genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  165  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18429309--18429360	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
18430887--18430939	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18430913--18431414	158	3.2	157	75	8	487	20	26	30	22	1.98
18431388--18431466	26	3.0	26	94	3	133	29	24	17	29	1.97
18432148--18432200	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
18432286--18432663	158	2.4	160	80	4	408	18	26	30	24	1.98
18432256--18432663	159	2.6	160	78	5	423	17	26	30	25	1.97
18432637--18432689	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18433043--18433544	158	3.2	157	76	5	404	19	26	31	22	1.98
18433518--18433570	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
18437724--18437776	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
18437874--18438292	159	2.6	159	79	4	470	19	26	30	23	1.98
18438409--18438461	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18438435--18438939	159	3.2	160	78	7	431	20	26	29	24	1.99
18438911--18438963	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18438752--18439307	185	3.0	182	80	4	589	21	26	28	24	1.99
18439096--18439146	26	2.0	26	84	0	66	31	25	17	25	1.97
18438386--18439651	687	1.8	686	84	2	1711	20	26	28	23	1.99
18439195--18439625	159	2.7	155	77	8	440	19	29	28	22	1.98
18439597--18439649	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
18440392--18440859	159	2.9	160	82	5	581	19	28	30	22	1.98
18440831--18440883	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18440993--18442040	513	2.0	516	82	5	1249	21	27	29	22	1.99
18441650--18442356	317	2.2	321	80	5	786	19	27	28	23	1.99
18441754--18442356	158	3.8	160	76	5	539	19	28	28	23	1.98
18443051--18443103	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18443112--18443397	159	1.8	158	80	3	351	17	28	31	21	1.96
18443903--18443954	25	2.0	26	88	3	79	30	26	17	25	1.97
18444403--18444455	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
18452431--18452483	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
18452457--18452964	158	3.2	156	77	5	511	21	26	28	23	1.99
18453051--18453075	13	1.9	13	100	0	50	4	56	24	16	1.57
18453115--18453167	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18453149--18453751	329	1.8	329	84	0	812	20	26	30	23	1.98
18452404--18454339	697	2.8	681	78	5	1802	20	26	29	23	1.99
18454313--18454365	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18453937--18455049	514	2.2	512	82	4	1334	20	26	28	24	1.99
18454827--18454879	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
18455022--18455074	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18454724--18455076	195	1.8	196	88	3	541	21	25	27	25	1.99
18455488--18457414	672	2.9	669	84	3	2343	20	26	29	23	1.99
18456345--18456932	158	3.6	157	77	7	502	19	27	29	23	1.98
18456905--18456957	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18457389--18457439	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18458109--18458161	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18458318--18458367	26	1.9	26	87	0	73	30	26	16	28	1.96
18460027--18460079	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18460223--18460275	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18459945--18460297	196	1.8	196	84	3	487	21	26	26	25	2.00
18460565--18460617	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
18461624--18461995	184	2.0	186	82	5	450	23	27	26	23	2.00
18462142--18462194	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18461718--18462499	354	2.2	355	78	5	790	20	26	27	24	1.99
18462853--18462905	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
18464096--18464497	60	6.7	57	82	10	473	34	12	8	44	1.73
18464096--18464497	119	3.4	118	90	4	592	34	12	8	44	1.73
18464096--18464500	179	2.2	178	84	8	518	34	12	8	43	1.74
18464514--18464564	5	10.4	5	76	19	54	78	1	3	15	0.99
18464511--18464569	13	4.5	13	72	16	50	77	1	6	13	1.03
18464551--18464606	18	3.3	17	73	11	53	75	3	8	12	1.17
18464613--18464663	18	2.5	20	81	15	61	66	13	0	19	1.24
18465470--18465555	16	5.2	17	68	24	58	68	1	5	24	1.18
18465672--18465714	7	5.6	7	80	20	50	86	2	0	11	0.67
18465671--18465714	9	5.3	9	76	17	51	86	2	0	11	0.66
18465671--18465714	16	2.8	16	96	0	79	86	2	0	11	0.66
18465861--18465895	9	3.8	9	88	3	52	17	0	2	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18465941--18466152	42	5.1	41	87	4	257	37	22	15	25	1.93
18465941--18466150	82	2.5	82	85	4	269	37	21	15	24	1.93
18467157--18467260	8	12.6	8	75	9	93	10	13	0	75	1.03
18467171--18467263	9	10.9	9	74	13	81	11	12	0	75	1.05
18467157--18467263	17	6.4	17	77	6	96	11	14	0	74	1.07
18467157--18467260	25	4.2	25	78	10	90	10	13	0	75	1.03
18471120--18471618	158	3.2	157	74	6	488	21	27	28	23	1.99
18471593--18471644	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
18471788--18471840	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
18471972--18472024	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
18471437--18472026	184	3.1	184	80	9	677	20	26	28	24	1.99
18472347--18472767	157	2.7	159	82	5	521	17	29	30	22	1.96
18472740--18472792	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18472828--18473282	159	2.9	159	79	2	428	18	29	29	22	1.98
18473256--18473307	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
18473477--18473976	158	3.2	156	77	8	510	18	28	31	22	1.97
18474328--18474746	159	2.6	159	82	4	515	17	29	30	22	1.97
18474719--18474771	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18475083--18475136	26	2.1	26	89	6	83	24	24	24	27	2.00
18474637--18475446	367	2.3	360	79	9	844	19	29	30	21	1.97
18475109--18475624	159	3.2	156	79	7	545	18	27	31	23	1.97
18475588--18475640	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18475906--18475930	13	1.9	13	100	0	50	8	48	16	28	1.74
18475969--18476021	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
18474343--18476524	883	2.5	865	83	4	2644	19	27	29	22	1.98
18477191--18477243	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18478159--18478211	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
18478001--18478370	184	2.0	184	83	3	458	20	27	28	23	1.99
18478188--18478687	159	3.2	160	80	6	543	17	28	32	22	1.96
18478188--18478685	158	3.2	158	79	6	578	17	28	32	22	1.96
18478663--18478711	26	1.9	26	88	12	75	24	22	20	32	1.98
18479308--18479727	159	2.7	160	80	4	458	19	29	28	22	1.98
18479696--18479751	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
18479726--18480133	171	2.4	169	77	6	419	21	25	30	22	1.99
18480382--18480433	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
18481024--18481598	159	3.6	157	78	5	516	19	29	29	22	1.98
18481568--18481623	26	2.2	26	87	6	78	30	19	17	32	1.95
18481768--18481820	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
18481979--18482028	26	1.9	26	84	8	66	24	26	20	30	1.98
18482318--18482370	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
18483053--18483105	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
18483311--18483762	170	2.6	171	84	2	579	19	28	30	22	1.98
18483779--18483836	12	4.8	12	84	0	80	31	20	37	10	1.86
18483950--18484002	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18484743--18485030	156	1.8	156	85	6	404	17	28	30	24	1.97
18484734--18485064	156	2.1	157	80	7	395	19	28	30	22	1.98
18485179--18485681	159	3.2	156	73	7	458	19	27	29	22	1.98
18485657--18485707	26	2.0	26	88	7	77	29	19	17	33	1.95
18485853--18485905	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
18485823--18486246	183	2.3	184	82	1	512	20	27	27	23	1.99
18486062--18486558	158	3.2	155	73	6	464	19	26	30	23	1.98
18487797--18487849	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18489727--18489785	26	2.2	27	80	17	70	30	22	18	28	1.97
18489791--18490091	159	1.9	157	81	4	363	18	29	30	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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