genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  309  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29012147--29012199	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
29012603--29012655	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
29012172--29012692	270	1.9	270	82	5	658	24	28	27	19	1.99
29013659--29013737	26	3.0	25	90	3	122	30	20	21	27	1.98
29014189--29014243	26	2.1	27	86	3	76	29	20	27	23	1.99
29014909--29014961	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29015618--29016138	159	3.3	157	75	10	526	24	31	24	19	1.98
29015565--29016137	315	1.8	315	87	4	861	23	32	24	19	1.98
29016261--29016311	26	2.0	26	84	0	66	29	17	27	25	1.98
29016979--29017031	26	2.0	26	85	7	72	28	18	28	24	1.98
29017483--29017532	26	1.9	26	91	0	82	26	22	32	20	1.98
29017847--29017899	26	2.0	26	81	0	61	26	18	26	28	1.98
29018055--29018107	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
29019144--29019644	159	3.2	158	75	6	397	23	29	26	19	1.98
29019643--29019971	171	1.9	171	82	2	410	21	32	26	19	1.97
29020487--29020539	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29019117--29021442	869	2.7	859	81	5	2548	23	29	26	20	1.99
29021333--29021385	26	2.0	26	88	0	79	24	22	24	28	2.00
29021359--29022019	159	4.2	160	76	3	539	24	28	26	20	1.99
29021359--29022019	317	2.1	317	82	2	790	24	28	26	20	1.99
29021993--29022045	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
29022349--29022399	26	2.0	26	84	7	68	27	17	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29021676--29023804	343	6.2	339	73	13	1405	23	28	27	20	1.99
29022692--29022742	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
29022886--29022938	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29023386--29023438	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29023723--29023775	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29023919--29023971	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
29024073--29024573	159	3.2	156	75	6	445	21	30	27	19	1.98
29025216--29025241	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
29025318--29025368	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
29025660--29025712	26	2.0	26	85	7	72	26	15	24	33	1.95
29026165--29026217	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29026508--29026559	26	2.0	26	85	7	70	26	19	26	26	1.99
29026866--29027162	159	1.9	158	82	2	362	24	30	26	19	1.98
29027347--29027402	21	2.7	21	100	0	112	17	46	21	14	1.84
29027572--29027624	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29027977--29028760	158	4.9	159	74	7	619	24	29	26	19	1.99
29027977--29028797	317	2.6	314	81	4	936	24	29	25	20	1.99
29028772--29028823	26	2.0	26	88	0	77	26	21	25	26	1.99
29028981--29029327	158	2.2	161	81	5	391	22	30	27	19	1.98
29029302--29029353	26	2.0	26	96	3	97	23	21	28	26	1.99
29029139--29029572	188	2.3	186	83	5	531	24	29	26	19	1.98
29029864--29029916	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29029889--29030390	158	3.2	158	79	4	512	23	29	27	20	1.99
29030365--29030416	25	2.0	26	89	10	81	25	19	26	28	1.98
29030744--29030796	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
29029326--29031339	880	2.3	880	85	1	2678	22	28	27	21	1.99
29030769--29031205	159	2.8	158	82	5	508	21	29	30	18	1.97
29031245--29031297	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
29030949--29031688	343	2.2	343	86	1	998	22	28	29	19	1.98
29031588--29031637	26	1.9	26	88	8	75	26	16	32	26	1.96
29031798--29031850	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
29031965--29032411	159	2.8	159	84	1	513	23	31	26	18	1.98
29033039--29033364	158	2.1	158	83	3	397	23	28	26	21	1.99
29034079--29034128	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
29034422--29034473	25	2.0	26	82	10	63	28	21	25	25	1.99
29034616--29034666	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
29034642--29035143	158	3.2	157	74	6	456	24	29	25	20	1.99
29035117--29035169	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
29035466--29035518	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29035662--29035714	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29035463--29035817	196	1.8	196	89	0	566	25	28	25	20	1.99
29035688--29036191	158	3.2	157	74	6	419	23	29	25	21	1.99
29036162--29036212	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
29036516--29036568	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29035982--29036731	354	2.1	353	94	0	1302	24	28	25	21	1.99
29036850--29036902	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
29036805--29037198	196	2.0	196	84	2	504	23	29	26	21	1.99
29037071--29037465	159	2.5	158	78	3	400	24	30	27	17	1.97
29037071--29037573	158	3.2	158	77	4	377	24	30	26	19	1.98
29037547--29037599	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
29036840--29038367	696	2.2	695	81	5	1778	24	28	26	20	1.99
29038243--29038295	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29039499--29039551	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
29039148--29040000	184	4.5	190	73	10	631	24	26	26	22	2.00
29039683--29039735	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29039878--29039930	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29039148--29040080	379	2.5	376	80	4	1020	24	27	26	22	2.00
29039642--29040034	195	2.0	196	83	2	495	23	26	26	22	2.00
29040379--29040431	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
29041942--29041994	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29041967--29042342	160	2.4	159	80	4	420	22	28	28	20	1.99
29041967--29042421	158	2.9	158	78	4	443	22	29	28	20	1.98
29042127--29043121	354	2.8	354	80	5	1058	22	28	27	21	1.99
29042836--29043282	159	2.8	159	76	5	438	22	29	28	19	1.98
29043313--29043365	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29043338--29043705	169	2.2	169	81	5	413	20	31	28	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29044003--29044292	159	1.8	158	80	3	350	23	30	26	20	1.98
29045477--29045529	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29045673--29045725	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
29045453--29045827	196	1.9	197	82	2	477	23	28	27	20	1.99
29045698--29046201	159	3.2	158	79	5	480	22	30	28	18	1.97
29046175--29046227	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29046881--29047278	185	2.2	185	81	4	453	24	27	27	20	1.99
29047207--29047512	158	1.9	158	88	2	454	23	31	29	16	1.96
29047570--29047622	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
29047949--29048002	26	2.1	26	89	6	83	29	18	22	29	1.97
29047976--29048478	159	3.2	158	78	7	502	22	30	27	19	1.98
29048452--29048504	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
29051056--29051107	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
29051056--29051411	197	1.8	197	80	3	439	24	25	26	22	2.00
29052479--29052822	158	2.2	159	80	5	367	21	29	28	20	1.98
29052796--29052848	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29052887--29052912	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
29054173--29054225	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29053856--29054664	355	2.3	349	81	6	909	23	28	26	20	1.99
29054565--29055065	157	3.2	154	76	6	466	23	30	25	19	1.98
29055756--29055834	26	3.0	26	96	3	142	29	20	24	26	1.99
29055808--29056310	159	3.2	159	75	7	387	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29056284--29056336	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
29057148--29057200	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29057174--29057907	158	4.6	157	74	8	552	25	30	25	19	1.98
29057881--29057929	25	2.0	25	100	0	98	36	28	30	4	1.76
29057962--29057993	12	2.7	12	95	0	55	6	28	34	31	1.82
29058030--29058493	158	2.9	157	80	4	500	23	31	27	17	1.97
29059216--29059266	26	2.0	26	92	7	86	29	17	21	31	1.96
29059663--29059715	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
29060063--29060849	303	2.5	309	80	5	804	22	29	27	20	1.98
29060275--29060861	159	3.7	158	74	6	472	21	30	28	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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