genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  275  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26516403--26516897	158	3.1	157	76	5	494	21	31	28	18	1.97
26516910--26516962	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
26517278--26517330	26	2.0	26	88	0	79	24	20	30	24	1.99
26517119--26517489	184	2.0	185	82	3	453	24	26	25	22	2.00
26517622--26517673	26	2.0	26	84	0	68	28	17	25	28	1.97
26517990--26518042	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26519156--26519208	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26519323--26520320	356	2.8	350	80	7	1058	24	28	26	20	1.99
26519864--26519916	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
26519075--26520320	356	3.5	354	77	8	966	24	28	26	21	1.99
26520219--26520270	25	2.0	26	92	3	88	25	21	28	25	1.99
26521407--26521459	26	2.0	26	85	7	72	28	16	28	26	1.97
26521776--26521828	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
26521213--26522219	356	2.8	360	81	6	1112	23	29	27	20	1.99
26522131--26522182	25	2.0	26	92	3	88	25	21	28	25	1.99
26522865--26523367	158	3.2	157	77	5	467	23	29	27	19	1.98
26523341--26523393	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
26523709--26523761	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
26523270--26523962	368	1.9	367	82	4	887	22	29	26	21	1.99
26524683--26525125	159	2.8	159	80	5	475	22	30	29	18	1.97
26525148--26525198	26	2.0	26	84	0	66	25	13	27	33	1.94
26531025--26531077	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26531776--26532394	159	3.9	158	78	4	638	22	31	28	17	1.97
26531774--26532426	317	2.1	317	84	1	871	22	30	28	18	1.97
26532408--26532460	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
26532497--26532521	13	1.9	13	100	0	50	32	28	32	8	1.86
26532776--26532828	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
26533852--26533901	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
26534575--26534627	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26536256--26536308	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26536132--26537070	368	2.6	355	82	5	1107	23	29	26	19	1.98
26536982--26537034	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26539302--26539354	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
26539955--26540469	158	3.3	155	76	7	484	24	30	26	18	1.98
26542496--26542548	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
26542704--26543170	184	2.5	183	85	2	598	24	29	27	19	1.98
26543046--26543098	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26544613--26544665	26	2.0	26	85	0	70	24	16	28	30	1.97
26544718--26544770	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
26545086--26545137	26	2.0	26	85	3	70	25	21	26	26	1.99
26544712--26545545	367	2.3	368	84	3	1099	24	29	26	20	1.99
26546168--26546220	26	2.0	26	85	7	72	28	20	26	24	1.99
26546668--26546720	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26547036--26547088	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26546900--26547247	184	1.9	184	81	6	418	21	28	28	21	1.99
26546352--26549562	355	9.2	347	73	13	1315	24	27	26	21	1.99
26547379--26547431	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26546424--26547987	698	2.2	700	79	7	1579	23	29	26	21	1.99
26546580--26549718	354	9.0	350	72	13	1517	24	28	26	21	1.99
26548425--26548477	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26547782--26549562	694	2.6	688	82	6	2148	24	27	26	20	1.99
26550462--26550511	26	1.9	26	84	8	66	30	16	26	28	1.96
26551292--26551344	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26552014--26552066	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
26552039--26552541	158	3.2	157	77	6	453	22	29	28	19	1.98
26552515--26552567	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26553607--26553659	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26553632--26554134	158	3.2	158	78	6	460	22	30	27	19	1.98
26554108--26554160	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26554476--26554528	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26556075--26556127	26	2.0	26	85	7	72	30	15	26	28	1.96
26557298--26557350	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
26558187--26558239	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26559723--26559775	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26560078--26560130	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26559525--26560548	368	2.8	361	82	6	1136	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26560446--26560498	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26561217--26561694	158	3.0	158	75	5	410	24	31	25	18	1.98
26561668--26561720	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
26562023--26562075	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26562379--26562431	26	2.0	26	88	0	79	24	18	28	28	1.98
26563160--26563564	159	2.6	158	78	5	399	24	31	26	17	1.97
26564126--26564605	158	3.0	159	74	5	443	23	29	26	21	1.99
26565227--26565279	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26565047--26565963	355	2.6	353	81	3	1040	23	30	25	20	1.98
26565739--26566194	159	2.9	156	75	8	467	22	30	28	18	1.97
26566253--26566305	26	2.0	26	85	7	72	32	22	20	24	1.98
26566342--26566368	13	2.1	13	100	0	54	22	22	48	7	1.75
26566621--26566672	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
26566974--26567027	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
26566717--26567435	368	2.0	367	85	1	965	22	30	27	19	1.98
26567710--26567769	19	3.3	19	73	22	65	51	0	0	48	1.00
26568127--26568161	13	2.8	12	87	8	52	48	8	0	42	1.33
26568223--26568257	13	2.8	12	83	8	52	40	0	2	57	1.14
26569279--26569380	54	1.9	52	82	9	125	50	5	0	44	1.26
26569467--26570087	179	3.5	177	82	6	630	39	9	8	42	1.68
26570823--26570875	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
26570825--26570879	22	2.5	23	85	8	71	54	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26571011--26571035	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
26571375--26572018	181	3.6	170	74	11	469	40	6	9	43	1.64
26571544--26572018	181	2.6	181	78	5	496	39	6	10	43	1.65
26573023--26573088	9	7.6	9	71	21	52	54	0	0	45	0.99
26573120--26573183	26	2.5	25	80	16	69	48	4	4	42	1.45
26573310--26573847	176	3.0	175	80	6	591	40	8	10	40	1.69
26574076--26574115	13	3.2	13	82	7	55	45	0	0	55	0.99
26574055--26574113	17	3.5	17	75	13	59	42	1	0	55	1.09
26574489--26574868	179	2.1	179	82	3	460	41	8	9	40	1.67
26578417--26578643	122	1.9	122	85	5	316	39	16	13	31	1.87
26580223--26580469	126	2.0	126	82	3	309	38	15	14	31	1.88
26580805--26581066	126	2.1	126	80	3	285	38	16	14	30	1.88
26583200--26583431	125	1.9	125	82	3	297	38	16	13	30	1.88
26584391--26584621	125	1.9	123	82	4	293	38	16	14	31	1.88
26584985--26585216	125	1.9	125	83	3	306	38	16	13	31	1.87
26586769--26586999	125	1.9	125	84	2	313	38	16	14	30	1.88
26587363--26587593	125	1.9	124	85	2	320	38	16	13	31	1.87
26587958--26588189	125	1.9	125	86	1	331	37	16	14	31	1.89
26588555--26588786	125	1.9	125	86	1	331	38	16	14	31	1.88
26589157--26589388	125	1.9	125	87	1	340	38	16	14	31	1.88
26589753--26589984	125	1.9	125	86	1	331	38	16	14	31	1.88
26590353--26590584	125	1.9	125	84	3	315	38	16	13	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26590956--26591187	125	1.9	125	85	3	324	38	16	13	31	1.87
26591559--26591790	125	1.9	125	84	3	315	38	16	14	31	1.88
26592164--26592395	125	1.9	125	84	3	315	38	16	13	31	1.88
26592760--26592991	125	1.9	125	86	3	333	38	16	13	31	1.87
26577528--26603581	606	43.4	603	95	1	40536	39	17	12	30	1.86
26593366--26593597	125	1.9	125	85	1	322	37	16	14	31	1.89
26593972--26594203	125	1.9	125	85	3	324	38	16	13	31	1.88
26594578--26594809	125	1.9	125	84	3	315	38	16	14	31	1.88
26595184--26595415	125	1.9	125	85	3	324	38	16	13	31	1.88
26596393--26596624	125	1.9	125	85	3	324	38	16	13	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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