genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  132  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16064186--16064918	159	4.6	159	77	4	604	19	27	29	23	1.98
16064188--16064918	317	2.3	318	83	1	903	19	27	29	23	1.98
16065259--16065311	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16064717--16065627	342	2.6	345	78	10	855	20	25	29	24	1.99
16073210--16073262	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16073236--16073723	159	3.1	158	75	6	450	19	26	31	23	1.98
16073710--16073762	26	2.0	26	85	0	70	26	20	20	32	1.98
16074522--16074904	152	2.5	153	78	8	400	17	31	30	20	1.95
16076296--16076348	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
16076821--16076873	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16077543--16077595	26	2.0	26	85	0	70	24	28	20	26	1.99
16077569--16078534	158	6.1	157	73	6	551	20	27	28	23	1.99
16078853--16078903	26	2.0	26	88	7	77	25	23	21	29	1.99
16079547--16079599	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16080837--16081281	158	2.8	158	81	3	486	19	27	29	24	1.98
16082377--16082436	20	3.0	20	85	2	84	25	23	46	5	1.72
16082588--16082901	171	1.8	171	81	5	393	19	25	31	23	1.98
16082983--16083035	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16083080--16083508	157	2.7	159	75	6	404	19	26	29	24	1.99
16083482--16083534	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16084356--16084726	159	2.3	159	86	3	480	18	29	29	21	1.97
16084699--16084751	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16084468--16085095	342	1.8	342	84	3	861	19	28	28	23	1.98
16084146--16085067	501	1.8	501	84	2	1269	19	27	29	23	1.98
16085043--16085093	26	2.0	26	92	7	86	31	21	17	29	1.96
16085635--16086125	158	3.1	157	75	5	497	20	26	28	23	1.99
16087482--16087534	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16087508--16088012	158	3.2	157	72	5	469	20	26	28	24	1.99
16088690--16088742	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16088751--16089294	157	3.4	153	71	10	384	20	26	31	22	1.98
16088716--16089559	316	2.7	315	81	4	914	20	26	29	22	1.98
16088771--16089564	158	5.0	158	71	8	563	19	26	30	22	1.98
16089455--16089888	184	2.4	184	97	0	805	18	27	29	24	1.98
16091426--16091478	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16091452--16091952	158	3.2	154	77	8	479	18	26	31	23	1.97
16091928--16091978	26	2.0	26	84	7	68	29	25	13	31	1.94
16092606--16092658	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16092787--16092842	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
16093170--16093222	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
16093855--16093907	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16092875--16094382	684	2.2	682	83	4	1983	21	27	28	22	1.99
16094800--16095332	159	3.4	160	75	5	490	19	27	30	22	1.98
16095199--16095477	144	1.9	144	79	5	314	19	26	31	22	1.97
16095887--16095940	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16095978--16096420	159	2.8	159	77	3	444	17	28	31	23	1.97
16096392--16096442	26	2.0	26	84	7	68	29	23	13	33	1.93
16101207--16101259	26	2.0	26	82	7	63	30	20	20	28	1.98
16103139--16103189	26	2.0	26	88	0	75	29	21	21	27	1.99
16103656--16104160	159	3.2	158	78	4	480	20	27	28	23	1.99
16104133--16104185	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16103948--16104475	288	1.8	289	86	3	778	21	25	27	25	2.00
16104421--16104473	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16105132--16105184	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16105158--16105659	159	3.2	157	77	4	483	20	27	28	23	1.99
16105632--16105684	26	2.0	26	89	7	81	28	20	16	33	1.95
16105999--16106051	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
16105523--16106242	354	2.0	358	81	5	826	21	26	29	23	1.99
16106933--16106985	26	2.0	26	96	0	97	28	16	20	33	1.95
16107667--16107719	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16108077--16108128	25	2.0	26	88	3	79	26	19	26	26	1.99
16108442--16108494	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
16108272--16108849	197	3.0	195	86	5	718	23	28	26	21	1.99
16108673--16109166	158	3.1	155	76	8	390	23	29	26	20	1.98
16109859--16109911	26	2.0	26	89	7	81	30	18	18	32	1.96
16110029--16110328	159	1.9	158	85	0	411	21	32	29	17	1.95
16110340--16110467	26	4.9	26	80	3	150	28	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16110915--16110967	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
16111663--16112199	158	3.4	159	81	2	616	23	30	27	18	1.98
16112149--16112247	51	1.9	51	91	0	162	30	27	26	16	1.96
16112358--16112410	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16112305--16112713	196	2.1	195	85	5	533	22	27	26	22	1.99
16112937--16112990	26	2.1	26	89	6	83	27	18	25	27	1.98
16113481--16114251	318	2.4	315	81	4	872	23	29	26	19	1.98
16113640--16114206	159	3.6	158	74	7	477	24	28	26	19	1.98
16115694--16115746	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16116023--16116075	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
16115901--16116230	185	1.8	183	81	6	418	22	28	27	21	1.99
16116048--16116414	155	2.3	155	78	7	386	22	28	27	21	1.99
16117585--16117637	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16118571--16118623	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16119045--16119097	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16119752--16119803	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
16120268--16120558	159	1.8	159	86	1	422	26	27	26	19	1.99
16120268--16120710	159	2.8	158	79	5	405	24	28	27	19	1.98
16121487--16121538	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
16121669--16121721	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16121878--16121930	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16121904--16122405	158	3.2	155	75	10	473	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16122739--16122791	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
16123294--16123343	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
16123480--16123529	26	1.9	26	91	0	82	26	14	30	30	1.94
16123296--16123640	184	1.9	184	84	3	462	25	28	26	18	1.98
16123457--16123832	196	1.9	196	81	4	454	25	30	23	21	1.99
16124212--16124264	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
16124777--16124826	26	1.9	26	88	8	75	32	18	24	26	1.97
16124961--16125526	196	3.0	182	76	10	476	24	29	25	20	1.99
16125316--16125368	26	2.0	26	92	7	90	30	20	18	30	1.97
16126893--16126945	26	2.0	26	92	7	90	28	16	22	32	1.96
16126919--16127419	158	3.2	158	78	4	499	24	30	24	19	1.98
16127393--16127445	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16126076--16127514	710	2.0	709	81	4	1720	24	28	26	20	1.99
16128210--16128262	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16128910--16128959	26	1.9	26	91	0	82	28	20	28	24	1.99
16129141--16129642	158	3.2	157	77	7	478	22	29	27	20	1.98
16129616--16129668	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16130890--16131912	159	6.4	159	74	7	639	22	28	27	21	1.99
16132507--16132872	159	2.3	156	77	7	387	23	30	25	20	1.98
16131990--16132929	502	1.9	505	79	9	1083	24	28	26	20	1.99
16133889--16133944	26	2.2	26	90	0	85	26	19	26	26	1.99
16134064--16134586	158	3.3	157	79	3	546	22	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16134085--16134545	159	2.9	158	81	1	442	22	30	27	18	1.97
16134560--16134615	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
16136004--16136056	26	2.0	26	96	0	97	32	20	22	24	1.98
16136504--16136556	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
16136611--16136973	159	2.3	159	81	1	433	22	33	28	15	1.95
16138221--16138273	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16138721--16138771	26	2.0	26	92	7	86	29	15	23	31	1.95
16138941--16139319	158	2.4	158	79	5	444	24	30	25	20	1.99
16139915--16139967	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16140401--16140453	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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