27776678--27777187	158	3.2	157	77	8	496	23	28	26	21	1.99
27777161--27777213	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
27780187--27780218	12	2.7	12	100	0	64	34	34	15	15	1.90
27784291--27784343	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27785547--27785599	26	2.0	26	85	7	72	26	16	28	28	1.97
27786609--27786661	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
27787970--27788022	26	2.0	26	88	0	79	32	20	18	28	1.97
27788704--27788756	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
27789047--27789098	25	2.0	26	92	3	88	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27790551--27790603	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27790576--27791010	159	2.7	157	79	5	455	23	29	28	18	1.98
27791053--27791157	26	4.0	26	83	2	122	26	20	25	27	1.99
27791137--27791561	159	2.7	157	79	7	475	22	31	28	17	1.97
27790553--27791661	553	2.0	554	84	2	1431	22	28	27	20	1.99
27792328--27792380	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27792520--27792877	158	2.3	157	79	6	357	25	29	26	18	1.98
27792669--27793006	159	2.1	157	80	5	351	23	29	27	19	1.98
27792987--27793039	26	2.0	26	82	7	63	26	15	26	32	1.95
27793354--27793406	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27792801--27793468	367	1.8	356	81	6	806	25	27	25	21	1.99
27792801--27793599	367	2.2	356	79	7	799	24	29	25	21	1.99
27793519--27794040	158	3.3	155	78	8	518	22	30	26	20	1.98
27795760--27796262	159	3.2	156	78	6	485	23	29	26	20	1.99
27796236--27796288	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27797296--27797348	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
27797851--27799178	159	8.3	158	74	7	1019	21	29	27	20	1.98
27799155--27799204	26	1.9	26	95	0	91	26	20	30	24	1.98
27799866--27799918	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27800050--27800102	26	2.0	26	81	0	61	32	20	22	24	1.98
27800418--27800470	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
27800444--27800944	158	3.2	157	76	9	509	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27801273--27801323	26	2.0	26	88	7	77	31	15	23	29	1.95
27801411--27801728	159	2.0	159	81	1	377	25	31	25	17	1.97
27801091--27802362	511	2.5	501	80	7	1345	24	29	26	19	1.99
27801810--27802227	159	2.6	158	76	7	402	24	27	28	18	1.98
27802285--27802337	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
27802958--27803010	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27803269--27803658	196	2.0	197	82	4	475	23	28	26	22	1.99
27805268--27805335	26	2.6	26	97	0	127	30	17	19	32	1.95
27805626--27805678	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
27805835--27805887	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
27806026--27806078	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
27805467--27806307	400	2.1	393	83	4	1055	25	27	25	21	1.99
27806269--27806763	158	3.1	157	74	7	401	24	29	26	20	1.99
27806552--27807230	354	1.9	355	80	2	783	24	28	26	20	1.99
27806933--27807366	183	2.4	183	80	3	480	26	26	25	21	2.00
27808313--27808364	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
27809020--27809072	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27809741--27809793	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27815190--27815242	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
27816071--27816123	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27816267--27816319	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27815901--27816685	196	4.0	195	83	3	916	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27815901--27816685	392	2.0	390	84	2	1029	24	29	25	20	1.99
27817698--27817750	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
27817881--27817933	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27817998--27818378	171	2.2	171	82	5	457	22	29	27	20	1.98
27818420--27818472	26	2.0	26	82	13	65	26	18	24	30	1.98
27818445--27818911	158	2.9	158	75	2	335	22	29	28	19	1.98
27818924--27818973	26	1.9	26	91	0	82	28	20	30	22	1.98
27819644--27819696	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
27819669--27820168	276	1.8	274	81	4	621	26	26	26	20	1.99
27819933--27820373	159	2.8	159	76	2	436	24	28	26	20	1.99
27820420--27820472	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
27822011--27822063	26	2.0	26	82	7	63	28	18	22	30	1.98
27822890--27822942	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27823613--27823665	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
27824102--27824154	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27824400--27824712	155	2.0	154	86	0	437	21	26	30	20	1.98
27824770--27825271	159	3.2	158	79	2	461	22	29	27	19	1.98
27825245--27825297	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
27826369--27826421	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27827433--27827485	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27827654--27828156	159	3.2	158	76	5	415	23	29	27	20	1.99
27828130--27828182	26	2.0	26	85	0	70	28	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27828559--27828611	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27829622--27829674	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27829830--27829885	26	2.2	26	87	6	78	30	21	19	28	1.98
27830331--27830383	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27831395--27831473	26	3.0	26	96	0	140	26	20	24	29	1.99
27832137--27832188	26	2.0	26	92	0	86	28	19	25	26	1.98
27832478--27832530	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27832653--27833175	158	3.3	156	74	8	468	24	29	24	21	1.99
27833149--27833201	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27833616--27833668	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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