genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  117  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14981799--14982194	159	2.5	158	73	7	356	24	29	26	19	1.98
14982473--14982526	26	2.1	26	93	6	92	29	22	24	24	1.99
14982506--14982998	159	3.1	159	81	4	570	23	29	27	19	1.98
14982973--14983024	25	2.0	26	89	10	81	26	17	26	28	1.97
14981260--14983082	697	2.6	692	75	9	1848	23	29	27	19	1.98
14983016--14983161	78	1.9	78	82	5	188	29	24	27	18	1.98
14984167--14984219	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14984902--14985195	158	1.9	158	87	5	434	20	32	30	16	1.95
14984902--14985245	158	2.2	157	81	8	405	21	31	28	18	1.96
14985219--14985271	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14985941--14986284	158	2.2	158	80	4	354	24	31	25	18	1.98
14986258--14986310	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14986958--14987010	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14987105--14987477	184	2.0	182	84	3	489	22	30	27	19	1.98
14987763--14987815	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14987938--14989297	512	2.7	513	79	5	1291	24	29	25	20	1.99
14989155--14989207	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
14989993--14990023	12	2.6	12	94	0	53	9	29	19	41	1.83
14990515--14990567	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
14990711--14990763	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14990511--14990865	196	1.8	195	83	5	475	23	28	27	20	1.99
14990471--14991974	689	2.2	687	82	4	1770	23	27	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14991900--14991952	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14992280--14992332	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
14992305--14992758	159	2.9	158	76	5	441	24	29	25	19	1.98
14992989--14993044	26	2.2	26	87	12	80	28	16	23	32	1.96
14992182--14993567	709	2.0	710	83	3	1759	23	28	26	21	1.99
14993014--14993516	158	3.2	158	75	7	473	22	29	27	20	1.99
14993490--14993542	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
14994178--14994230	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14994975--14995314	158	2.2	158	80	1	385	22	31	27	18	1.97
14995027--14995373	158	2.2	158	81	3	376	23	28	27	20	1.99
14995344--14995396	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14995542--14995594	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14995736--14996083	160	2.2	160	82	3	407	22	28	27	21	1.99
14994702--14996622	860	2.2	846	80	7	2085	23	28	27	21	1.99
14996204--14996256	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14996596--14996648	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14997320--14997371	26	2.0	26	85	7	70	28	19	23	28	1.98
14997344--14997783	159	2.8	158	80	2	454	23	30	28	17	1.97
14998543--14998595	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
14998568--14999004	159	2.8	157	78	5	425	24	30	25	18	1.98
14999447--14999499	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
15000375--15000817	159	2.8	160	81	3	459	23	30	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15000375--15000878	159	3.2	159	80	3	428	23	29	27	19	1.98
15001580--15002033	159	2.9	159	83	2	540	20	30	29	18	1.97
15002044--15002096	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15001886--15002352	183	2.6	183	85	2	623	22	27	29	20	1.99
15002227--15002279	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
15003447--15003499	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
15003830--15004265	159	2.7	159	73	8	391	24	28	27	19	1.98
15004310--15004362	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
15005605--15005655	26	2.0	26	88	7	77	31	11	27	29	1.92
15005398--15005776	184	2.1	185	82	2	467	24	29	25	20	1.99
15007355--15007407	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15007565--15007617	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
15007730--15008019	159	1.8	159	79	3	341	24	28	26	19	1.99
15008067--15008119	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
15008948--15009000	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
15009829--15009881	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
15010734--15011301	196	3.0	184	79	8	595	22	27	28	22	1.99
15011590--15011642	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
15012487--15012537	26	2.0	26	88	0	75	29	15	25	29	1.96
15012657--15013138	159	3.0	157	72	7	409	23	31	26	18	1.97
15013175--15013227	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
15012337--15013908	670	2.3	675	81	6	1751	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15013343--15013737	157	2.5	157	77	3	398	23	29	27	18	1.98
15013338--15013870	159	3.4	156	75	5	455	23	30	27	19	1.98
15013844--15013896	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
15014570--15014621	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
15014972--15015466	159	3.1	157	76	7	480	22	28	27	20	1.99
15015440--15015491	26	2.0	25	88	3	77	25	17	28	28	1.97
15021675--15021727	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15021700--15022806	158	6.9	159	74	9	770	24	30	26	18	1.98
15022178--15022792	334	1.9	328	79	6	701	25	30	26	17	1.97
15024065--15024117	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
15024421--15024473	26	2.0	26	89	7	81	32	16	22	28	1.96
15024262--15024631	184	2.0	184	81	4	433	24	26	26	21	1.99
15024446--15024908	158	2.9	158	78	3	437	23	31	26	18	1.98
15025640--15026144	158	3.2	157	74	5	469	22	30	27	19	1.98
15026118--15026170	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
15026508--15026871	158	2.3	158	78	7	391	24	30	27	17	1.97
15028914--15028993	24	3.3	24	100	0	160	30	25	25	20	1.99
15032511--15033012	158	3.2	157	74	6	469	20	27	29	22	1.99
15032989--15033038	26	1.9	26	88	8	75	26	22	20	32	1.98
15033446--15034189	158	4.7	158	78	5	648	18	28	29	23	1.98
15033453--15034190	316	2.3	316	83	3	878	18	28	29	23	1.98
15034162--15034213	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15040441--15040492	26	2.0	25	92	3	86	26	28	19	25	1.98
15040466--15041000	158	3.4	159	74	7	394	20	25	30	23	1.98
15041309--15041360	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15042045--15042097	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
15042152--15042572	159	2.7	158	77	4	380	17	27	29	25	1.98
15042071--15042572	158	3.2	157	74	5	465	18	25	30	25	1.98
15044294--15044346	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
15044795--15044847	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
15046253--15046305	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
15046938--15046990	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
15047805--15047857	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
15048516--15048568	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15048466--15049264	342	2.3	348	79	5	868	20	26	27	25	1.99
15049929--15049979	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
15050279--15050329	26	2.0	26	88	7	77	29	27	11	31	1.92
15050838--15051240	159	2.5	159	79	4	416	21	27	29	22	1.99
15051572--15051624	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
15051598--15052030	159	2.7	157	75	9	385	20	27	30	22	1.98
15052077--15052129	26	2.0	26	85	7	72	30	24	15	30	1.95
15052435--15052487	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15053662--15053713	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15054384--15054436	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15054450--15054754	159	1.9	158	86	2	432	15	28	33	22	1.94
15054727--15054779	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15055432--15055483	25	2.0	26	88	3	79	26	26	21	25	1.99
15056779--15057151	159	2.3	160	82	5	441	19	26	29	24	1.98
15057123--15057175	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15057819--15057871	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15056761--15058043	697	1.8	697	81	4	1600	20	26	29	23	1.99
15058016--15058068	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15058489--15058524	11	3.3	11	92	0	54	22	30	36	11	1.89
15059103--15059155	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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