genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.378.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  378  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34396081--34396134	26	2.1	26	96	0	99	25	18	27	27	1.98
34395534--34396203	355	1.9	355	82	3	846	22	28	28	20	1.99
34397547--34397572	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
34398509--34398561	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34405571--34405621	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
34405735--34406585	317	2.7	314	80	4	874	23	29	26	20	1.99
34405768--34406585	158	5.2	158	73	7	557	23	29	26	20	1.99
34406302--34406972	342	2.0	342	81	3	787	24	29	25	21	1.99
34409395--34409446	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
34409916--34410258	159	2.2	158	76	7	354	21	30	28	20	1.98
34410621--34410699	26	3.0	26	92	3	124	29	20	22	27	1.98
34410672--34411134	158	2.9	158	74	8	445	23	28	26	20	1.99
34411147--34411198	26	2.0	26	88	0	77	25	19	23	32	1.97
34411893--34412394	158	3.2	157	77	5	463	24	30	26	19	1.98
34413442--34413494	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34414654--34414706	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
34415875--34415927	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34416402--34416890	158	3.1	158	78	4	419	22	30	27	20	1.98
34415873--34416948	501	2.2	495	83	4	1326	23	29	26	20	1.99
34416872--34416923	25	2.0	25	88	3	77	25	17	28	28	1.97
34417583--34417633	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
34419412--34419828	159	2.6	158	79	4	437	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34422343--34422395	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
34422037--34423466	524	2.8	511	80	5	1476	23	28	26	20	1.99
34423381--34423433	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
34429914--34429965	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
34429597--34430688	355	3.1	343	76	10	1004	23	28	26	21	1.99
34431343--34431395	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
34431527--34431579	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34431341--34431674	184	1.8	185	85	3	476	25	27	25	20	1.99
34431892--34432197	158	1.9	158	80	2	346	23	33	27	16	1.95
34431368--34432956	342	4.7	338	77	8	1388	23	29	26	19	1.98
34432052--34432415	184	2.0	184	86	0	512	25	30	25	19	1.98
34432230--34432854	159	3.9	157	80	3	626	23	30	27	18	1.98
34432230--34432854	317	2.0	315	82	5	778	23	30	27	18	1.98
34433598--34433650	26	2.0	26	89	7	81	32	22	20	24	1.98
34434174--34434618	159	2.8	155	76	6	401	24	28	26	20	1.99
34434660--34434712	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
34434102--34435280	514	2.3	504	82	5	1326	23	28	26	21	1.99
34435162--34435214	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
34435795--34435838	11	4.0	11	93	0	79	18	34	27	20	1.96
34436410--34436465	26	2.2	26	93	6	96	30	16	21	32	1.95
34436797--34437163	184	2.0	184	84	4	481	24	28	26	19	1.99
34437449--34437501	26	2.0	26	82	7	63	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34436950--34438916	880	2.2	875	82	3	2265	24	28	26	21	1.99
34437868--34438355	158	3.1	157	72	7	430	23	29	26	20	1.99
34438329--34438381	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34438707--34438759	26	2.0	26	82	13	65	28	22	22	26	1.99
34438890--34438942	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34439616--34439666	26	2.0	26	96	0	93	31	19	27	21	1.97
34440115--34440167	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34442011--34442063	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
34443242--34443296	24	2.2	26	83	9	69	21	3	18	56	1.57
34444420--34444472	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34445142--34445194	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34445243--34445619	159	2.4	158	80	3	391	22	30	27	19	1.98
34445642--34445694	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
34455901--34456478	159	3.6	158	79	4	560	24	29	26	18	1.98
34455901--34456497	318	1.9	317	79	4	684	23	30	26	19	1.98
34455899--34456561	317	2.1	316	78	4	681	23	29	26	20	1.99
34456535--34456590	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
34456917--34456968	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
34457270--34457979	196	3.7	193	80	5	771	22	28	27	21	1.99
34457821--34457872	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
34457605--34458022	185	2.3	184	86	2	572	23	28	26	22	1.99
34464965--34465017	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34465466--34465517	26	2.0	26	84	0	68	25	17	28	28	1.97
34465832--34465884	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
34465857--34466357	158	3.2	158	75	6	386	24	29	25	19	1.99
34466990--34467042	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34467491--34467543	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34469515--34469567	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
34469616--34469985	159	2.3	159	75	1	348	18	26	30	24	1.98
34470009--34470061	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34470571--34470596	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
34475632--34475929	159	1.9	159	79	2	339	21	27	27	23	1.99
34476388--34476440	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34476510--34476916	159	2.6	159	80	6	473	19	27	29	23	1.98
34476890--34476942	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34477600--34477652	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34478139--34478191	26	2.0	26	92	7	90	26	20	22	30	1.98
34478870--34478922	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34479555--34479607	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
34480054--34480102	25	2.0	25	91	0	80	20	26	18	34	1.95
34480249--34480301	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
34481247--34481299	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
34481740--34481791	25	2.0	26	89	10	81	25	25	19	30	1.98
34483485--34483537	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34485027--34485079	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
34484834--34485760	486	1.9	488	83	3	1218	23	29	26	20	1.99
34485313--34486903	527	3.1	526	81	4	1638	23	29	26	20	1.99
34486567--34486619	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34486249--34486992	350	2.1	345	83	5	905	24	29	26	20	1.99
34486917--34486969	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34487647--34488085	159	2.8	158	77	2	450	24	29	27	18	1.98
34488123--34488175	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34488148--34488590	170	2.6	170	80	5	475	24	27	27	19	1.99
34488806--34488858	26	2.0	26	88	0	79	24	18	28	28	1.98
34488992--34489517	159	3.3	159	76	7	464	23	30	26	19	1.98
34489485--34489541	26	2.3	26	84	6	73	24	17	26	31	1.97
34490114--34490166	26	2.0	26	92	0	88	24	20	30	24	1.99
34490448--34490500	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34490473--34490891	159	2.6	159	76	5	434	24	28	28	19	1.98
34491667--34491719	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
34492816--34492868	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34493317--34493369	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34493000--34493981	355	2.8	342	79	8	964	23	29	27	20	1.99
34493672--34493724	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34493513--34493882	184	2.0	184	85	2	501	25	28	25	20	1.99
34493345--34494298	501	1.9	505	81	5	1147	24	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34494896--34494947	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
34494920--34495382	159	2.9	158	78	7	508	23	30	27	19	1.98
34495526--34496256	316	2.3	316	86	2	1013	20	29	27	21	1.98
34495514--34496256	158	4.7	157	75	6	554	21	29	27	21	1.98
34496230--34496282	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34496952--34497004	26	2.0	26	92	7	90	24	16	28	30	1.97
34497452--34497504	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34497819--34497871	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34499025--34499077	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
34499050--34499551	159	3.2	159	78	8	488	23	30	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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