genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  222  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22654316--22654366	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
22660607--22660659	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22660633--22661135	158	3.2	158	73	6	451	24	30	26	19	1.98
22661976--22662028	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
22662710--22662761	25	2.0	26	92	3	88	28	17	23	30	1.97
22662735--22663235	159	3.2	158	74	7	397	23	29	26	20	1.99
22664799--22664851	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
22665261--22665355	26	3.7	26	77	8	79	28	21	22	28	1.99
22666525--22666577	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
22666694--22666788	26	3.7	26	77	8	79	28	21	22	28	1.99
22667947--22668646	158	4.4	158	79	2	620	23	29	27	19	1.98
22667947--22668731	158	5.0	158	77	3	607	23	29	27	19	1.98
22667956--22668762	317	2.5	317	77	5	754	23	29	27	19	1.98
22669454--22669506	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22669555--22669957	159	2.5	158	74	9	379	21	30	26	20	1.98
22669931--22670061	26	5.0	26	88	1	174	25	20	27	26	1.99
22670508--22670602	26	3.7	26	82	2	102	26	17	27	28	1.98
22670582--22671003	159	2.7	157	76	7	406	22	30	28	18	1.97
22669969--22671105	552	2.1	541	86	2	1567	23	28	27	20	1.99
22671050--22671102	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
22671758--22671810	28	2.0	26	88	7	79	30	16	24	28	1.97
22673231--22673636	157	2.6	156	80	6	374	24	29	27	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22673299--22673636	156	2.1	159	84	5	429	23	31	27	17	1.97
22673704--22673756	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
22673928--22674449	200	2.6	196	81	6	537	23	28	27	20	1.99
22676092--22676585	159	3.1	157	78	6	523	21	26	29	22	1.99
22676946--22677000	26	2.1	26	89	0	83	30	29	14	25	1.95
22677250--22677302	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
22677972--22678024	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22677998--22678530	158	3.4	159	77	3	403	19	25	32	23	1.97
22685487--22685539	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22685577--22686015	158	2.8	158	79	5	411	17	28	31	22	1.97
22685883--22686409	198	2.7	196	84	1	678	20	27	29	22	1.99
22686579--22686631	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
22686692--22687039	158	2.2	160	86	3	479	17	28	30	23	1.97
22686605--22687267	159	4.2	157	78	6	486	20	27	29	23	1.99
22687746--22687798	26	2.0	26	85	0	70	26	32	18	22	1.97
22687844--22688590	158	4.7	157	76	6	512	18	27	29	24	1.98
22687911--22688590	317	2.1	316	78	3	677	18	26	30	24	1.98
22688563--22688615	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22689307--22689790	159	3.1	157	75	6	492	18	28	30	22	1.98
22689773--22689866	26	3.7	25	77	9	100	28	26	18	26	1.98
22689773--22689864	25	3.6	25	81	7	96	29	26	18	26	1.98
22689770--22689873	51	2.0	52	81	5	122	28	25	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22691552--22691604	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
22691919--22691967	25	1.9	25	87	4	71	22	28	20	28	1.98
22692421--22692471	25	2.0	25	88	7	77	31	21	17	29	1.96
22693154--22693206	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
22701996--22702048	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22702206--22702258	26	2.0	26	88	0	79	33	28	15	22	1.94
22702549--22702601	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22703336--22703627	159	1.8	158	82	2	370	16	28	33	21	1.95
22704098--22704150	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22704124--22704622	157	3.2	157	74	9	494	19	26	30	23	1.98
22704596--22704648	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22704976--22705025	26	1.9	26	84	8	66	22	34	18	26	1.96
22705002--22705394	159	2.5	158	75	5	400	21	28	29	19	1.98
22705922--22705973	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
22706625--22706677	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
22706651--22707155	159	3.2	159	76	6	468	20	27	30	22	1.98
22708403--22708894	157	3.1	159	75	8	466	19	27	30	22	1.98
22708868--22708920	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22708872--22709373	250	2.0	250	96	0	934	21	24	29	24	1.99
22709611--22710027	159	2.6	159	77	6	414	18	27	29	24	1.98
22709532--22710025	158	3.1	156	75	8	462	19	26	30	23	1.98
22709999--22710050	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22710458--22710508	26	2.0	26	92	0	84	23	29	21	25	1.99
22710484--22710984	158	3.2	158	79	5	564	18	26	31	23	1.97
22711681--22711733	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22711707--22712199	159	3.1	157	76	4	481	19	26	29	23	1.99
22712550--22712602	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22712081--22712782	367	1.9	353	80	5	807	19	25	30	24	1.98
22712887--22712939	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22713387--22713439	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22720021--22720070	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
22720044--22720429	159	2.4	158	78	5	402	20	26	29	22	1.99
22720515--22720572	26	2.2	26	90	9	91	27	22	20	29	1.99
22721325--22721351	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
22721961--22722631	158	4.2	158	78	5	510	19	27	30	22	1.98
22723106--22723158	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22723830--22723883	26	2.1	26	89	6	83	27	24	20	27	1.99
22723854--22724201	160	2.2	158	82	7	411	20	28	29	22	1.98
22723854--22724242	160	2.4	158	79	7	394	20	28	30	21	1.98
22725044--22725096	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22725793--22726289	159	3.2	152	74	12	402	18	28	31	21	1.97
22726261--22726312	26	2.0	26	85	7	70	28	23	15	32	1.95
22729104--22729154	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
22729822--22729872	26	2.0	26	84	0	66	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22729847--22730341	158	3.1	157	78	5	480	23	29	26	20	1.99
22731072--22731573	158	3.2	157	81	7	593	23	31	27	18	1.97
22731549--22731599	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
22732022--22732452	159	2.7	159	78	6	464	24	31	26	17	1.97
22730654--22732567	951	2.0	954	88	2	2818	25	27	25	21	1.99
22732901--22733347	159	2.8	157	79	5	481	23	30	27	19	1.98
22733375--22733427	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
22736136--22736193	26	2.2	27	90	3	91	29	20	22	27	1.99
22736360--22736816	159	2.9	157	76	5	370	21	29	28	19	1.98
22737205--22737257	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22737230--22737732	158	3.2	158	75	8	432	24	30	25	19	1.98
22737706--22737758	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22738191--22738240	26	1.9	26	95	0	91	32	18	24	26	1.97
22738531--22738582	25	2.0	26	85	3	70	28	19	23	28	1.98
22739253--22739305	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22739596--22739648	26	2.0	26	92	0	88	22	16	28	32	1.96
22739807--22739859	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22747377--22747762	159	2.4	159	78	5	361	22	29	26	20	1.99
22748103--22748155	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
22749402--22749805	159	2.5	159	76	5	379	20	30	27	20	1.98
22749779--22749909	26	5.0	26	85	1	156	25	20	25	27	1.99
22750356--22750428	26	2.8	26	82	0	101	28	19	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749402--22751494	541	3.8	541	89	3	2694	23	29	27	20	1.99
22750897--22750991	26	3.7	26	84	2	111	27	20	26	26	1.99
22751439--22751491	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
22752152--22752200	25	2.0	24	92	4	80	30	14	26	28	1.95
22752459--22752897	159	2.8	158	79	7	471	23	31	27	17	1.97
22753583--22753635	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
22753608--22754028	159	2.7	157	80	4	486	23	28	28	19	1.98
22753808--22754251	223	2.0	223	86	1	622	22	29	31	16	1.95
22754307--22754411	26	4.0	26	81	7	133	25	22	25	25	2.00
22754391--22754886	158	3.1	158	74	6	423	22	31	27	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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