genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.341.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  341  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31362033--31362534	159	3.2	156	76	5	463	22	28	28	20	1.99
31363254--31363670	159	2.6	157	79	3	449	25	29	27	17	1.97
31363742--31363794	26	2.0	26	96	0	97	32	20	20	26	1.98
31363571--31364096	196	2.7	196	85	1	678	22	29	27	19	1.98
31363938--31363990	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
31363964--31364327	158	2.3	158	79	4	383	23	28	27	20	1.99
31364438--31364489	25	2.0	26	88	3	79	26	19	26	26	1.99
31364528--31364553	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
31364646--31364698	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31363230--31364930	709	2.4	703	81	5	1878	23	28	27	20	1.99
31365916--31366401	159	3.1	157	79	3	517	23	31	26	19	1.98
31366377--31366426	26	1.9	26	88	8	75	28	18	26	28	1.98
31367055--31367129	37	2.0	37	100	0	150	24	44	24	8	1.80
31373032--31373084	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
31373608--31373659	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
31374111--31374162	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
31375356--31375411	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
31375723--31375775	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
31377113--31377164	26	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
31377138--31377443	159	1.9	159	79	2	337	23	31	25	19	1.98
31377613--31377664	25	2.0	26	85	3	70	25	19	28	26	1.98
31378312--31378364	12	4.4	12	80	0	61	15	41	18	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31378312--31378364	24	2.2	24	96	0	97	15	41	18	24	1.89
31378412--31378913	158	3.2	155	75	8	465	21	29	27	21	1.99
31378570--31379260	355	2.0	343	79	6	753	23	28	26	22	1.99
31379349--31379648	159	1.9	158	82	3	379	22	29	28	19	1.98
31379686--31379738	26	2.0	26	85	7	72	24	22	24	28	2.00
31380503--31380555	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
31380883--31380935	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
31379979--31381941	722	2.7	719	79	5	2062	24	28	25	21	1.99
31381605--31381657	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
31382104--31382156	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31382659--31382711	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31381798--31382904	553	2.0	553	85	3	1519	25	26	26	22	2.00
31383552--31383604	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31383932--31383984	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31383957--31384562	159	3.8	158	76	3	484	22	29	27	20	1.98
31384592--31384643	26	2.0	26	88	7	79	28	13	26	30	1.94
31385897--31385949	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
31386265--31386316	26	2.0	26	88	7	79	32	19	21	26	1.97
31386733--31386785	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31386759--31387719	157	6.2	158	75	9	783	22	30	26	20	1.98
31387230--31387282	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
31387319--31387719	159	2.5	159	81	4	479	22	31	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31393873--31393925	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
31395262--31395314	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
31397198--31397250	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31398235--31398287	26	2.0	26	82	7	63	26	15	26	32	1.95
31398640--31399138	157	3.2	156	77	10	487	21	30	28	19	1.97
31399112--31399164	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31407092--31407144	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
31407800--31407871	26	2.8	26	91	4	101	36	18	20	25	1.95
31407815--31407878	26	2.5	26	94	0	101	35	18	18	26	1.94
31408380--31408431	26	2.0	26	88	7	79	28	19	23	28	1.98
31409617--31410069	159	2.9	157	78	5	457	24	30	27	18	1.97
31410105--31410157	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31409934--31410461	196	2.7	194	83	3	619	22	29	27	19	1.98
31410301--31410353	26	2.0	26	85	7	72	30	16	22	30	1.96
31411018--31411070	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31409593--31411257	717	2.3	704	80	7	1771	23	28	27	19	1.99
31411284--31411335	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
31411014--31411506	266	1.9	266	86	2	722	25	26	26	21	1.99
31411787--31411838	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
31413032--31413087	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
31413400--31413452	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
31412695--31414764	873	2.4	852	79	7	2018	22	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31415302--31415353	25	2.0	26	85	3	70	25	19	28	26	1.98
31415697--31415746	26	1.9	26	92	8	84	32	16	24	28	1.96
31416079--31416578	158	3.2	158	76	5	409	22	30	26	20	1.98
31417350--31417402	26	2.0	26	85	7	72	24	22	24	28	2.00
31418167--31418219	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
31418546--31418598	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31418572--31418895	158	2.1	159	81	4	370	24	28	26	21	1.99
31419268--31419320	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
31417643--31419550	721	2.7	712	80	5	2080	24	28	25	21	1.99
31419767--31419819	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31420322--31420374	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31419460--31420567	554	2.0	554	85	3	1512	24	26	26	22	2.00
31421058--31421346	159	1.8	159	83	0	389	22	31	28	17	1.97
31421778--31421830	26	2.0	26	85	7	72	33	20	18	26	1.96
31421804--31422459	157	4.2	159	81	5	659	25	28	25	21	1.99
31422435--31422487	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31423146--31423198	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31423551--31424138	159	3.7	159	76	5	474	22	29	28	19	1.98
31424186--31424238	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
31424858--31424917	26	2.3	26	91	0	93	23	16	30	30	1.96
31425208--31425260	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31425443--31425910	159	3.0	157	77	5	433	24	30	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31425918--31425970	26	2.0	26	96	0	97	26	15	26	32	1.95
31426299--31426350	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
31426449--31426692	125	1.9	126	82	2	303	26	30	26	17	1.97
31426767--31426818	25	2.0	25	88	3	77	25	19	26	28	1.98
31426792--31427755	158	6.2	156	75	10	751	22	29	26	21	1.99
31427267--31427319	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
31427362--31427755	159	2.5	159	82	4	490	22	31	24	21	1.98
31426893--31427812	463	2.0	463	84	3	1219	22	30	25	21	1.99
31438334--31438386	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31439384--31439441	26	2.2	27	84	3	73	25	17	25	31	1.97
31439593--31439644	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
31439619--31439954	158	2.1	158	81	4	383	23	27	27	22	1.99
31440654--31441317	159	4.2	157	75	6	550	25	30	25	18	1.98
31440657--31441253	317	1.9	317	83	6	789	25	30	25	17	1.97
31441293--31441343	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
31441659--31441711	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
31445209--31445615	159	2.6	159	77	4	363	24	29	27	18	1.98
31446954--31447005	26	2.0	27	88	3	79	32	21	23	23	1.98
31447129--31447181	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31447338--31447390	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31447831--31447890	26	2.4	26	88	5	88	26	20	26	26	1.99
31448213--31448269	26	2.3	25	85	11	73	29	19	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31448687--31448739	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
31449066--31449118	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31449250--31449302	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
31449602--31449654	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
31449091--31449915	352	2.3	354	78	6	818	25	28	26	19	1.99
31450450--31450502	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31450857--31451293	159	2.8	157	79	4	450	24	29	26	19	1.98
31452393--31452445	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
31452890--31452942	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31454622--31454978	197	1.8	197	80	3	441	24	26	27	21	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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