genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  287  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27382139--27382191	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27382200--27382521	171	1.9	171	86	1	466	19	27	32	20	1.97
27382228--27382864	355	1.8	343	82	7	805	19	28	29	22	1.98
27382605--27383036	159	2.7	158	79	7	464	18	27	30	23	1.97
27382534--27383034	158	3.2	155	77	8	481	19	26	29	23	1.98
27383794--27384245	159	2.9	157	75	4	442	17	27	30	24	1.97
27384218--27384270	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27384904--27385441	159	3.4	158	74	6	500	19	26	29	23	1.98
27386329--27386381	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27387392--27387442	26	2.0	26	84	0	66	29	25	17	27	1.98
27387855--27388229	197	1.9	197	84	4	506	20	26	27	24	1.99
27388152--27388614	158	2.9	159	77	3	459	19	27	30	23	1.98
27388799--27388851	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
27390031--27390083	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
27390395--27390450	26	2.2	26	86	0	76	32	26	17	23	1.97
27390424--27390925	160	3.2	158	75	6	469	21	26	29	22	1.99
27390899--27390951	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
27389468--27391878	869	2.8	862	84	2	2937	21	26	29	22	1.99
27391988--27392038	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
27399170--27399222	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
27405146--27405650	159	3.2	160	78	7	483	18	27	30	22	1.98
27405463--27405834	185	2.0	185	87	3	534	18	26	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27406017--27406521	159	3.2	158	79	7	549	18	27	31	22	1.97
27406334--27406705	185	2.0	185	85	4	500	19	26	29	25	1.98
27405102--27406934	871	2.1	871	97	0	3427	19	27	29	23	1.98
27407572--27407624	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
27407598--27408090	158	3.1	158	74	4	472	19	26	30	23	1.98
27408454--27408505	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
27408479--27408982	158	3.2	157	79	6	545	18	27	31	22	1.97
27409736--27410202	157	3.0	157	77	5	375	18	27	30	22	1.98
27410175--27410227	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
27409758--27410742	512	1.9	512	85	1	1375	19	26	29	24	1.99
27410690--27410741	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
27411412--27411464	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
27411901--27411953	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27411927--27412269	158	2.2	158	83	5	417	22	27	27	22	1.99
27412243--27412295	26	2.0	26	85	7	72	32	20	15	32	1.93
27411624--27412811	342	3.4	342	78	10	1039	21	26	28	23	1.99
27412612--27412662	26	2.0	26	92	0	84	29	29	15	25	1.96
27413096--27413479	159	2.4	160	79	4	409	18	27	30	23	1.98
27413819--27413870	26	2.0	26	92	0	86	28	26	19	25	1.98
27413895--27414345	159	2.9	157	79	4	451	18	27	30	24	1.98
27414318--27414370	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
27414723--27414775	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27415277--27415328	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
27418185--27418237	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27417883--27418407	195	2.7	195	81	3	560	22	25	27	24	2.00
27419640--27419692	26	2.0	26	85	7	72	32	24	18	24	1.97
27420140--27420244	26	4.0	26	97	2	194	26	23	20	29	1.99
27420573--27420651	26	3.0	26	94	0	131	29	26	15	29	1.96
27421314--27421366	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27421657--27421709	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
27421762--27421830	36	1.9	36	96	0	129	36	17	23	23	1.95
27422275--27422304	12	2.5	12	94	0	51	30	26	33	10	1.89
27422727--27422777	26	2.0	26	88	7	77	29	23	13	33	1.93
27423447--27423499	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27424254--27424306	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
27424634--27424685	25	2.0	26	88	3	79	28	23	21	26	1.99
27425134--27425187	26	2.1	26	86	6	74	27	24	18	29	1.98
27425264--27425288	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
27425867--27425919	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
27426366--27426418	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
27428520--27428570	26	2.0	26	84	7	68	25	23	21	29	1.99
27429729--27429781	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27429883--27430392	161	3.2	157	75	8	483	18	26	31	23	1.97
27430629--27431078	159	2.8	157	79	5	505	18	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27431052--27431130	26	3.0	26	90	3	124	26	22	18	31	1.97
27431798--27431850	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
27438362--27438414	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27439084--27439428	157	2.2	159	86	2	482	17	29	31	22	1.96
27439086--27439489	157	2.6	158	83	3	458	17	29	29	23	1.97
27439001--27439656	158	4.2	157	77	3	555	19	27	30	22	1.98
27440327--27440379	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27440484--27440786	159	1.9	161	86	2	441	17	29	32	20	1.96
27440509--27440848	159	2.1	160	83	3	409	20	28	30	20	1.97
27441186--27441238	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27440881--27441240	196	1.8	197	85	3	510	23	24	26	25	2.00
27441308--27441333	11	2.4	11	100	0	52	19	38	30	11	1.87
27442117--27442169	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
27443822--27443873	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
27444201--27444253	26	2.0	26	86	13	74	28	26	16	28	1.97
27444227--27444569	159	2.2	158	79	5	379	19	26	30	24	1.98
27445041--27445093	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
27445571--27445623	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27445644--27445952	171	1.8	169	80	6	374	19	28	29	22	1.98
27445824--27446443	159	3.8	159	74	9	405	19	26	29	24	1.98
27445833--27446444	318	1.9	331	81	6	768	19	26	29	24	1.98
27446415--27446470	28	2.0	28	86	10	80	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27446657--27446698	21	2.0	21	95	0	75	19	26	40	14	1.89
27446822--27447247	159	2.7	159	77	8	370	18	28	31	21	1.97
27446953--27447318	159	2.3	159	78	5	373	19	27	29	24	1.98
27447267--27447684	184	2.3	183	79	4	466	18	24	30	26	1.98
27447571--27448002	159	2.7	156	78	8	408	18	26	29	24	1.98
27446694--27448185	685	2.2	693	82	4	1816	19	26	29	23	1.98
27447975--27448027	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27448655--27449006	158	2.2	158	80	6	365	20	26	27	25	1.99
27447342--27449223	502	3.7	502	79	6	1845	20	26	29	23	1.99
27448514--27449006	159	3.1	155	73	11	415	21	27	27	23	1.99
27448884--27449578	367	1.9	354	80	6	806	21	27	27	23	1.99
27449390--27449884	158	3.1	158	77	4	530	19	27	29	24	1.98
27449858--27449910	26	2.0	26	82	7	63	24	22	20	32	1.98
27448470--27450454	868	2.3	870	82	3	2374	21	27	28	23	1.99
27450238--27450290	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
27450929--27450981	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27450955--27451625	160	4.2	159	76	7	505	20	27	29	22	1.98
27451683--27452287	158	3.8	157	77	5	572	18	26	30	23	1.98
27452263--27452321	21	2.5	26	84	15	83	23	18	23	33	1.97
27453001--27453053	26	2.0	26	85	0	70	24	20	24	30	1.99
27453127--27453455	158	2.1	159	85	1	437	17	30	31	19	1.96
27453192--27453527	159	2.1	158	82	4	401	20	28	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27453660--27453712	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27453856--27453908	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27454783--27454835	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27455119--27455713	185	3.2	185	82	5	649	22	26	27	24	2.00
27455465--27455516	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
27456063--27456115	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
27456130--27456420	159	1.8	158	82	3	370	19	27	30	23	1.98
27456311--27456613	159	1.9	159	79	5	344	21	26	28	23	1.99
27456905--27456957	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
27456932--27457443	158	3.2	158	78	7	431	19	26	30	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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