genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  254  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24921173--24921225	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
24922298--24922350	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
24922128--24922906	367	2.2	360	82	5	912	23	28	27	21	1.99
24923299--24923351	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
24923669--24923722	26	2.1	26	92	0	90	27	22	25	24	2.00
24923278--24924429	368	3.1	362	79	5	1181	22	28	26	22	1.99
24924906--24924959	26	2.1	26	89	0	81	27	20	25	25	1.99
24926014--24926413	158	2.5	159	77	5	396	25	27	28	19	1.99
24926014--24926454	159	2.8	159	76	6	428	24	27	28	19	1.99
24926845--24926897	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
24927179--24927231	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
24926652--24927303	334	2.0	334	84	1	869	23	28	27	20	1.99
24928012--24928756	159	4.6	157	74	8	530	21	30	27	20	1.98
24927937--24928756	328	2.6	321	80	7	838	22	30	27	20	1.98
24928730--24928782	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24928402--24929189	354	2.2	354	84	2	1003	22	29	26	21	1.99
24929085--24929137	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
24929778--24930314	158	3.4	156	75	7	474	21	31	27	18	1.97
24929653--24930352	159	4.4	158	74	7	567	21	30	27	20	1.98
24929649--24930351	317	2.2	317	84	2	896	21	30	27	20	1.98
24931566--24931618	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
24931729--24931790	26	2.4	26	79	12	67	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24932475--24932985	158	3.2	158	76	6	424	23	29	27	19	1.98
24933321--24933374	27	2.0	27	96	3	101	24	20	29	25	1.99
24932643--24933765	362	3.2	356	79	7	1080	23	28	27	20	1.99
24934754--24934806	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
24935868--24936370	159	3.2	158	75	8	401	24	30	27	17	1.97
24936344--24936396	26	2.0	26	85	0	70	28	22	24	24	2.00
24936027--24938280	355	6.3	355	79	6	2053	23	29	26	20	1.99
24936699--24936751	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24937420--24937472	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
24937788--24937840	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24938740--24938792	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
24939487--24939918	159	2.7	160	76	5	455	23	30	28	18	1.98
24939783--24940469	354	1.9	352	81	2	824	22	28	27	20	1.99
24940166--24940625	183	2.5	181	83	3	557	24	27	28	19	1.99
24940500--24940552	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
24941320--24941614	159	1.9	159	81	4	362	23	30	28	17	1.97
24941664--24941713	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
24942737--24942789	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
24943219--24943271	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
24943939--24943991	26	2.0	26	82	7	63	30	20	20	28	1.98
24943964--24944266	155	2.0	153	79	5	331	23	31	27	17	1.97
24944275--24944327	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24944763--24944813	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
24945116--24945194	26	3.0	25	92	3	122	26	20	25	27	1.99
24945838--24945890	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
24945863--24946308	159	2.8	158	75	5	450	23	30	27	18	1.98
24946178--24946817	355	1.8	355	83	2	847	22	28	27	21	1.99
24947891--24947943	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
24949021--24949073	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24949767--24950132	159	2.3	159	80	5	418	24	31	26	17	1.97
24949999--24950264	133	2.0	135	81	6	317	22	30	27	19	1.98
24951687--24951738	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
24952053--24952105	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24951151--24952142	354	2.7	361	81	5	1159	23	28	27	20	1.99
24952710--24952762	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
24952735--24953230	158	3.1	159	73	9	413	24	28	26	20	1.99
24953568--24953620	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24954290--24954342	26	2.0	26	85	7	72	28	20	26	24	1.99
24954632--24954684	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
24954999--24955051	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
24955758--24956262	159	3.2	158	75	10	422	23	29	27	19	1.98
24956236--24956288	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24956605--24956658	26	2.1	26	89	0	81	25	18	27	27	1.98
24957608--24957660	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959161--24959213	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
24959989--24960041	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
24960710--24960762	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
24960736--24961272	158	3.4	156	76	5	467	24	29	25	19	1.99
24960966--24961249	157	1.8	158	81	5	360	22	30	26	20	1.98
24962785--24962837	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
24962605--24963292	354	1.9	352	86	3	963	22	29	27	19	1.98
24963004--24963448	183	2.4	184	84	3	585	24	28	27	18	1.98
24963322--24963374	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
24963993--24964300	159	1.9	159	81	4	354	22	30	29	17	1.97
24964690--24964754	26	2.5	26	97	0	121	26	18	24	30	1.98
24965065--24965115	26	2.0	26	85	14	70	25	19	25	29	1.99
24965091--24965627	158	3.4	156	75	3	493	23	30	28	18	1.97
24967128--24967180	26	2.0	26	85	0	70	24	15	30	30	1.95
24969331--24969648	171	1.9	171	83	1	413	22	31	28	17	1.97
24969695--24969747	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24970395--24970425	12	2.6	12	100	0	62	38	19	29	12	1.89
24970624--24971126	159	3.2	159	76	3	384	23	30	26	18	1.98
24971100--24971152	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24971847--24972348	159	3.2	157	76	7	485	24	28	26	19	1.99
24972322--24972374	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24972676--24972728	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24973399--24973451	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
24974268--24974320	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
24975002--24975054	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
24975029--24975402	158	2.4	158	78	5	380	22	29	28	18	1.98
24975357--24975810	183	2.5	184	78	6	476	24	29	26	18	1.98
24976037--24976062	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
24976608--24976660	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24976975--24977032	26	2.2	27	78	12	66	31	24	18	25	1.98
24978039--24978088	26	1.9	26	91	0	82	24	20	30	26	1.98
24978468--24978520	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
24978493--24978995	158	3.2	158	75	8	414	24	30	26	18	1.98
24978969--24979021	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
24980498--24980545	25	1.9	25	91	0	78	25	20	31	22	1.98
24981930--24981983	26	2.1	26	85	0	72	27	18	27	25	1.98
24981589--24982399	368	2.2	367	80	4	907	23	28	27	20	1.99
24982296--24982348	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
24983859--24983909	26	2.0	26	92	0	84	25	21	25	27	1.99
24986031--24986083	26	2.0	26	82	13	65	26	16	26	30	1.97
24986057--24986607	159	3.5	156	74	6	484	24	29	27	18	1.98
24986872--24986924	26	2.0	26	92	7	90	22	16	30	30	1.96
24987604--24987655	25	2.0	26	85	10	72	26	17	26	28	1.97
24987629--24988121	158	3.1	156	77	7	471	21	29	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24988102--24988151	26	1.9	26	92	8	84	30	16	26	28	1.96
24988469--24988521	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
24989703--24989756	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
24990057--24990133	26	3.0	25	88	7	109	25	19	28	25	1.99
24989703--24990480	370	2.1	373	80	6	876	23	28	26	21	1.99
24991684--24991736	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
24992054--24992158	26	4.0	26	96	2	185	26	16	25	31	1.96
24993327--24993379	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
24993695--24993747	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24994967--24995018	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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