genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  298  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187947--28187999	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28187185--28188182	355	2.7	357	80	6	1057	23	29	26	21	1.99
28188447--28188499	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
28189150--28189202	26	2.0	26	88	0	79	26	11	26	35	1.90
28189529--28189581	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
28189555--28190056	158	3.2	157	76	6	492	22	30	27	19	1.98
28190030--28190082	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28194882--28195251	171	2.2	171	79	5	399	24	29	24	21	1.99
28196639--28196691	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28196738--28197074	157	2.1	160	87	3	477	24	32	26	16	1.96
28196738--28197167	159	2.7	157	82	5	411	23	31	25	19	1.98
28198021--28198073	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28205358--28205792	159	2.7	158	75	8	400	24	30	26	17	1.97
28205869--28206179	159	2.0	158	83	3	401	21	32	27	18	1.96
28205162--28206149	513	1.9	512	83	3	1279	23	29	26	19	1.98
28206453--28206957	159	3.2	159	75	3	390	24	29	26	18	1.98
28207337--28207788	159	2.8	158	78	4	471	23	29	26	19	1.98
28207120--28208304	515	2.3	511	82	3	1417	24	29	25	20	1.99
28208326--28208378	26	2.0	26	88	0	79	30	15	24	30	1.95
28209505--28209557	26	2.0	26	96	0	97	26	15	26	32	1.95
28210574--28210626	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28210783--28210835	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28211797--28211852	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
28211903--28212325	159	2.7	158	76	4	456	24	31	23	20	1.98
28212299--28212351	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
28211982--28212747	343	2.2	342	83	3	941	24	29	26	19	1.99
28211468--28212581	502	2.2	507	79	5	1241	23	29	27	19	1.98
28212642--28212694	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28213434--28213486	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
28214106--28214158	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28214316--28214371	26	2.2	26	93	6	96	30	19	21	28	1.98
28214616--28214987	159	2.4	159	80	1	408	22	31	26	19	1.98
28214957--28215009	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
28215101--28215149	24	2.0	24	84	0	62	10	32	24	32	1.89
28215154--28215485	158	2.1	158	83	2	416	23	31	25	18	1.98
28215178--28215520	158	2.2	158	80	4	370	25	30	24	19	1.98
28215494--28215546	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28214614--28215618	537	1.9	538	84	1	1343	23	29	26	19	1.98
28216228--28216280	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
28216412--28216464	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
28217148--28217200	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28217567--28217618	26	2.0	26	92	0	86	28	21	40	9	1.84
28217687--28217739	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28218575--28218627	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28219306--28219726	158	2.7	157	79	8	415	24	31	25	18	1.98
28219363--28219770	159	2.6	158	80	3	428	26	30	26	16	1.97
28221268--28221323	26	2.2	26	87	6	78	25	17	26	30	1.97
28221459--28222034	315	1.8	315	85	1	814	23	29	27	19	1.98
28221488--28222052	158	3.6	157	76	5	539	23	28	27	19	1.98
28222661--28222738	26	3.0	25	90	3	120	29	19	24	26	1.98
28222870--28222922	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
28223238--28223290	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28222711--28223398	368	1.9	368	82	3	884	23	28	27	20	1.99
28223594--28223646	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
28224095--28224147	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
28225149--28225201	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
28225823--28225874	26	2.0	26	88	7	79	25	13	28	32	1.93
28226096--28226148	26	2.0	26	82	7	63	32	20	24	22	1.98
28226916--28226967	26	2.0	26	88	7	79	25	13	28	32	1.93
28227112--28227164	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
28227308--28227360	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
28227110--28227466	196	1.8	196	80	4	434	25	26	26	21	1.99
28227343--28227645	158	1.9	158	80	4	351	23	31	27	17	1.97
28227916--28227968	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
28227941--28228378	159	2.8	157	77	3	448	22	31	28	17	1.96
28228600--28228649	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28228258--28228810	183	3.0	184	81	2	565	23	28	28	19	1.98
28228626--28229128	158	3.2	157	78	5	517	22	30	28	19	1.98
28229102--28229154	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28229756--28229808	26	2.0	26	82	7	63	32	20	24	22	1.98
28230730--28231105	158	2.4	158	74	10	381	22	30	25	21	1.99
28231085--28231137	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
28231755--28231807	26	2.0	26	86	13	74	28	20	22	28	1.99
28231780--28232090	159	2.0	159	79	2	347	22	31	28	17	1.96
28232099--28232151	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
28232190--28232215	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
28232308--28232360	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
28232305--28232666	196	1.8	196	84	2	494	24	26	27	20	1.99
28232531--28232979	159	2.8	159	75	8	423	21	28	28	21	1.98
28233006--28233056	26	2.0	26	88	0	75	29	17	27	25	1.98
28233359--28233408	26	1.9	26	92	8	84	32	22	22	24	1.98
28232817--28233655	354	2.4	348	79	5	851	23	29	27	19	1.98
28234225--28234274	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
28234387--28234686	158	1.9	158	78	6	331	22	29	29	19	1.98
28234723--28234778	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
28235090--28235144	26	2.1	26	90	6	85	27	18	23	30	1.97
28235115--28235523	159	2.6	158	78	1	397	23	27	29	19	1.98
28235432--28235791	184	2.0	184	81	4	422	24	28	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28234881--28236136	501	2.5	501	81	3	1304	22	28	27	21	1.99
28235616--28235990	158	2.4	158	81	3	457	22	28	28	20	1.98
28235616--28236055	159	2.8	156	77	5	463	22	28	29	20	1.98
28236091--28236160	25	2.8	25	95	2	122	30	18	20	31	1.96
28236642--28236694	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
28237660--28237712	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
28237362--28237946	296	2.0	298	80	4	673	27	27	26	19	1.99
28237844--28238129	159	1.8	158	81	6	364	22	29	29	19	1.98
28238343--28238731	158	2.5	158	76	2	413	23	29	25	21	1.99
28238343--28238807	159	2.9	157	75	3	455	23	29	26	20	1.99
28238857--28238909	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28238883--28239226	158	2.2	157	82	1	400	23	27	26	22	1.99
28239200--28239252	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28239923--28239975	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
28240425--28240477	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
28240805--28240857	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28249110--28249162	26	2.0	26	92	7	90	28	16	26	28	1.97
28250316--28250368	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28250836--28250947	42	2.7	41	97	2	208	67	5	9	16	1.37
28251641--28251693	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28252389--28252672	158	1.8	158	86	5	414	22	31	30	15	1.95
28252706--28252758	26	2.0	26	82	7	63	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253086--28253138	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
28253112--28253613	158	3.2	157	76	5	465	24	27	26	20	1.99
28253586--28253639	26	2.0	27	89	3	83	24	18	31	25	1.97
28254308--28254357	26	1.9	26	88	8	75	30	22	20	28	1.98
28254333--28254779	159	2.8	158	77	5	454	23	30	27	18	1.98
28255204--28255615	159	2.6	157	76	3	414	24	31	27	16	1.96
28256703--28256755	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28257411--28257489	26	3.0	26	88	3	97	37	20	18	22	1.94
28257878--28257929	26	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
28258377--28258428	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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