genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  87  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12702592--12703643	159	6.7	159	74	5	717	21	28	27	23	1.99
12702481--12703365	469	1.9	469	83	3	1154	21	26	28	23	1.99
12703616--12703668	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
12703946--12704415	196	2.4	196	84	2	615	22	27	27	23	1.99
12705019--12705069	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
12710471--12710956	158	3.1	157	75	8	482	21	29	28	21	1.98
12710939--12710991	26	2.0	26	85	0	70	24	22	18	33	1.97
12711135--12711187	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12710836--12711357	196	2.7	195	86	3	685	21	27	28	22	1.99
12711609--12712175	159	3.6	158	79	3	550	16	28	30	23	1.97
12711578--12712175	315	1.9	317	80	4	715	17	28	30	23	1.97
12712148--12712200	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12712903--12713395	159	3.1	155	77	7	492	17	26	31	24	1.97
12713369--12713421	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
12714759--12714811	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
12715482--12715534	26	2.0	26	85	0	70	26	30	20	22	1.98
12715508--12716007	159	3.2	156	78	6	535	19	27	30	22	1.98
12717443--12717483	17	2.4	17	100	0	82	29	24	21	24	1.99
12719084--12719136	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
12719268--12719320	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
12719328--12719650	170	1.9	170	82	4	411	19	25	31	23	1.98
12719634--12719692	26	2.3	26	80	11	70	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12720135--12720187	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12720344--12720396	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
12721010--12721062	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
12721088--12721378	159	1.8	158	81	4	363	16	27	31	24	1.96
12722361--12722413	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12722570--12722622	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
12722648--12723098	159	2.9	158	77	6	394	20	27	29	22	1.99
12723624--12723676	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12724347--12724399	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12724848--12724900	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12725105--12725716	158	3.9	158	75	8	499	20	27	29	22	1.99
12724973--12725717	317	2.3	325	82	5	884	19	28	28	23	1.98
12725691--12725742	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
12725900--12725952	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12726967--12727017	26	2.0	26	88	7	77	29	27	13	29	1.94
12727116--12727492	157	2.4	156	80	4	389	18	26	30	24	1.97
12727466--12727518	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12727784--12727808	13	1.9	13	100	0	50	12	48	16	24	1.79
12727819--12727890	26	2.8	26	82	4	83	27	25	16	30	1.97
12727840--12727893	26	2.1	26	92	0	90	25	24	18	31	1.97
12727871--12728401	159	3.4	157	71	8	441	21	26	28	23	1.99
12729350--12729400	26	2.0	26	92	0	84	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12729376--12729876	159	3.2	157	75	6	449	20	25	29	24	1.99
12729850--12729902	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12729314--12730417	514	2.2	511	81	4	1261	20	25	29	24	1.99
12729937--12730390	159	2.9	157	75	6	346	18	27	30	23	1.98
12730885--12730963	26	3.0	26	92	0	122	29	26	17	26	1.98
12731415--12731464	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
12731624--12731673	26	1.9	26	87	0	73	28	28	18	26	1.98
12738494--12738546	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
12738607--12739023	159	2.6	158	78	6	432	18	28	29	24	1.98
12738996--12739048	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12738844--12739207	185	2.0	184	83	2	462	21	25	28	24	1.99
12739834--12739886	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12738582--12740703	841	2.5	839	80	6	2172	20	26	29	23	1.99
12740189--12740240	26	2.0	25	85	10	70	30	25	17	26	1.97
12740366--12740731	157	2.3	159	77	4	398	19	25	31	24	1.98
12740566--12740874	171	1.8	170	79	6	356	18	28	30	22	1.98
12740994--12741534	159	3.3	159	75	9	403	18	27	30	23	1.98
12739860--12743365	671	5.3	670	82	3	3575	20	27	29	23	1.98
12742192--12742244	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
12742273--12743365	158	6.8	157	68	13	447	19	27	29	23	1.98
12744571--12744623	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
12746857--12746909	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12747200--12747252	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12748438--12748490	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
12749289--12749343	26	2.1	26	93	0	92	30	20	20	29	1.97
12749669--12749721	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
12749695--12750511	158	5.2	157	76	7	656	19	28	29	22	1.98
12750485--12750535	26	2.0	26	92	7	86	25	23	19	31	1.98
12750839--12750891	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12750865--12751363	159	3.2	155	73	10	427	19	26	30	23	1.98
12752055--12752104	25	2.0	25	84	11	66	26	28	18	28	1.98
12752115--12752581	159	3.0	157	80	4	465	18	27	29	23	1.98
12752554--12752606	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12752922--12752974	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12752453--12753157	355	2.0	359	81	6	827	20	27	29	23	1.99
12752948--12753449	158	3.2	157	75	9	509	19	27	30	23	1.98
12753425--12753475	26	2.0	26	88	7	77	27	23	17	31	1.97
12754131--12754183	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12760641--12761193	158	3.5	157	78	3	592	18	26	30	24	1.98
12761899--12762399	158	3.2	158	77	6	487	19	26	31	22	1.98
12762740--12762792	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
12763241--12763293	26	2.0	26	88	0	79	32	26	13	28	1.93
12764020--12764521	158	3.1	159	72	13	367	18	26	31	23	1.97
12764066--12764547	169	2.9	164	71	8	399	19	28	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12764650--12764700	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
12765227--12765280	26	2.1	26	89	0	81	27	27	20	24	1.99
12766731--12766782	26	2.0	25	88	3	77	26	25	21	26	1.99
12766757--12767138	159	2.4	158	75	8	389	21	25	29	23	1.99
12767715--12767767	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12767741--12768239	159	3.2	157	77	7	528	17	28	32	22	1.96
12769633--12769682	26	1.9	26	92	8	84	24	26	22	28	1.99
12769374--12769895	197	2.7	196	84	4	667	21	26	27	24	1.99
12769826--12769876	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
12770847--12770897	26	2.0	26	92	0	84	25	29	19	25	1.99
12770870--12771669	317	2.5	316	83	2	978	19	25	30	24	1.98
12770870--12771693	159	5.2	158	76	6	705	19	26	30	24	1.98
12771666--12771719	27	2.0	27	92	3	92	25	29	20	24	1.99
12771833--12772196	159	2.3	159	81	5	416	18	27	31	22	1.97
12771700--12772194	158	3.1	157	76	6	487	19	27	31	21	1.98
12772168--12772237	26	2.7	26	95	0	131	27	24	18	30	1.98
12772009--12772405	210	1.9	211	82	3	496	19	26	28	24	1.99
12772549--12772601	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12772194--12772955	341	2.2	349	81	6	861	19	27	29	23	1.98
12773098--12773150	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
12773556--12773931	159	2.4	160	78	5	404	19	27	29	23	1.98
12773904--12773956	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12774100--12774150	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
12774126--12774628	158	3.2	158	79	7	486	20	26	28	23	1.99
12774600--12774652	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12774809--12774863	26	2.1	26	93	0	92	27	30	18	23	1.97
12774862--12775293	159	2.7	159	81	2	492	21	27	28	23	1.99
12775484--12775536	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12775648--12775700	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
12776462--12776513	26	2.0	26	92	0	86	25	28	21	25	1.99
12776488--12777305	159	5.2	159	75	5	704	18	26	31	24	1.98
12777120--12777477	184	1.9	185	83	2	461	20	26	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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