genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  255  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24995242--24995293	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
24996328--24997416	159	6.7	159	73	10	747	24	30	26	18	1.98
24996870--24996895	13	2.0	13	100	0	52	30	23	38	7	1.83
24997804--24997856	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24998288--24998337	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
24998643--24998695	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24999557--24999609	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
24999925--24999976	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
24999402--25000233	368	2.3	368	82	2	936	24	29	27	18	1.98
25000478--25000530	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25001503--25001555	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25003026--25003077	26	2.0	25	85	10	70	30	17	23	28	1.97
25003772--25004273	159	3.2	158	76	5	417	23	28	26	20	1.99
25004247--25004299	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25004868--25004920	26	2.0	26	85	0	70	24	15	24	35	1.94
25006297--25006349	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25007033--25007369	184	1.8	184	82	5	430	22	27	28	22	1.99
25007561--25007613	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25007928--25007980	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
25009377--25009429	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25009190--25009531	185	1.8	185	81	3	420	25	27	26	21	1.99
25009732--25009784	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25010491--25011322	158	5.2	158	73	8	570	22	29	27	20	1.98
25010490--25011322	317	2.6	315	79	6	884	22	29	27	20	1.98
25011631--25011683	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25011102--25011720	335	1.8	335	82	3	789	24	27	27	20	1.99
25013176--25013233	26	2.2	27	93	3	100	24	20	27	27	1.99
25014419--25014471	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25014787--25014839	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25014258--25015279	355	2.8	353	81	5	1056	23	28	26	20	1.99
25015142--25015191	26	1.9	26	87	0	73	26	16	26	32	1.96
25015000--25015341	184	1.9	184	81	2	427	23	28	26	21	1.99
25015642--25015694	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
25016752--25017211	159	2.9	157	78	5	392	24	30	27	17	1.97
25018018--25018070	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
25019242--25019294	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
25019989--25020626	159	3.9	158	77	10	495	22	31	26	19	1.98
25020280--25020606	171	1.9	170	84	5	437	22	32	26	18	1.97
25020637--25020686	26	1.9	26	91	0	82	26	16	28	30	1.96
25020991--25021043	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25021710--25022245	159	3.4	157	85	3	664	23	32	26	17	1.97
25022331--25022383	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25022699--25022751	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
25023652--25024150	157	3.2	158	72	11	448	22	28	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25024124--25024176	26	2.0	26	82	7	63	28	16	24	30	1.97
25024733--25025317	158	3.7	157	75	7	450	23	29	28	18	1.98
25024794--25025351	158	3.5	158	75	4	507	22	30	28	18	1.97
25024687--25025391	317	2.2	314	82	3	849	22	29	27	20	1.98
25026247--25026677	159	2.7	158	78	3	418	24	31	27	16	1.97
25027790--25027842	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25027815--25028261	159	2.8	158	81	3	502	21	31	29	18	1.97
25028975--25029027	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
25030039--25030091	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
25030521--25030573	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
25030888--25030940	26	2.0	26	85	0	70	26	18	26	28	1.98
25031611--25031663	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
25031637--25032147	158	3.2	156	77	9	493	24	29	25	19	1.98
25031636--25032453	316	2.6	316	82	4	898	24	29	26	20	1.99
25032795--25032847	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
25033516--25033568	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25034342--25034394	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25037939--25037991	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
25037964--25038391	159	2.7	157	78	4	466	23	29	27	19	1.98
25038439--25038491	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25038807--25038859	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25039394--25039426	15	2.2	15	89	10	50	15	54	21	9	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25039438--25039463	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
25039566--25040002	159	2.8	157	78	7	429	24	29	27	18	1.98
25040028--25040080	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25039537--25040625	489	2.2	493	83	4	1320	24	28	26	19	1.99
25040522--25040574	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25040488--25040797	172	1.8	172	88	0	478	24	25	27	21	1.99
25041440--25041900	158	2.9	158	79	3	505	24	31	26	17	1.97
25041915--25041967	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
25044120--25044525	159	2.6	157	78	5	388	22	27	30	19	1.98
25044572--25044596	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
25044950--25045002	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25044268--25046496	368	6.2	354	78	7	1902	23	28	26	20	1.99
25045671--25045723	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
25046991--25047043	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
25046276--25047448	585	2.0	585	89	2	1811	26	21	23	28	1.99
25047622--25047654	11	3.0	11	95	0	57	18	36	24	21	1.95
25047749--25048165	159	2.6	159	76	4	412	24	28	27	20	1.99
25048586--25048645	26	2.3	26	97	0	111	26	16	33	23	1.96
25048444--25048826	198	1.9	199	83	3	495	23	27	27	21	1.99
25048777--25048829	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25049498--25049550	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25049523--25049938	159	2.6	158	81	2	494	24	28	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25049999--25050051	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25050367--25050417	26	2.0	26	81	7	61	21	21	29	27	1.99
25051075--25051127	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
25051576--25051628	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
25052297--25052349	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
25052633--25052685	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
25053121--25053171	26	2.0	26	84	7	68	25	13	29	31	1.94
25053474--25053552	26	3.0	26	94	0	131	25	18	26	29	1.98
25054221--25054271	26	2.0	26	84	7	68	27	17	25	29	1.98
25054326--25054708	159	2.4	158	78	4	387	21	31	27	19	1.98
25054247--25054748	158	3.2	157	74	6	454	22	29	27	20	1.99
25054558--25055200	355	1.8	355	84	2	887	21	28	29	20	1.98
25055078--25055128	26	2.0	26	84	7	68	27	15	25	31	1.96
25056268--25056320	26	2.0	26	85	7	72	26	18	28	26	1.98
25057335--25057387	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25057834--25057886	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
25058950--25059001	26	2.0	26	85	14	72	28	17	26	26	1.97
25058975--25059602	159	4.0	158	75	8	524	22	28	28	19	1.98
25059610--25059662	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
25060724--25061089	159	2.3	159	81	4	425	25	31	26	17	1.97
25060964--25061220	133	1.9	136	84	5	344	22	31	26	19	1.98
25063224--25064203	355	2.8	353	78	8	1070	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25064099--25064151	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25064845--25065343	159	3.2	156	77	5	459	24	30	26	18	1.98
25065320--25065369	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
25065911--25065963	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
25067146--25067198	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25066968--25067624	355	1.9	354	86	2	942	23	28	27	20	1.99
25068191--25068243	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25068559--25068611	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25068168--25068906	355	2.0	359	82	4	889	22	30	26	20	1.98
25068715--25069065	158	2.2	157	77	5	366	21	31	27	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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