genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  112  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14636461--14636513	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14637211--14637263	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14637712--14637764	26	2.0	26	82	7	63	30	26	16	26	1.97
14647298--14647350	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
14647783--14647835	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14648864--14648912	25	1.9	26	95	4	91	24	28	20	26	1.99
14648984--14649392	159	2.6	158	77	4	349	19	27	28	24	1.99
14649364--14649416	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14649741--14649792	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
14660758--14660810	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
14661247--14661299	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14662332--14662381	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
14662445--14662860	159	2.6	158	77	5	401	17	28	29	24	1.97
14662358--14662859	158	3.2	156	74	5	459	19	27	29	23	1.98
14662833--14662885	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14663212--14663264	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14663238--14664056	158	5.2	157	76	7	785	18	27	30	22	1.98
14663238--14664057	317	2.6	317	86	2	1112	18	27	30	22	1.98
14664739--14664788	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
14665240--14665292	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14665587--14665639	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14665613--14666426	157	5.2	158	73	8	599	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14667121--14667170	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
14667234--14667650	159	2.6	159	78	4	367	17	28	29	24	1.97
14667623--14667675	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14668002--14668054	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14668035--14668838	158	5.1	154	74	8	553	19	27	30	23	1.98
14668028--14668847	317	2.6	316	81	5	924	19	27	29	23	1.98
14668747--14670273	717	2.1	720	91	1	2490	25	23	23	27	2.00
14670291--14670784	159	3.1	155	72	10	408	19	25	30	24	1.98
14670351--14671324	512	1.9	509	81	5	1176	20	25	29	25	1.99
14671974--14672025	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
14671233--14672739	717	2.1	694	86	6	2055	26	22	23	27	1.99
14672686--14672738	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14672752--14673212	158	2.9	156	78	7	491	18	27	30	23	1.98
14673185--14673237	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14673027--14673395	184	2.0	184	84	1	488	20	27	29	23	1.99
14674194--14674245	25	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
14674220--14674717	159	3.2	157	77	4	401	19	26	30	23	1.98
14675793--14675842	26	1.9	26	88	8	75	26	24	20	30	1.98
14676135--14676187	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14676503--14676555	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14676293--14676934	323	2.0	324	85	1	860	21	24	30	23	1.99
14676791--14677534	343	2.2	340	83	3	897	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14678357--14678407	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
14678695--14678748	26	2.1	26	86	6	74	22	25	18	33	1.97
14678344--14679067	343	2.1	343	85	2	952	19	27	29	23	1.98
14678787--14679224	159	2.8	158	77	4	407	19	28	29	22	1.98
14678733--14679224	158	3.1	156	75	5	504	20	28	29	21	1.98
14679200--14679250	26	2.0	26	88	7	77	27	29	15	27	1.96
14679908--14679957	26	1.9	26	91	0	82	28	30	14	28	1.95
14680410--14680462	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
14681651--14681703	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14682862--14682914	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14683241--14683292	26	2.0	25	88	3	77	28	26	19	25	1.98
14684604--14684656	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14685875--14685927	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14685973--14686405	159	2.7	160	78	4	453	18	28	29	24	1.98
14686377--14686429	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14686586--14686637	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
14687123--14687175	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14686914--14687334	184	2.3	184	86	3	580	21	26	27	24	1.99
14687466--14687518	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
14688178--14688230	26	2.0	26	85	0	70	32	24	15	28	1.95
14688875--14688927	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14688106--14689599	697	2.1	683	79	8	1628	20	26	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14688760--14690413	881	1.9	879	82	4	2102	20	26	28	24	1.99
14690466--14690517	26	2.0	26	88	3	79	26	25	23	25	2.00
14691422--14691472	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
14691557--14691941	158	2.4	157	78	5	391	19	28	28	23	1.98
14691526--14691941	159	2.6	158	76	6	405	18	29	28	23	1.98
14691809--14692165	197	1.8	195	89	5	558	20	27	27	24	1.99
14692143--14692638	159	3.1	157	76	7	428	19	27	28	24	1.99
14692612--14692664	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
14691537--14693182	712	2.3	696	82	4	1903	20	28	28	22	1.99
14692888--14693192	159	1.9	158	85	3	416	18	29	32	20	1.96
14694057--14694109	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14692970--14696629	892	4.1	896	85	7	4510	25	24	23	26	2.00
14694790--14694842	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14694973--14695025	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14695868--14695920	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
14695990--14696014	11	2.3	11	100	0	50	20	28	32	20	1.97
14696602--14696654	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
14693987--14696839	918	3.1	909	87	4	4195	25	24	23	26	2.00
14697871--14697971	50	2.0	50	90	0	157	22	23	25	27	2.00
14698406--14698456	26	2.0	26	84	7	68	27	25	17	29	1.98
14699019--14699312	159	1.8	159	84	1	401	16	27	30	25	1.97
14698124--14700329	514	4.2	516	75	10	1788	20	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14699472--14699973	158	3.2	158	75	3	463	20	27	29	22	1.99
14699947--14699999	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
14700303--14700353	26	2.0	25	92	3	84	25	21	21	31	1.98
14701259--14701544	158	1.8	158	83	2	385	19	26	30	23	1.98
14702002--14702054	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14702823--14702874	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
14703008--14703060	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
14703096--14703706	158	3.9	157	79	4	611	19	28	30	21	1.98
14703863--14703915	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
14704027--14704427	157	2.5	157	76	4	396	21	26	29	22	1.99
14703292--14704892	684	2.4	670	81	4	1810	19	28	29	22	1.98
14703926--14704428	159	3.2	155	74	5	470	21	27	29	22	1.99
14704534--14704586	26	2.0	26	85	0	70	28	32	18	20	1.97
14704874--14704952	26	3.0	26	96	3	142	26	26	20	26	1.99
14705096--14705148	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14705595--14705649	26	2.1	26	90	6	85	30	21	18	29	1.97
14705439--14705992	184	3.0	184	81	2	628	21	25	28	24	1.99
14705781--14705833	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14706072--14706124	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14706908--14706960	26	2.0	26	82	7	63	24	22	20	32	1.98
14706675--14707334	354	1.9	354	81	2	806	21	25	27	25	2.00
14707103--14707447	184	1.9	184	80	4	401	22	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14708129--14708181	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14706399--14708647	867	2.6	850	78	6	2233	21	27	28	23	1.99
14708155--14708691	158	3.4	156	79	6	508	21	28	28	21	1.98
14708814--14708866	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14709212--14709523	170	1.8	172	82	6	407	21	25	28	24	1.99
14710368--14710420	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14710705--14711080	159	2.4	159	80	5	438	20	25	28	25	1.99
14711402--14711860	157	2.9	159	78	6	423	20	27	29	22	1.98
14711834--14711886	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
14713089--14713160	26	2.8	26	91	0	108	27	26	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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