Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  344  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31625468--31625520
26
2.0
26
85
7
72
28
28
16
26
1.97
31625994--31626046
26
2.0
26
88
0
79
26
24
20
28
1.99
31626490--31626542
26
2.0
26
85
7
72
28
22
20
28
1.99
31626699--31626751
26
2.0
26
92
0
88
28
28
18
24
1.98
31626883--31626935
26
2.0
26
85
7
72
26
22
18
32
1.97
31627605--31627657
26
2.0
26
96
0
97
26
28
20
24
1.99
31627948--31628000
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31628245--31628626
159
2.4
160
80
4
427
18
28
30
22
1.97
31628599--31628651
26
2.0
26
89
7
81
26
22
20
30
1.98
31628992--31629044
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31629649--31630187
158
3.4
156
76
6
546
19
26
29
24
1.98
31630161--31630213
26
2.0
26
89
7
81
26
22
20
30
1.98
31633258--31633292
18
1.9
18
88
0
52
20
8
2
68
1.29
31634238--31634306
11
6.2
11
76
15
61
13
4
2
79
0.99
31634238--31634306
17
4.1
16
79
5
66
13
4
2
79
0.99
31634351--31634485
57
2.3
57
88
7
184
42
5
17
34
1.73
31634324--31634485
57
2.7
57
83
10
182
46
6
14
32
1.70
31635391--31635728
83
4.1
82
91
3
534
24
16
23
35
1.95
31635391--31635728
41
8.1
41
93
2
534
24
16
23
35
1.95
31635735--31635802
1
68.0
1
73
0
55
86
11
0
1
0.63
31635735--31635797
10
6.2
10
82
14
76
87
11
0
1
0.62
31635735--31635802
11
5.9
11
84
8
82
86
11
0
1
0.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31635737--31635802
21
3.2
21
89
2
98
86
12
0
1
0.64
31636123--31636156
18
1.9
18
88
5
52
17
8
2
70
1.25
31637036--31637166
11
11.5
11
70
18
56
16
4
3
74
1.13
31637096--31637165
6
11.8
6
73
14
56
14
4
1
80
0.94
31637096--31637165
17
4.3
17
71
18
60
14
4
1
80
0.94
31637096--31637185
23
4.0
22
75
18
78
15
5
1
77
1.00
31637131--31637185
17
3.3
16
85
10
58
16
5
0
78
0.93
31637188--31637418
116
2.0
117
88
5
342
45
7
12
33
1.71
31637188--31637418
57
3.9
58
87
7
317
45
7
12
33
1.71
31642246--31642298
26
2.0
26
92
7
90
30
26
16
26
1.97
31642733--31642785
26
2.0
26
89
7
81
28
24
18
28
1.98
31642575--31643141
197
3.0
187
80
9
589
21
26
28
23
1.99
31642930--31642980
26
2.0
26
84
0
66
27
27
19
25
1.99
31642956--31643458
158
3.2
155
76
7
510
19
27
29
23
1.99
31643783--31644200
159
2.6
157
78
4
412
18
27
28
24
1.98
31644251--31644299
24
2.0
24
96
0
89
32
24
34
8
1.85
31645006--31645057
25
2.0
26
85
10
72
28
26
17
26
1.97
31645385--31645437
26
2.0
26
89
7
81
26
24
20
28
1.99
31645411--31645915
159
3.2
160
76
9
426
19
26
30
23
1.98
31645887--31645939
26
2.0
26
85
7
72
28
22
18
30
1.98
31647466--31647517
25
2.0
26
85
10
72
28
25
17
28
1.97
31647541--31647858
171
1.9
170
85
4
444
20
30
29
19
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31647834--31647883
26
1.9
26
91
0
82
24
26
22
28
1.99
31647978--31648360
157
2.4
158
78
10
381
21
27
26
24
1.99
31648328--31648383
26
2.2
26
83
0
67
28
19
19
32
1.97
31649912--31649963
25
2.0
26
85
10
72
28
25
17
28
1.97
31649987--31650304
171
1.9
170
86
4
453
19
31
29
19
1.96
31650280--31650329
26
1.9
26
91
0
82
24
26
22
28
1.99
31650402--31650806
159
2.6
158
78
9
398
20
28
27
24
1.99
31650774--31650829
26
2.2
26
86
0
76
26
21
19
32
1.97
31651526--31652019
159
3.1
155
76
4
463
19
28
29
22
1.98
31652010--31652077
26
2.6
26
97
0
127
26
32
11
29
1.92
31652293--31652579
157
1.8
158
84
3
398
20
30
28
20
1.98
31652553--31652605
26
2.0
26
92
0
88
28
28
18
24
1.98
31652897--31652949
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31653618--31653670
26
2.0
26
100
0
106
26
26
20
26
1.99
31653695--31654601
318
2.9
315
82
3
1086
17
27
31
23
1.97
31653695--31654611
159
5.8
157
75
5
777
17
27
31
23
1.97
31654584--31654636
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31655731--31655783
26
2.0
26
85
7
72
28
24
16
30
1.97
31656111--31656161
26
2.0
26
92
0
84
27
29
15
27
1.96
31656637--31656689
26
2.0
26
88
0
79
28
26
18
26
1.98
31656671--31657004
157
2.1
156
85
2
443
18
27
30
23
1.98
31656978--31657030
26
2.0
26
85
7
72
30
24
16
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31656591--31657783
341
3.4
341
73
12
853
20
26
29
24
1.99
31657710--31657759
26
2.0
25
92
4
82
28
24
16
32
1.96
31657917--31657969
26
2.0
26
92
0
88
26
26
20
26
1.99
31658260--31658312
26
2.0
26
82
7
63
28
20
18
32
1.97
31659045--31659602
159
3.5
159
75
7
483
19
27
30
23
1.98
31659254--31659655
159
2.6
158
79
5
413
18
27
28
25
1.98
31659641--31659693
26
2.0
26
85
0
70
26
22
20
30
1.98
31660169--31660220
26
2.0
26
85
7
70
34
23
13
28
1.92
31666241--31666293
26
2.0
26
92
0
88
28
28
18
24
1.98
31666267--31666766
159
3.2
158
80
7
579
19
28
30
21
1.97
31666740--31666792
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31667448--31667793
158
2.2
158
80
2
388
20
26
29
23
1.99
31667134--31667793
159
4.2
158
77
3
554
20
27
28
23
1.99
31667769--31667819
26
2.0
26
84
7
68
33
21
13
31
1.92
31669385--31669884
158
3.2
154
75
9
463
20
27
28
23
1.99
31670591--31670643
26
2.0
26
88
0
79
26
26
18
28
1.98
31670653--31671266
159
3.9
158
78
3
608
17
27
32
23
1.97
31670617--31671774
317
3.6
317
72
10
942
18
26
30
24
1.98
31670656--31671774
159
6.9
158
72
9
607
18
26
31
23
1.97
31671252--31671304
26
2.0
26
92
7
90
26
26
20
26
1.99
31671127--31671458
179
1.9
180
83
4
447
19
26
29
24
1.98
31670935--31671616
338
2.0
340
82
3
836
18
26
29
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31671749--31671801
26
2.0
26
92
7
90
26
24
20
28
1.99
31672812--31672864
26
2.0
26
88
0
79
28
26
18
26
1.98
31679326--31679378
26
2.0
26
92
0
88
28
20
22
28
1.99
31680049--31680101
26
2.0
26
85
0
70
30
28
15
26
1.96
31680192--31680575
159
2.4
158
77
6
391
20
25
29
25
1.99
31680759--31680811
26
2.0
26
92
0
88
30
26
16
26
1.97
31681825--31681877
26
2.0
26
96
0
97
26
28
20
24
1.99
31682168--31682220
26
2.0
26
89
7
81
26
22
18
32
1.97
31682888--31682940
26
2.0
26
88
0
79
26
24
20
28
1.99
31683354--31683406
26
2.0
26
88
0
79
26
28
22
22
1.99
31683399--31683745
159
2.2
158
77
5
369
19
28
30
21
1.98
31683399--31683881
158
3.1
156
75
8
375
19
27
29
22
1.98
31684576--31684628
26
2.0
26
92
7
90
30
24
16
28
1.97
31687750--31688368
157
3.9
156
94
2
1051
38
18
14
29
1.89
31688408--31688440
9
3.7
9
100
0
66
72
9
0
18
1.10
31688405--31688449
18
2.5
18
77
0
63
80
6
0
13
0.91
31688478--31688520
5
8.6
5
80
10
52
0
32
44
23
1.54
31688478--31688520
20
2.2
20
91
8
70
0
32
44
23
1.54
31688466--31688527
15
4.0
15
76
4
52
3
30
45
20
1.67
31688740--31688784
19
2.4
19
92
0
72
22
22
31
24
1.99
31688835--31688907
31
2.4
31
90
4
112
27
24
26
21
2.00
31689323--31689356
3
11.7
3
93
6
61
70
0
0
29
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31689388--31689497
41
2.6
41
72
13
98
64
5
0
30
1.16
31690326--31690950
158
3.9
158
75
5
501
22
29
28
19
1.98
31690960--31691012
26
2.0
26
81
0
61
28
16
24
30
1.97
31691327--31691379
26
2.0
26
86
13
74
28
16
24
30
1.97
31690774--31691657
367
2.4
356
80
5
940
23
29
26
20
1.99
31691502--31692022
157
3.3
156
76
5
386
21
28
28
21
1.98
31691996--31692048
26
2.0
26
92
7
90
30
20
22
26
1.98
31699141--31699214
26
2.8
26
93
0
121
27
12
29
31
1.92
31699313--31700284
524
1.9
521
81
5
1217
24
29
25
20
1.99
31699702--31699997
159
1.9
159
79
2
344
24
30
26
19
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402