genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  118  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15059289--15059339	26	2.0	26	92	7	86	29	21	19	29	1.98
15061206--15061256	26	2.0	26	88	0	75	33	27	11	27	1.92
15061706--15061756	26	2.0	26	84	7	68	31	23	15	29	1.95
15061914--15061966	26	2.0	26	85	0	70	35	24	15	24	1.94
15062071--15062415	159	2.2	159	80	1	386	20	26	30	22	1.98
15062759--15062811	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
15063260--15063312	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
15063423--15063964	159	3.4	159	80	7	431	19	27	29	23	1.98
15064623--15064675	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
15065616--15065668	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15066328--15067004	356	1.9	356	81	2	822	20	28	27	22	1.99
15067050--15067101	26	2.0	26	85	14	72	30	23	15	30	1.95
15067740--15067792	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15068245--15068297	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15068688--15069155	159	2.9	159	77	7	425	18	27	31	22	1.97
15069848--15069900	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
15069874--15070375	159	3.2	158	75	5	469	19	26	30	24	1.98
15070349--15070426	26	3.0	25	75	15	79	25	23	19	32	1.98
15071451--15071503	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15072174--15072226	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
15072815--15072867	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15073718--15073770	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15073744--15074245	158	3.2	157	79	3	560	19	26	29	23	1.98
15074599--15074651	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15075096--15075148	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
15082750--15083116	159	2.3	159	83	5	452	17	28	30	22	1.97
15082750--15083174	159	2.7	157	81	5	451	19	26	31	22	1.97
15083255--15083310	26	2.2	26	90	6	87	33	23	14	28	1.94
15083979--15084031	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
15084397--15085018	158	3.9	158	78	4	448	19	27	30	22	1.98
15085761--15086125	159	2.3	158	76	6	389	20	26	29	24	1.99
15086452--15086512	26	2.3	28	86	8	83	22	18	24	34	1.96
15087621--15089419	343	5.2	343	83	3	1883	20	27	29	23	1.98
15088362--15088417	26	2.2	26	90	6	87	25	28	19	26	1.99
15089146--15089577	159	2.7	159	79	5	457	19	27	29	23	1.98
15089083--15089576	157	3.1	156	75	7	487	20	26	29	23	1.99
15090285--15090334	26	1.9	26	95	0	91	24	24	22	30	1.99
15090436--15090811	159	2.4	157	77	6	389	20	26	28	24	1.99
15090784--15090836	26	2.0	26	82	7	63	28	22	20	28	1.99
15091316--15091826	159	3.2	159	73	10	377	17	26	31	24	1.97
15092687--15092739	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15092713--15093206	159	3.1	158	75	6	530	20	27	29	22	1.98
15093189--15093241	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15093398--15093476	26	3.0	26	92	3	124	29	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15093912--15093962	26	2.0	26	88	7	77	25	23	19	31	1.98
15094620--15094672	26	2.0	27	88	3	81	20	28	22	28	1.99
15095323--15095375	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
15095823--15095875	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
15097923--15097975	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
15098424--15098476	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
15098889--15099315	159	2.7	158	75	4	356	18	27	29	24	1.98
15100013--15100065	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15100039--15101174	159	7.2	158	74	4	680	20	28	29	22	1.98
15100046--15101174	317	3.6	317	81	1	1242	20	28	29	22	1.98
15102410--15102463	26	2.1	26	92	0	90	24	24	20	31	1.98
15102628--15102677	21	2.4	22	80	10	59	20	18	44	18	1.88
15103812--15103862	26	2.0	26	88	0	75	25	25	19	29	1.99
15103997--15104049	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
15104227--15104537	159	2.0	158	82	4	376	19	27	30	22	1.98
15105234--15105286	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
15105576--15105628	26	2.0	26	92	7	90	24	28	20	26	1.99
15106077--15106129	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
15106457--15106509	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
15106958--15107009	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
15108196--15108248	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
15108918--15108970	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15109068--15109444	157	2.4	157	79	6	386	20	27	28	23	1.99
15111027--15111076	26	1.9	26	95	0	91	28	30	16	26	1.96
15111581--15111633	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15111923--15111975	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15112643--15112695	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15113113--15113166	26	2.1	26	89	6	83	29	22	18	29	1.97
15113140--15113527	171	2.3	170	81	4	444	22	25	28	23	1.99
15114116--15114168	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
15114327--15114378	26	2.0	26	88	0	77	32	26	17	23	1.96
15114667--15114719	26	2.0	26	96	0	97	28	20	20	30	1.98
15115389--15115441	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
15116589--15116641	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15116224--15116854	355	1.8	351	83	6	843	20	27	29	22	1.99
15116700--15117279	159	3.6	158	80	7	517	19	27	29	22	1.98
15117525--15118120	158	3.8	157	73	6	484	19	26	29	24	1.99
15117945--15118511	185	3.0	184	80	5	537	22	25	28	24	1.99
15118669--15118721	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15119064--15119434	170	2.2	170	80	4	381	21	26	30	21	1.98
15121103--15121154	26	2.0	25	92	3	86	26	28	19	25	1.98
15121128--15121661	158	3.4	155	74	7	473	19	26	31	23	1.98
15121971--15122022	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
15122707--15122759	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15122733--15123266	158	3.4	156	79	5	536	19	28	30	22	1.98
15122733--15123391	158	4.1	156	77	7	529	19	28	30	22	1.98
15124062--15124112	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
15124955--15125007	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
15124981--15125472	160	3.1	156	72	6	434	20	28	28	22	1.99
15125349--15125731	196	1.9	197	87	2	565	22	28	27	21	1.99
15125996--15126048	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15126718--15126770	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15126915--15126967	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15127600--15127652	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
15128102--15128152	26	2.0	26	85	14	70	27	27	13	31	1.94
15128480--15128532	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15128982--15129034	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
15129192--15129244	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
15130590--15130639	26	1.9	26	87	0	73	30	24	16	30	1.96
15130591--15130646	26	2.2	26	83	0	67	32	23	16	28	1.96
15130660--15130951	159	1.8	158	79	3	336	17	24	32	25	1.97
15130819--15131185	184	2.0	185	80	3	409	22	25	28	24	1.99
15131364--15131899	159	3.4	158	76	8	433	20	27	30	21	1.98
15132231--15132283	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
15132739--15132788	26	1.9	26	88	8	75	28	24	16	32	1.96
15133093--15133145	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15134302--15134708	183	2.2	183	86	2	559	22	29	26	22	1.99
15134590--15135020	159	2.7	159	87	0	614	17	30	31	21	1.96
15135688--15135740	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
15135747--15136217	159	3.0	158	82	3	534	18	27	31	22	1.97
15137095--15137147	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15136899--15137544	184	3.4	183	75	12	596	21	25	27	25	1.99
15137304--15137356	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15138000--15138052	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15138723--15138775	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
15138812--15139252	160	2.8	158	82	1	533	17	28	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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