genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  88  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12777780--12777849	26	2.7	26	93	0	122	25	24	18	31	1.98
12776904--12777832	501	1.9	499	84	2	1211	19	26	30	24	1.98
12778162--12778212	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
12778502--12778554	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12777806--12778557	341	2.2	348	82	8	897	19	27	29	23	1.98
12778710--12778762	26	2.0	26	88	0	79	32	30	15	22	1.94
12779172--12779544	158	2.4	159	79	4	403	19	27	29	22	1.98
12779516--12779568	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
12779358--12779911	184	3.0	184	79	2	621	20	25	28	24	1.99
12779727--12780228	158	3.2	159	77	9	409	19	26	30	23	1.98
12780200--12780252	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
12780409--12780463	26	2.1	26	96	0	101	27	29	20	23	1.99
12780472--12780892	159	2.7	156	81	4	493	19	27	28	23	1.99
12780875--12780927	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
12779920--12781135	674	1.8	673	84	3	1667	21	27	28	22	1.99
12781083--12781135	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12781249--12781299	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
12782038--12782448	159	2.6	156	74	7	364	20	23	31	24	1.98
12783775--12783827	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
12784178--12784692	195	2.6	196	81	6	558	21	24	28	25	1.99
12784828--12784880	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12785352--12785404	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12785884--12786557	158	4.3	156	73	7	482	19	25	30	24	1.98
12785746--12786238	158	3.1	157	74	4	452	21	26	28	23	1.99
12785746--12786565	317	2.6	315	81	2	892	20	25	29	24	1.99
12786920--12786970	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
12793155--12793207	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
12793715--12793743	14	2.1	14	100	0	58	27	13	44	13	1.82
12793848--12793899	26	2.0	26	92	7	88	26	21	19	32	1.97
12794347--12794399	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12795066--12795118	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
12795397--12795449	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
12796492--12796541	26	1.9	26	95	0	91	24	26	22	28	1.99
12796449--12797148	353	2.0	356	82	3	865	19	28	29	23	1.98
12797432--12797727	159	1.9	159	80	5	357	18	29	29	22	1.97
12797314--12798069	343	2.2	346	78	7	812	20	26	28	24	1.99
12796428--12798500	858	2.4	846	79	7	2214	19	27	29	23	1.98
12797720--12798759	503	2.1	502	82	3	1223	20	25	28	24	1.99
12798229--12798731	159	3.2	158	76	5	388	20	26	30	23	1.99
12798702--12798757	26	2.2	26	83	6	69	30	16	19	33	1.94
12798827--12798859	11	3.0	11	90	0	57	15	27	39	18	1.90
12799436--12799488	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12799935--12799987	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12800263--12800314	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12800384--12800801	159	2.6	158	77	2	444	17	28	29	24	1.97
12800776--12800827	26	2.0	26	92	7	88	30	19	19	30	1.96
12801154--12801206	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12801180--12801534	159	2.2	158	74	10	344	20	26	29	23	1.99
12801180--12801681	158	3.2	157	75	7	478	19	26	30	23	1.98
12801742--12802391	343	1.9	344	82	7	808	20	26	30	23	1.98
12802048--12802551	159	3.2	160	76	7	429	18	26	31	23	1.97
12800049--12802746	868	3.1	867	81	4	3134	19	26	29	23	1.98
12802523--12802575	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12803617--12804118	158	3.2	156	76	6	483	19	25	30	23	1.98
12804263--12804314	25	2.0	26	85	3	70	28	25	19	26	1.98
12803385--12804790	671	2.1	672	87	2	1970	20	25	29	24	1.99
12804412--12804790	158	2.4	158	79	6	401	18	26	29	25	1.98
12804957--12805006	26	1.9	26	100	0	100	24	22	24	30	1.99
12805344--12805396	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12805370--12805871	158	3.2	157	74	5	472	20	26	29	23	1.99
12806017--12806429	158	2.6	159	71	4	366	20	28	29	22	1.98
12806451--12806503	26	2.0	26	82	7	63	26	22	20	30	1.98
12807327--12807379	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
12807169--12807527	184	2.0	184	82	2	443	21	25	27	25	1.99
12807682--12807740	26	2.3	26	88	5	86	30	28	16	23	1.97
12807046--12808417	355	3.9	343	78	6	950	20	27	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12808025--12808077	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
12808147--12808576	159	2.7	158	78	4	427	17	27	30	25	1.97
12810151--12810203	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12810177--12810677	158	3.2	157	77	9	500	18	26	30	24	1.98
12810651--12810703	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12811035--12811084	26	1.9	26	95	0	91	30	22	20	28	1.98
12811063--12811549	158	3.1	156	71	8	437	20	27	29	22	1.98
12816661--12816713	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
12817385--12817885	158	3.2	157	78	4	567	18	27	30	22	1.98
12817861--12817911	26	2.0	26	88	7	77	31	27	13	27	1.94
12819180--12819232	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12819911--12819963	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12819976--12820503	159	3.3	157	75	4	445	19	28	31	20	1.97
12819937--12820751	316	2.6	312	84	3	999	19	27	30	23	1.98
12819937--12820745	158	5.1	158	74	5	610	19	27	30	22	1.98
12821095--12821147	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12821121--12821611	159	3.1	154	73	8	414	20	26	29	23	1.99
12821446--12821800	184	1.9	182	86	3	507	20	26	29	24	1.99
12822046--12822098	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
12822389--12822441	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
12823111--12823162	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
12823208--12823460	140	1.8	140	85	1	355	18	30	28	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12823593--12823644	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
12824442--12824493	26	2.0	26	88	7	79	32	25	13	28	1.93
12823082--12825363	849	2.7	848	86	3	2957	20	26	28	24	1.99
12824809--12824861	26	2.0	26	88	0	79	32	28	16	22	1.96
12825309--12825361	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12831949--12832442	158	3.2	157	77	6	466	20	28	29	21	1.98
12832787--12832839	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12833283--12833335	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12834188--12834238	26	2.0	26	88	0	75	27	31	15	25	1.96
12835213--12835265	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
12837860--12837912	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
12837893--12838396	158	3.2	158	74	8	425	20	27	30	21	1.98
12838361--12838420	26	2.4	26	78	10	63	28	26	18	26	1.98
12838087--12838731	343	1.9	343	87	2	947	20	28	28	22	1.99
12838203--12838570	185	2.0	183	83	3	461	22	28	27	22	1.99
12837798--12839449	501	3.2	496	76	9	1577	20	27	29	22	1.98
12838920--12839415	158	3.1	157	81	5	586	18	27	31	21	1.97
12839389--12839441	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
12839542--12839593	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
12839883--12839935	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12842222--12842274	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
12842248--12842658	159	2.6	157	77	4	430	20	26	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12842723--12842775	26	2.0	26	85	7	72	24	26	22	26	2.00
12842442--12843094	343	1.9	344	85	1	898	20	27	29	22	1.99
12842749--12843127	159	2.4	159	82	3	460	20	27	29	21	1.98
12842192--12843823	502	3.2	501	75	9	1203	20	26	29	23	1.99
12843420--12843778	158	2.3	157	80	5	382	19	26	30	22	1.98
12843283--12843777	159	3.1	158	77	3	512	19	26	30	23	1.98
12843751--12843803	26	2.0	26	85	0	70	30	20	16	32	1.95
12843904--12843955	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
12844246--12844298	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12849343--12849799	170	2.7	170	78	6	494	19	27	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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