genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  221  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22575251--22575593	159	2.2	159	80	1	382	19	27	30	22	1.98
22575508--22575695	104	1.8	104	85	2	270	27	23	26	22	2.00
22577269--22577321	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
22578233--22578285	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
22578575--22578944	184	2.0	184	82	3	449	20	25	28	25	1.99
22579088--22579140	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
22579177--22579615	159	2.8	157	77	5	458	19	28	28	23	1.98
22579711--22579745	11	3.2	11	83	0	52	14	25	34	25	1.94
22579709--22579752	22	2.0	22	86	0	61	15	27	34	22	1.95
22580333--22580385	26	2.0	26	88	0	79	28	26	22	22	1.99
22580517--22580569	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
22580260--22580593	184	1.8	184	86	2	492	19	28	28	23	1.98
22580619--22581057	158	2.8	159	80	4	476	18	28	30	22	1.97
22581029--22581089	26	2.3	26	100	0	122	27	26	21	24	1.99
22581215--22581267	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
22581935--22581987	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
22581961--22582448	158	3.1	155	77	5	523	20	27	29	22	1.99
22583809--22583861	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
22583658--22584045	183	2.1	184	81	3	451	22	26	27	23	1.99
22585208--22585260	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22585157--22585831	367	1.8	375	84	7	951	19	26	30	24	1.98
22585686--22586115	159	2.7	159	78	6	406	18	25	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22586301--22586353	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22586327--22586710	159	2.4	158	81	3	414	21	26	28	23	1.99
22587829--22587881	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
22589354--22589378	13	1.9	13	100	0	50	0	56	28	16	1.41
22589996--22590025	12	2.5	12	94	0	51	33	30	33	3	1.74
22590459--22590510	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
22590581--22590612	11	2.9	11	90	0	55	21	28	31	18	1.97
22591300--22591718	159	2.6	160	81	6	462	20	27	26	25	1.99
22592044--22592096	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22592322--22592588	146	1.8	146	86	1	383	20	28	27	23	1.99
22593010--22593062	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
22593140--22593192	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22593337--22593389	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22594339--22594391	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
22594523--22594575	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22594334--22594745	195	2.2	190	82	7	473	20	26	28	24	1.99
22595996--22596533	158	3.4	157	75	6	530	22	28	28	21	1.99
22596992--22597044	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22598180--22598233	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
22598206--22599771	159	9.8	158	74	8	1025	19	27	30	22	1.98
22598206--22599675	317	4.6	317	78	6	1166	19	27	30	22	1.98
22598347--22599536	647	1.8	647	82	2	1546	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22599820--22599872	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
22600876--22601553	158	4.3	159	76	7	556	19	27	29	23	1.98
22600876--22601720	317	2.7	316	84	1	1005	19	27	29	23	1.98
22600876--22601719	159	5.3	158	75	7	573	19	27	29	23	1.98
22602424--22602474	26	2.0	24	88	7	75	31	29	13	25	1.94
22602449--22602945	158	3.1	157	80	4	525	18	27	30	22	1.97
22602476--22602945	160	3.0	156	81	3	519	17	28	31	22	1.97
22602918--22602970	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
22603786--22603838	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
22604510--22604562	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22604852--22604904	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
22611152--22611201	26	1.9	26	84	8	66	26	24	18	32	1.97
22611833--22611885	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22611859--22612361	159	3.2	156	76	8	471	19	26	30	22	1.98
22612335--22612387	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
22612530--22612582	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22613591--22613643	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
22614090--22614143	26	2.1	26	89	6	83	27	25	18	27	1.98
22614469--22614521	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
22614621--22614918	156	1.9	156	80	6	354	19	29	28	22	1.98
22617889--22617941	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
22617915--22618406	158	3.1	156	77	6	524	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22620807--22620859	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
22622344--22622770	159	2.7	157	80	4	455	20	28	28	22	1.99
22623894--22623946	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
22625093--22625417	171	1.9	171	80	7	383	20	25	31	23	1.98
22625650--22626014	159	2.3	160	78	7	393	20	25	29	25	1.99
22626525--22626576	26	2.0	26	88	7	79	26	25	17	30	1.97
22627298--22627823	158	3.3	158	77	6	469	20	27	28	23	1.99
22628117--22628169	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
22628145--22628515	159	2.3	158	76	4	404	19	26	30	22	1.98
22629083--22629135	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
22629213--22629265	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22629063--22629297	130	1.8	130	86	3	348	24	21	28	25	1.99
22629410--22629462	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22629436--22629928	158	3.1	157	74	7	476	21	28	26	23	1.99
22630414--22630466	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22632121--22632568	159	2.8	157	82	4	488	18	28	31	21	1.97
22632074--22632596	158	3.3	158	79	6	590	19	27	31	21	1.98
22632725--22632776	25	2.0	26	92	3	88	26	26	19	26	1.99
22634277--22634330	26	2.1	26	85	0	72	27	25	18	27	1.98
22634343--22635770	159	8.9	158	76	7	1096	18	27	30	22	1.97
22634303--22635770	805	1.8	804	81	4	1850	19	27	30	22	1.98
22634342--22635770	317	4.5	315	78	8	1156	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22635762--22635796	15	2.2	16	90	5	54	34	28	20	17	1.95
22635905--22635957	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22636243--22636300	26	2.2	26	87	9	82	25	24	20	29	1.99
22636370--22636395	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
22636960--22637807	159	5.4	161	76	6	671	19	27	30	22	1.98
22636962--22637805	317	2.7	314	83	3	1039	19	27	30	23	1.98
22638501--22638553	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
22638654--22639029	160	2.4	160	84	1	470	18	28	29	22	1.98
22638598--22639027	158	2.7	159	82	2	524	17	29	30	22	1.97
22639002--22639054	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22638824--22639729	354	2.6	348	78	9	874	19	26	29	23	1.98
22640496--22640548	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22640838--22640889	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
22645926--22645978	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22647264--22647315	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
22646027--22648039	870	2.3	869	79	4	2171	24	29	25	20	1.99
22648099--22648149	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
22648650--22648702	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
22649484--22649536	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
22650023--22650075	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22650952--22651004	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22651331--22651383	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22651356--22651855	158	3.2	156	77	7	458	22	29	28	20	1.98
22651829--22651879	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
22651670--22652032	184	2.0	184	84	4	482	24	27	26	20	1.99
22651854--22652350	158	3.1	158	75	9	409	23	28	27	20	1.99
22651135--22652435	501	2.6	494	82	4	1489	23	28	27	20	1.99
22652698--22652753	26	2.2	26	90	6	87	28	21	21	28	1.99
22652539--22652900	183	2.0	184	82	4	446	24	28	25	21	1.99
22653438--22653490	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22653842--22654306	157	2.9	155	77	6	443	22	30	27	19	1.98
22653851--22654342	158	3.1	154	77	4	466	22	29	27	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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