genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  247  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24481782--24482188	170	2.4	172	82	2	498	20	28	29	20	1.98
24481964--24482860	367	2.4	366	82	3	1084	19	28	30	21	1.98
24483804--24483855	26	2.0	26	88	0	77	28	25	19	26	1.98
24484159--24484211	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
24485163--24485215	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
24485186--24485812	342	1.8	340	83	2	837	20	26	30	22	1.98
24485890--24486384	158	3.1	157	78	6	552	19	28	29	22	1.98
24486358--24486410	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24487080--24487462	183	2.1	184	84	3	495	22	26	26	24	2.00
24487640--24487692	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
24487663--24488168	159	3.2	159	76	4	477	20	26	28	24	1.99
24488521--24488921	183	2.2	183	79	5	416	23	26	26	23	2.00
24488677--24489674	367	2.7	369	79	4	985	21	26	27	24	1.99
24489462--24489514	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
24490372--24490421	26	1.9	26	87	0	73	26	26	16	32	1.96
24490398--24491016	329	1.9	329	83	3	816	21	28	29	21	1.98
24491056--24491125	26	2.7	26	93	0	122	22	25	21	30	1.99
24492244--24492296	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24492946--24492998	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24492617--24493300	355	2.0	343	80	4	785	20	27	29	22	1.99
24493632--24493683	26	2.0	26	88	7	79	34	23	17	25	1.96
24493374--24494070	368	1.9	367	85	2	952	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24494570--24494622	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
24494596--24494939	159	2.2	159	84	2	433	21	27	28	22	1.99
24494242--24495468	343	3.5	343	78	4	1164	21	26	28	23	1.99
24495256--24495308	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
24495137--24495495	184	1.9	185	85	5	494	21	25	27	25	1.99
24495835--24495875	21	2.0	21	100	0	82	24	19	14	41	1.89
24496145--24496197	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24496441--24496493	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
24496115--24496666	296	1.9	296	86	1	784	21	27	27	24	1.99
24496960--24497324	159	2.3	160	78	7	395	20	27	29	23	1.99
24496825--24497322	158	3.1	156	74	8	434	20	26	29	24	1.99
24498411--24499025	329	1.9	329	84	1	829	21	26	29	22	1.99
24499081--24499133	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
24500521--24500571	26	2.0	26	88	0	75	31	29	13	25	1.94
24500111--24500934	368	2.3	355	81	6	974	22	26	26	23	2.00
24500111--24501242	355	3.2	357	79	6	1081	21	27	27	23	1.99
24501686--24501738	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24502408--24502460	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24501634--24503371	368	4.8	364	79	4	1666	21	27	28	23	1.99
24502776--24502828	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24503139--24503191	26	2.0	26	85	7	72	28	28	20	22	1.99
24501634--24503370	731	2.4	719	81	4	2047	21	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24503482--24503534	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24504165--24504216	26	2.0	25	88	3	77	30	25	19	25	1.98
24504845--24504896	25	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
24506015--24506340	175	1.9	175	83	1	429	21	24	30	23	1.99
24506642--24506671	12	2.5	12	94	0	51	16	20	50	13	1.78
24506896--24507298	159	2.5	159	77	5	420	17	27	30	24	1.97
24507270--24507322	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24507995--24508045	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
24508361--24508413	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24507942--24508979	368	2.8	368	81	4	1161	20	26	29	23	1.99
24509585--24509637	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
24509201--24509965	355	2.2	349	81	6	884	21	26	28	23	1.99
24511134--24511186	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24511083--24512107	366	2.8	365	85	5	1325	19	27	30	22	1.98
24511868--24511920	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
24511891--24512284	159	2.5	159	77	7	370	20	25	30	22	1.98
24513086--24513136	26	2.0	26	92	0	84	27	27	15	29	1.96
24513759--24513811	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
24514929--24514981	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24515654--24515704	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
24515602--24516997	368	3.8	365	81	6	1507	19	26	29	24	1.99
24516754--24516806	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24517255--24517307	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
24517132--24517466	184	1.8	185	81	1	422	19	25	30	25	1.98
24517912--24517964	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
24518009--24518444	160	2.7	158	79	4	464	16	28	32	22	1.96
24517937--24518442	159	3.2	158	76	5	509	18	27	31	22	1.97
24519151--24519203	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
24519079--24520536	334	4.3	335	75	13	1228	19	27	29	22	1.98
24520200--24520695	158	3.1	156	77	6	534	19	26	30	23	1.98
24520669--24520721	26	2.0	26	82	7	63	30	26	18	24	1.98
24521771--24522105	159	2.1	158	82	2	404	22	24	27	25	2.00
24521355--24522694	356	3.8	350	76	7	990	21	25	28	24	1.99
24521951--24522285	184	1.8	184	81	3	422	23	23	27	24	2.00
24522585--24523040	158	2.9	159	74	4	436	19	27	30	23	1.98
24523569--24523619	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
24523137--24523759	184	3.4	183	72	8	530	20	27	29	22	1.98
24523929--24523980	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
24524054--24524580	158	3.3	157	76	6	465	19	28	28	23	1.98
24524177--24525265	158	6.7	157	71	9	574	20	27	29	23	1.99
24523957--24524760	316	2.5	316	82	2	923	20	27	28	23	1.99
24524746--24524798	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24524846--24525276	159	2.7	160	75	10	414	19	27	28	24	1.98
24525248--24525300	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24525981--24526033	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24526349--24526401	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
24527353--24527405	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24527721--24527773	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24528182--24528234	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
24529260--24529312	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
24529591--24529643	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
24530287--24530344	26	2.2	26	87	9	82	29	25	18	25	1.98
24530686--24531187	160	3.2	156	72	7	413	20	27	29	22	1.98
24532221--24532273	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
24532312--24532729	159	2.6	159	78	3	448	18	27	29	24	1.98
24532701--24532753	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
24533350--24533606	137	1.9	137	86	0	370	17	31	28	23	1.97
24533723--24533775	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
24535249--24535301	26	2.0	26	89	7	81	30	30	15	24	1.95
24535348--24535648	159	1.9	160	80	3	356	18	29	29	22	1.97
24535275--24535778	160	3.2	158	73	6	408	19	27	29	23	1.98
24535752--24535804	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
24536828--24536879	26	2.0	26	85	3	70	26	23	21	28	1.99
24536853--24537355	159	3.2	159	77	8	488	18	27	30	23	1.98
24537329--24537381	26	2.0	26	82	7	63	28	24	20	26	1.99
24538050--24538102	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24538405--24538457	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
24538010--24538774	355	2.2	343	81	4	863	20	26	29	23	1.99
24538487--24538774	159	1.8	158	83	2	389	19	27	28	24	1.99
24538439--24538932	158	3.1	159	78	2	503	20	26	28	24	1.99
24540824--24540876	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
24540787--24542154	368	3.8	362	81	3	1388	20	26	29	23	1.99
24541554--24541606	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24542409--24542461	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24542251--24542603	184	1.9	184	82	3	442	21	26	29	22	1.99
24542389--24542942	304	1.8	304	83	2	745	20	25	31	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402