genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  326  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30271707--30272208	158	3.2	157	76	7	426	18	25	30	24	1.98
30272182--30272234	26	2.0	26	82	13	65	28	26	16	28	1.97
30271142--30272749	513	3.2	495	82	4	1753	19	26	29	24	1.99
30272275--30272721	159	2.8	155	75	7	441	17	27	31	23	1.97
30272694--30272746	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30273462--30273945	158	3.0	156	77	7	465	20	29	29	21	1.98
30273919--30273971	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
30274812--30274864	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30274934--30274959	11	2.4	11	100	0	52	26	38	23	11	1.89
30275793--30275834	21	2.0	21	95	0	75	33	26	38	2	1.69
30276250--30276303	26	2.1	26	92	0	90	29	27	18	24	1.98
30276727--30276779	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
30277403--30277455	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
30277429--30277779	158	2.2	158	82	4	404	22	25	27	24	2.00
30278156--30278606	159	2.8	159	77	7	486	19	26	29	24	1.98
30278590--30278640	26	2.0	25	92	3	84	29	21	19	29	1.98
30279312--30279364	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30279338--30279924	158	3.7	156	77	8	499	20	27	29	22	1.99
30280017--30280502	159	3.1	157	76	4	499	19	26	29	24	1.98
30280486--30280537	26	2.0	25	85	3	68	30	19	19	30	1.96
30281265--30281734	159	3.0	159	78	8	456	20	27	30	22	1.98
30281709--30281761	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30281918--30281970	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
30282260--30282312	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30283838--30283890	26	2.0	26	85	0	70	30	28	16	24	1.97
30284055--30284357	159	1.9	159	80	5	353	21	25	28	23	1.99
30282940--30284959	878	2.3	862	81	4	2334	20	25	29	24	1.99
30284716--30284768	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
30285219--30285252	13	2.6	13	100	0	68	38	17	23	20	1.93
30290894--30290943	25	2.0	25	92	7	84	28	28	16	28	1.97
30291259--30291311	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30291761--30291813	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30292320--30292663	159	2.2	158	83	2	431	20	25	30	24	1.98
30292637--30292689	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
30293372--30293424	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30293349--30294332	367	2.8	351	77	10	957	21	26	28	23	1.99
30294094--30294146	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30294318--30294360	21	2.0	21	86	0	59	18	18	46	16	1.84
30295342--30295394	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
30295454--30295867	157	2.6	157	82	1	506	18	27	28	24	1.98
30295841--30295893	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30296208--30296260	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30296234--30296723	156	3.1	156	77	6	522	19	27	29	23	1.98
30295304--30297371	866	2.4	857	84	3	2616	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30297074--30297126	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
30297055--30297781	342	2.1	342	83	3	892	20	25	28	24	1.99
30297509--30297943	159	2.8	158	79	4	475	20	28	28	22	1.99
30297915--30297967	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30298282--30298334	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30297024--30298808	865	2.1	842	80	5	1956	20	27	28	23	1.99
30298358--30298830	158	3.0	157	76	6	411	20	27	28	23	1.99
30299092--30299144	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30299107--30299223	61	1.9	61	100	0	234	27	27	22	23	1.99
30299227--30299256	12	2.5	12	100	0	60	23	10	43	23	1.83
30300021--30300073	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30300110--30300414	159	1.9	158	80	5	348	18	28	30	21	1.97
30301619--30302024	170	2.4	171	79	6	439	19	26	31	22	1.98
30302080--30302132	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
30302170--30302609	159	2.8	158	77	9	399	19	29	29	22	1.98
30302105--30302607	158	3.2	155	76	9	489	20	28	29	22	1.98
30302581--30302633	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30302423--30302793	185	2.0	184	85	2	503	21	26	28	23	1.99
30309533--30309584	25	2.0	26	92	3	88	28	28	17	25	1.97
30309559--30310059	158	3.2	156	76	5	508	19	26	30	23	1.98
30310033--30310085	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30310502--30311241	159	4.7	156	79	5	702	18	27	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30310664--30311241	313	1.8	313	84	2	793	17	27	31	23	1.97
30311227--30311279	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30318178--30318229	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
30318363--30318415	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30319098--30319149	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
30319283--30319361	26	3.0	26	94	3	133	26	21	20	31	1.98
30319438--30319463	11	2.4	11	100	0	52	19	15	42	23	1.89
30318363--30321202	945	3.0	942	91	2	4550	25	23	23	27	2.00
30320043--30320094	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
30320228--30320306	26	3.0	26	88	3	115	27	22	18	30	1.98
30320967--30321019	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
30321150--30321202	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
30321375--30321874	159	3.2	159	80	2	488	21	27	28	22	1.99
30322190--30322242	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30323094--30323146	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30323306--30323355	26	1.9	26	87	0	73	30	28	16	26	1.96
30323414--30323831	159	2.6	159	81	2	471	21	29	26	23	1.99
30323964--30324016	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30324162--30324214	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
30324252--30324626	158	2.4	159	83	5	465	17	29	31	21	1.96
30322943--30325147	857	2.5	859	79	5	2114	20	27	28	23	1.99
30324821--30324873	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30326068--30326119	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
30326568--30326620	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
30326646--30326688	12	3.6	12	87	0	68	32	27	37	2	1.70
30326646--30326697	24	2.2	24	96	0	95	32	28	34	3	1.76
30326868--30327328	159	2.9	157	78	6	516	17	27	31	23	1.97
30327301--30327352	26	2.0	26	88	0	77	26	28	17	26	1.97
30327376--30327408	12	2.8	12	100	0	66	33	30	36	0	1.58
30326667--30328283	887	1.8	885	82	3	2108	21	27	28	22	1.99
30328187--30328239	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
30328890--30328942	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
30327503--30329027	710	2.2	704	80	5	1695	22	27	27	22	1.99
30329061--30329112	26	2.0	26	88	0	77	30	26	17	25	1.97
30330388--30330440	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
30330019--30330756	342	2.1	339	79	6	757	20	25	28	24	1.99
30330888--30330940	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
30332178--30332464	158	1.8	156	80	7	339	20	28	31	20	1.97
30332520--30332572	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30333216--30333268	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30333385--30333437	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
30334732--30334784	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
30335342--30335837	158	3.1	158	76	7	495	18	27	31	21	1.97
30335413--30335836	157	2.7	159	78	6	421	19	26	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30336561--30336613	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
30336904--30336956	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
30337024--30337057	11	3.1	11	95	0	59	20	41	26	11	1.87
30337638--30337690	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30337978--30338029	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
30339265--30339317	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
30339768--30339820	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30339978--30340028	26	2.0	26	96	0	93	29	29	15	25	1.96
30340319--30340371	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
30341041--30341089	26	2.0	26	88	8	75	30	30	12	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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