genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  283  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27087363--27087413	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
27086742--27087601	343	2.5	344	82	4	985	21	27	27	23	1.99
27087384--27088099	342	2.1	342	81	3	814	20	28	27	23	1.99
27088311--27088567	135	1.9	135	86	0	361	18	28	29	23	1.98
27088550--27088602	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
27089284--27089334	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
27089210--27089678	184	2.5	183	79	4	503	21	27	26	24	1.99
27089834--27089886	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
27090925--27090975	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
27090669--27091117	184	2.4	184	86	1	598	19	28	29	23	1.98
27091291--27091343	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
27090887--27091870	367	2.7	367	82	3	1208	20	27	28	23	1.99
27092735--27092811	26	3.0	26	98	0	145	28	27	16	27	1.97
27094278--27094354	26	3.0	26	92	0	127	27	25	19	27	1.99
27094304--27095346	501	2.1	494	82	4	1248	20	26	28	24	1.99
27096246--27096276	12	2.6	12	94	0	53	25	19	41	12	1.87
27096368--27096421	26	2.1	26	96	0	99	25	29	20	24	1.99
27095979--27097242	355	3.5	354	80	4	1281	21	26	28	23	1.99
27096723--27096775	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
27095981--27097487	710	2.1	701	78	6	1471	21	26	28	24	1.99
27098044--27098096	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
27098924--27099327	184	2.2	184	81	1	461	20	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27100908--27100960	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27100869--27102959	368	5.8	365	79	6	1994	20	26	29	23	1.99
27101644--27101696	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27102341--27102393	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27102874--27103225	157	2.2	160	80	6	387	19	24	30	25	1.98
27103934--27103984	26	2.0	26	88	0	75	25	21	19	33	1.97
27104300--27104361	26	2.4	26	83	5	81	29	24	22	24	1.99
27104604--27104656	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
27105326--27105378	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27105681--27105733	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27105252--27106761	343	4.3	347	78	8	1338	20	27	28	23	1.99
27106024--27106076	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27105252--27106761	698	2.1	699	81	4	1734	20	27	28	23	1.99
27106453--27106921	160	2.9	158	79	5	399	18	28	30	22	1.97
27106894--27106946	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27107615--27107667	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27108009--27108511	160	3.2	158	75	5	467	21	26	28	24	1.99
27108487--27108536	26	1.9	26	88	8	75	28	26	18	28	1.98
27109208--27109260	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
27110530--27110582	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
27110161--27111134	354	2.7	348	81	5	1022	20	25	29	24	1.99
27110884--27110935	26	2.0	26	85	7	70	30	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27111878--27111929	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
27114308--27114359	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
27114662--27114714	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
27114684--27115031	159	2.2	157	83	3	437	21	27	27	22	1.99
27115000--27115057	26	2.2	26	84	9	73	29	25	18	25	1.98
27115703--27115754	25	2.0	25	85	3	68	26	25	19	28	1.98
27116054--27116106	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27115672--27116423	352	2.2	345	80	6	842	20	26	28	24	1.99
27117163--27117459	158	1.9	158	81	2	364	16	28	31	23	1.96
27117360--27117590	112	2.1	112	90	0	363	16	26	26	30	1.97
27118431--27118486	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
27119280--27119331	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
27119401--27119427	11	2.5	11	100	0	54	18	37	33	11	1.86
27120522--27120573	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
27121250--27121302	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
27121605--27121657	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
27121178--27121974	355	2.3	343	81	5	897	19	27	29	23	1.98
27121673--27122124	159	2.8	158	78	6	387	19	28	30	22	1.98
27122828--27122880	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
27123194--27123246	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
27122794--27123502	368	1.9	366	84	4	946	21	25	29	24	1.99
27123276--27124098	171	4.8	170	75	7	672	20	26	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27123716--27123768	26	2.0	26	88	0	79	26	22	22	28	1.99
27124071--27124123	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27123488--27124333	355	2.4	351	81	4	963	20	26	30	22	1.98
27125096--27125148	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27125464--27125516	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
27125818--27125869	25	2.0	26	85	3	70	28	26	17	26	1.97
27125841--27126343	158	3.2	158	73	7	392	18	25	30	25	1.98
27127050--27127102	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
27127012--27128731	368	4.8	353	79	6	1406	20	26	28	23	1.99
27127772--27127824	26	2.0	26	85	0	70	32	24	15	28	1.95
27128122--27128177	26	2.2	26	90	0	85	32	26	16	25	1.96
27128495--27128546	26	2.0	26	88	0	77	32	23	17	26	1.96
27127010--27128743	722	2.4	718	79	5	1781	20	26	28	23	1.99
27128521--27128861	159	2.2	158	79	4	373	18	27	30	23	1.97
27128558--27128917	159	2.3	158	79	3	366	18	27	32	21	1.97
27128994--27129046	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
27129865--27129915	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
27131420--27131470	26	2.0	26	88	0	75	29	23	19	27	1.98
27131785--27131837	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27131385--27132179	368	2.2	367	84	1	1020	20	25	28	25	1.99
27131811--27132521	342	2.1	342	84	3	903	20	26	29	24	1.99
27132497--27132547	26	2.0	26	88	7	77	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27132445--27132889	183	2.4	183	82	3	507	21	26	26	24	2.00
27133193--27133245	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
27132122--27133403	698	1.8	700	80	6	1568	21	26	28	23	1.99
27133701--27133753	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27135300--27135351	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
27134860--27135892	368	2.9	353	81	5	1177	20	27	28	23	1.99
27135689--27136180	158	3.1	156	76	6	476	18	26	30	24	1.98
27136886--27136938	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27136840--27137852	368	2.8	365	85	3	1300	21	27	28	23	1.99
27137617--27137671	26	2.1	27	86	3	76	21	30	18	29	1.97
27138818--27138870	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
27139171--27139223	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
27140386--27140436	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
27140344--27141464	356	3.2	344	80	7	1209	20	26	28	23	1.99
27141158--27141455	159	1.9	158	78	3	330	16	27	32	23	1.96
27141123--27141622	158	3.2	158	74	6	483	19	26	30	24	1.98
27141596--27141648	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27143166--27143218	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27143889--27143941	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27143867--27144561	368	1.9	368	85	0	958	20	25	30	23	1.98
27144612--27144663	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
27144791--27144843	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27144911--27145317	159	2.6	158	80	3	444	18	28	27	25	1.98
27144817--27145316	158	3.2	158	74	6	474	19	27	29	24	1.98
27145293--27145342	26	1.9	26	84	8	66	26	26	14	34	1.94
27146007--27146059	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27146357--27146409	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27146542--27146594	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27147645--27147710	26	2.5	26	90	0	96	28	30	16	24	1.97
27149205--27149257	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27149928--27149980	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
27150263--27150315	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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