genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  59  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10612826--10612878	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10613883--10613934	26	2.0	26	92	3	88	30	21	21	26	1.98
10615349--10615401	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
10616235--10616287	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10616955--10617007	26	2.0	26	85	7	72	33	20	16	28	1.95
10616725--10617384	343	1.9	342	86	0	933	27	28	25	19	1.98
10617324--10617848	159	3.3	156	75	5	500	25	29	26	18	1.98
10618783--10618835	26	2.0	26	82	7	63	32	18	18	30	1.96
10618808--10619116	158	2.0	158	80	2	352	23	30	26	18	1.98
10626310--10626362	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10626506--10626558	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
10626308--10626666	196	1.8	196	87	3	544	24	28	25	21	1.99
10627743--10628237	159	3.1	157	76	4	476	23	30	27	19	1.98
10628219--10628270	25	2.0	25	85	3	68	25	15	30	28	1.96
10627902--10628820	354	2.6	342	78	9	895	22	29	27	20	1.99
10628610--10629055	159	2.8	158	80	2	527	21	30	29	18	1.97
10629808--10629860	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10629833--10630145	159	2.0	159	85	3	425	21	30	29	18	1.96
10633649--10634051	159	2.5	158	80	4	436	23	31	27	18	1.98
10634341--10634393	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10634368--10634932	158	3.6	156	75	6	476	24	29	26	18	1.98
10634587--10634991	158	2.6	157	79	4	436	23	32	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10635000--10635052	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10635916--10635965	26	1.9	26	91	0	82	32	20	24	24	1.98
10635942--10636309	171	2.2	171	79	7	381	22	29	26	20	1.99
10636283--10636335	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10638831--10638881	26	2.0	26	88	7	77	31	17	23	27	1.97
10638854--10639198	159	2.2	159	80	7	389	21	28	29	20	1.98
10639172--10639224	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10639381--10639433	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
10639559--10639615	26	2.3	24	77	13	62	28	22	19	29	1.98
10640151--10640184	16	2.2	16	89	5	52	20	52	20	5	1.67
10640619--10641324	355	2.0	350	82	5	831	22	30	28	19	1.98
10640968--10642309	522	2.6	522	80	6	1327	23	28	27	20	1.99
10641690--10641739	26	1.9	26	91	0	82	28	14	24	34	1.93
10642188--10642240	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
10643357--10643528	58	2.9	57	87	7	231	43	8	12	35	1.73
10644396--10644448	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10644421--10644848	159	2.7	157	76	4	439	22	28	29	19	1.98
10644422--10644923	158	3.2	156	74	5	454	22	29	27	20	1.98
10646158--10646207	26	1.9	26	83	0	64	28	20	26	26	1.99
10646856--10646908	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10647604--10647897	158	1.9	158	81	5	362	24	30	27	17	1.97
10647921--10647973	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10648035--10648582	158	3.5	156	76	6	442	21	30	28	19	1.97
10648585--10648615	15	2.1	15	100	0	62	19	12	41	25	1.87
10648616--10648667	26	2.0	26	85	7	70	26	17	25	30	1.97
10649158--10649209	26	2.0	26	88	7	79	30	17	23	28	1.97
10649657--10649709	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
10650063--10650500	159	2.8	156	79	5	475	24	31	26	18	1.97
10650539--10650588	26	1.9	26	88	8	75	28	16	26	30	1.96
10650380--10650779	184	2.2	184	81	5	468	24	25	26	23	2.00
10650723--10650775	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
10650006--10651336	673	2.0	676	82	3	1663	23	28	26	21	1.99
10650778--10651230	159	2.9	158	79	4	464	20	30	28	20	1.98
10652266--10652318	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10653013--10653356	158	2.2	158	83	2	431	21	30	29	18	1.97
10653748--10653800	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10654197--10654245	21	2.3	21	96	0	89	2	42	26	28	1.66
10655650--10655702	26	2.0	26	82	7	63	30	18	24	26	1.98
10655993--10656044	26	2.0	26	92	0	86	25	21	26	26	1.99
10655988--10656346	197	1.8	197	80	5	440	22	26	27	23	2.00
10656671--10656723	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
10657710--10657762	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
10657906--10657958	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
10657931--10658428	158	3.2	155	76	7	382	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10658404--10658454	26	2.0	26	92	7	86	27	15	27	29	1.96
10658888--10658939	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
10658917--10659326	158	2.6	157	76	2	410	24	28	28	18	1.98
10659400--10659451	26	2.0	26	88	7	79	30	15	25	28	1.96
10659900--10659952	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10660936--10660988	26	2.0	26	85	0	70	24	18	24	32	1.97
10661629--10661681	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
10662602--10662653	26	2.0	26	85	14	72	30	15	25	28	1.96
10663103--10663155	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
10663825--10664327	159	3.2	159	76	5	408	23	29	27	20	1.99
10665677--10665703	13	2.1	13	100	0	54	22	29	48	0	1.51
10673089--10673483	159	2.5	158	76	8	383	24	28	27	18	1.98
10675979--10676031	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10675378--10676373	355	2.8	356	82	3	1122	23	28	27	20	1.99
10676198--10676689	159	3.1	157	75	6	467	23	29	27	20	1.99
10676166--10676633	159	3.0	158	77	5	469	23	30	27	19	1.98
10676663--10676715	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
10677043--10677094	26	2.0	26	92	3	88	28	19	23	28	1.98
10677543--10677595	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
10678264--10678316	26	2.0	26	82	7	63	30	20	22	26	1.98
10680529--10680581	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
10681248--10681300	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10681565--10681617	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
10681941--10681993	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
10682445--10682494	26	1.9	26	87	0	73	26	22	30	22	1.99
10683111--10683163	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10683490--10683542	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10683981--10684033	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
10684596--10684648	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
10684766--10685065	159	1.9	159	80	2	352	21	31	29	17	1.96
10685110--10685162	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
10685319--10685371	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10684357--10685816	694	2.1	695	81	8	1649	24	28	26	20	1.99
10685344--10686150	301	2.7	300	84	2	1016	26	28	24	20	1.99
10686260--10686312	26	2.0	26	85	0	70	30	13	22	33	1.92
10687077--10687129	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
10687786--10687838	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10689640--10689692	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10690210--10690261	26	2.0	26	88	7	79	26	21	25	26	1.99
10691085--10691137	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10691269--10691706	158	2.8	156	77	8	447	23	28	27	20	1.99
10691261--10691833	317	1.8	315	82	4	733	24	28	27	19	1.98
10692237--10692287	26	2.0	26	88	0	75	25	19	27	27	1.99
10692582--10692634	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10692961--10693012	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
10692987--10693563	158	3.7	156	79	3	600	23	29	28	18	1.98
10692988--10693563	317	1.8	317	83	1	760	23	30	28	18	1.98
10694506--10694558	26	2.0	26	82	13	65	26	15	28	30	1.96
10694691--10695114	158	2.7	156	76	8	435	21	29	29	20	1.98
10695190--10695242	26	2.0	26	85	0	70	28	16	22	32	1.96
10695556--10695608	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
10696803--10697302	158	3.2	156	77	5	515	23	29	27	19	1.98
10697796--10697846	26	2.0	26	96	0	93	31	19	21	27	1.97
10698614--10699370	159	4.8	158	77	6	559	23	29	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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