genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.373.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  373  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33987319--33987371	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33987160--33987611	197	2.4	191	80	7	517	24	28	25	21	1.99
33988685--33988734	25	2.0	26	88	11	77	32	18	24	26	1.97
33988707--33989157	159	2.8	158	74	6	412	24	28	26	20	1.99
33988708--33989209	158	3.2	157	73	7	451	24	28	25	21	1.99
33989183--33989235	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
33989389--33989699	159	2.0	158	81	1	363	22	32	27	16	1.96
33991189--33991239	25	2.0	25	88	7	77	23	19	27	29	1.98
33993604--33993635	13	2.5	13	100	0	64	21	31	25	21	1.98
33997808--33997859	26	2.0	26	92	7	88	26	19	23	30	1.98
33997835--33998396	159	3.5	158	79	5	632	22	28	29	19	1.98
33998469--33998521	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
33999888--33999938	26	2.0	26	88	7	77	29	19	25	25	1.99
34000229--34000281	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
34000953--34001005	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
34000978--34001380	159	2.5	158	76	4	371	25	29	26	18	1.98
34003382--34003434	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
34004263--34004315	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34004809--34004858	26	1.9	26	87	0	73	28	16	26	30	1.96
34005870--34005922	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
34006609--34006794	102	1.8	102	86	0	273	29	23	29	17	1.97
34006883--34006934	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34008406--34008775	158	2.3	158	78	5	381	25	28	25	20	1.99
34008885--34008934	26	1.9	26	91	0	82	28	22	28	22	1.99
34010178--34010229	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
34010610--34010662	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
34010691--34011052	159	2.3	158	77	4	359	26	28	27	17	1.98
34011113--34011165	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
34011456--34011508	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34010865--34011924	343	3.1	340	83	5	1183	23	29	28	19	1.98
34012701--34013266	159	3.6	158	76	6	527	24	28	27	19	1.99
34014435--34014487	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34015186--34015238	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34015608--34015660	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34015976--34016027	26	2.0	26	88	3	79	28	17	21	32	1.96
34017507--34018115	330	1.8	337	83	7	828	23	29	27	20	1.98
34018050--34018434	158	2.4	158	78	4	409	22	28	28	20	1.99
34019213--34019265	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
34019944--34019996	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
34019969--34020436	159	2.9	158	76	2	454	23	28	27	20	1.99
34021100--34021152	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
34021625--34021677	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
34029717--34030390	354	1.9	355	80	6	785	22	27	27	21	1.99
34030102--34030802	159	4.4	159	76	6	583	23	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34031081--34031133	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
34032355--34032407	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
34033015--34033064	26	1.9	26	91	0	82	26	10	30	34	1.89
34034537--34034589	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
34034296--34035750	728	2.0	729	86	1	2058	22	28	26	22	1.99
34036456--34036508	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
34036481--34036768	158	1.8	158	87	3	427	24	33	27	14	1.94
34036485--34036817	158	2.1	158	82	4	386	24	32	27	15	1.96
34036640--34037000	184	2.0	184	81	3	431	24	29	26	19	1.98
34036824--34037543	158	4.5	157	77	6	619	24	29	26	19	1.98
34036833--34037642	158	5.1	159	75	6	561	23	29	26	19	1.98
34036824--34037640	317	2.6	317	82	3	930	23	29	26	20	1.99
34037616--34037668	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
34039413--34039465	26	2.0	26	85	7	72	28	16	28	26	1.97
34040065--34040117	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34040264--34040483	122	1.8	122	79	2	262	24	32	27	15	1.95
34040870--34040922	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34041979--34042010	16	2.0	16	93	0	55	15	31	46	6	1.71
34043008--34043056	21	2.3	21	86	6	73	14	44	22	18	1.85
34043921--34043972	26	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
34044113--34044407	159	1.9	158	79	6	337	26	31	25	16	1.96
34044699--34044727	12	2.4	12	100	0	58	0	31	34	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34045474--34045526	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34046204--34046777	159	3.6	156	75	7	478	26	28	26	18	1.98
34047387--34047439	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34048135--34048433	159	1.9	159	79	4	343	25	30	24	20	1.99
34048879--34048931	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
34050051--34050103	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34051003--34051383	158	2.4	158	80	3	410	23	28	27	20	1.99
34052038--34052467	158	2.7	157	75	6	397	25	30	26	17	1.97
34052356--34052716	184	2.0	184	81	4	424	25	28	25	20	1.99
34052538--34053033	158	3.1	157	77	6	453	23	30	26	20	1.98
34053014--34053066	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34052011--34053140	500	2.3	498	82	2	1339	24	29	26	19	1.99
34053737--34053789	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34054082--34054132	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
34053887--34054552	369	1.8	368	83	3	883	24	29	27	19	1.98
34054449--34054501	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
34054289--34054652	185	2.0	184	86	0	503	24	29	26	19	1.98
34054474--34054846	158	2.4	158	78	4	383	23	30	27	18	1.98
34054955--34055007	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
34056688--34056740	26	2.0	26	89	7	81	26	16	28	28	1.97
34058558--34058610	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
34059278--34059330	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34059380--34059745	159	2.3	159	78	6	361	25	32	25	16	1.96
34059772--34059824	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
34060475--34060527	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
34061326--34061378	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34062985--34063037	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
34064348--34064401	26	2.1	26	92	0	90	25	16	27	29	1.97
34070995--34071047	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
34071492--34071549	26	2.2	26	84	0	71	24	18	31	25	1.98
34071859--34071911	26	2.0	26	85	7	72	32	16	20	30	1.95
34073079--34073131	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
34073104--34073466	157	2.3	158	78	3	390	25	28	25	20	1.99
34073579--34073631	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
34075175--34075504	171	1.9	171	79	2	367	22	29	26	21	1.99
34075552--34076108	158	3.5	157	77	7	583	22	29	28	19	1.98
34076261--34076319	26	2.3	26	90	0	100	25	10	15	49	1.76
34076719--34076771	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
34076745--34077037	158	1.9	158	82	1	372	22	27	29	21	1.99
34076745--34077087	158	2.2	158	80	2	366	22	27	27	22	1.99
34077433--34077485	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
34078146--34078198	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
34078844--34078896	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
34078870--34079371	158	3.2	156	73	8	451	19	24	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34079345--34079397	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34079714--34079766	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34078489--34080477	870	2.3	872	81	4	2225	20	25	29	24	1.99
34080215--34080266	26	2.0	26	88	7	79	30	23	15	30	1.95
34081265--34081315	26	2.0	26	96	0	93	29	29	15	25	1.96
34081418--34081791	157	2.4	158	77	8	384	18	27	30	23	1.98
34081763--34081815	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
34082131--34082181	25	2.0	26	84	3	68	29	27	15	27	1.96
34082577--34082629	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34082957--34083016	26	2.3	26	94	2	104	26	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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