genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  312  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29238069--29238121	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
29238150--29238595	158	2.8	156	79	6	452	19	27	30	23	1.98
29239390--29239679	159	1.9	152	84	5	382	17	29	30	22	1.97
29239402--29239726	152	2.1	155	81	6	372	17	29	31	21	1.96
29240571--29240623	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
29240951--29241003	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
29242318--29242368	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
29243875--29243927	26	2.0	26	85	7	72	28	18	20	32	1.97
29244964--29245016	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29245073--29245368	159	1.9	159	89	0	457	17	30	29	22	1.96
29246486--29246538	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
29247218--29247267	26	1.9	26	88	8	75	26	28	18	28	1.98
29247795--29247824	12	2.5	12	94	0	51	33	20	33	13	1.91
29248099--29248151	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
29248125--29248479	159	2.2	158	76	5	347	20	28	29	21	1.98
29248603--29248653	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
29249114--29249166	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
29249500--29249824	160	2.0	161	87	4	469	38	19	12	29	1.88
29250403--29250436	16	2.1	16	100	0	68	38	17	32	11	1.86
29250287--29250710	174	2.5	173	81	3	480	20	25	28	25	1.99
29250287--29250755	170	2.7	171	79	5	396	21	24	28	24	1.99
29250879--29250931	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29251368--29251420	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
29251869--29251989	26	5.0	25	68	19	96	28	22	20	28	1.99
29256519--29256662	71	2.0	71	98	0	279	19	29	19	31	1.96
29258602--29258654	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
29259230--29259282	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29259742--29259794	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
29259116--29260322	514	2.4	512	82	4	1356	24	29	26	20	1.99
29260611--29260662	26	2.0	26	81	7	61	30	17	26	25	1.97
29260636--29261055	159	2.7	158	80	5	479	24	30	28	16	1.97
29261785--29261835	26	2.0	26	92	7	86	29	17	25	27	1.98
29262298--29262350	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
29262323--29263086	159	4.8	158	78	4	700	22	30	28	18	1.98
29262323--29263059	317	2.3	316	83	4	817	23	29	28	18	1.98
29263997--29264050	27	2.0	27	92	3	92	24	20	29	25	1.99
29270606--29271105	159	3.2	156	77	4	511	25	28	25	19	1.99
29271081--29271131	26	2.0	26	92	0	84	29	13	27	29	1.94
29271175--29271208	13	2.6	13	95	0	59	23	11	50	14	1.76
29271504--29271957	157	2.9	157	78	4	468	23	30	27	18	1.98
29271971--29272022	25	2.0	26	85	10	72	25	17	25	32	1.97
29272295--29272361	34	2.0	34	93	0	116	20	17	23	37	1.94
29272445--29272497	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29272470--29272972	158	3.2	157	75	9	423	22	28	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29273049--29273580	158	3.4	157	77	6	502	22	30	26	20	1.98
29274275--29274327	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29274617--29274669	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
29274706--29274732	13	2.1	13	100	0	54	14	14	55	14	1.70
29274863--29275354	159	3.1	159	74	10	360	22	31	27	18	1.97
29275328--29275380	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
29275696--29275748	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29275721--29276161	159	2.8	158	77	7	432	22	29	29	19	1.98
29276398--29276450	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
29277690--29277745	26	2.2	26	87	6	78	32	17	21	28	1.96
29285269--29285767	158	3.2	152	75	7	444	22	30	27	19	1.98
29285743--29285793	26	2.0	26	88	0	75	29	17	27	25	1.98
29286076--29286501	183	2.3	184	84	2	563	22	30	26	21	1.99
29286316--29286735	159	2.7	158	80	2	484	21	29	30	19	1.97
29286794--29286849	26	2.2	26	96	0	103	23	12	32	32	1.92
29287542--29287985	158	2.8	157	79	3	444	21	31	28	18	1.96
29288716--29288766	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
29288743--29289566	159	5.1	158	74	9	615	23	30	27	19	1.98
29288742--29289566	317	2.5	322	81	4	932	23	30	27	19	1.98
29289547--29289599	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
29289573--29290075	159	3.2	158	72	7	403	24	29	25	20	1.99
29290195--29290247	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29290220--29290722	159	3.2	157	76	5	483	24	32	26	16	1.96
29291464--29291956	159	3.1	159	73	7	365	24	30	25	18	1.98
29291907--29292280	197	1.9	196	80	4	432	24	27	25	22	2.00
29292152--29292646	159	3.1	156	73	6	420	23	28	27	21	1.99
29292628--29292680	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
29292151--29294994	686	4.2	665	76	9	2258	22	29	27	20	1.98
29292838--29293343	159	3.2	155	78	7	523	23	29	27	19	1.98
29293982--29294061	26	3.0	26	88	1	115	25	21	27	26	1.99
29293838--29294215	210	1.8	209	84	4	528	23	28	25	21	1.99
29294107--29294658	159	3.5	157	80	5	506	21	31	28	18	1.97
29294668--29294720	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
29295041--29295110	26	2.7	26	97	0	131	30	21	24	24	1.99
29302387--29302452	32	2.1	32	85	0	87	37	28	13	19	1.90
29302566--29302616	26	2.0	26	92	0	84	29	19	23	27	1.98
29302946--29302998	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29303235--29303593	158	2.3	158	82	1	477	22	32	27	17	1.96
29302972--29303632	159	4.2	157	77	5	526	23	29	27	19	1.98
29303606--29303658	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
29304238--29304281	11	4.0	12	83	16	60	15	34	27	22	1.95
29304534--29304583	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
29304901--29304953	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29305085--29305137	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29304881--29305212	184	1.8	183	87	3	497	23	27	28	21	1.99
29307446--29307498	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
29307471--29307904	159	2.7	158	73	11	386	24	29	27	18	1.98
29310135--29310185	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
29310160--29310979	159	5.2	159	77	6	655	23	30	27	18	1.98
29310161--29310764	317	1.9	317	85	2	847	23	30	27	18	1.97
29310160--29310979	317	2.6	317	80	5	705	23	30	27	18	1.98
29311334--29311386	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29312676--29313049	156	2.4	158	75	9	350	22	31	26	19	1.98
29313428--29313847	159	2.6	156	75	5	387	25	30	26	17	1.97
29313590--29313892	159	1.9	158	80	3	349	25	32	25	17	1.97
29313909--29313958	26	1.9	26	91	0	82	26	14	30	30	1.94
29314629--29314684	26	2.2	26	83	6	69	32	19	19	28	1.97
29315386--29315438	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29316391--29316442	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
29317414--29317466	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
29317633--29318135	159	3.2	155	79	4	515	22	28	28	20	1.99
29318109--29318161	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29325653--29325705	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29326374--29326426	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29326400--29326893	159	3.1	159	79	6	488	24	29	26	19	1.98
29326876--29326926	26	2.0	26	84	0	66	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29327241--29327293	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29327221--29327628	184	2.2	183	83	2	505	22	29	26	21	1.99
29328650--29329108	158	2.9	158	77	4	390	22	30	27	19	1.98
29329843--29329893	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
29329869--29330644	317	2.4	321	81	4	868	23	30	26	19	1.98
29330685--29330763	26	3.0	26	94	3	133	29	16	26	27	1.97
29331360--29331412	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29331395--29331887	159	3.1	157	78	6	519	21	32	29	17	1.96
29333398--29333770	159	2.3	158	76	7	396	24	30	23	20	1.99
29333750--29333802	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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