genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  201  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21115103--21115155	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
21115973--21116024	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
21123389--21124050	159	4.2	160	80	5	711	24	31	26	17	1.97
21123378--21123964	317	1.9	317	86	0	843	24	30	27	17	1.97
21123378--21124050	317	2.1	317	83	3	818	24	30	26	17	1.97
21123389--21124139	159	4.7	158	79	5	451	23	30	27	18	1.98
21124552--21124604	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21124577--21125070	159	3.1	157	80	4	546	22	29	27	20	1.98
21132567--21132622	26	2.2	25	85	14	80	26	19	25	28	1.99
21132951--21133003	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21133046--21133413	159	2.3	156	79	4	364	22	29	29	18	1.97
21134139--21134191	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
21134164--21134612	159	2.8	158	76	9	452	22	29	27	19	1.98
21134638--21134690	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
21134999--21135057	26	2.3	26	83	11	70	28	18	22	30	1.97
21135506--21135558	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
21135789--21135817	12	2.4	12	100	0	58	6	24	27	41	1.80
21135879--21136287	158	2.6	154	75	11	384	23	28	28	19	1.98
21135879--21136306	159	2.7	153	75	12	377	23	28	28	19	1.98
21137229--21137279	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21136910--21138144	342	3.6	341	94	1	2048	24	27	27	21	1.99
21137571--21137621	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21137913--21137963	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21138204--21138256	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21138584--21138636	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21139958--21140010	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21139985--21140448	159	2.9	155	78	4	482	23	29	27	18	1.98
21141163--21141213	26	2.0	26	84	7	68	31	11	27	29	1.92
21141189--21141636	159	2.8	158	77	6	471	22	30	27	19	1.98
21141189--21141688	159	3.2	157	76	7	458	22	29	26	20	1.99
21141662--21141714	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
21142023--21142081	26	2.3	26	83	11	70	28	20	20	30	1.97
21142530--21142582	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
21142813--21142841	12	2.4	12	100	0	58	6	24	27	41	1.80
21142903--21143306	159	2.5	156	77	9	406	22	28	28	19	1.98
21143747--21143799	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
21142825--21144541	867	2.0	855	81	4	2000	23	28	27	21	1.99
21144246--21144296	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21143930--21144820	342	2.6	342	92	0	1471	24	27	27	21	1.99
21144588--21144638	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21144880--21144932	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21145260--21145312	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21146479--21146531	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21146961--21147013	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21146986--21147353	170	2.2	169	80	5	411	23	30	26	19	1.98
21147327--21147379	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21147353--21147854	158	3.2	156	74	6	445	23	28	26	21	1.99
21147828--21147880	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21148666--21148718	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21149013--21149065	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21149513--21149565	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21149723--21149775	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21149748--21150250	158	3.2	158	77	3	465	23	31	27	18	1.97
21150224--21150302	26	3.0	26	94	0	140	26	20	26	26	1.99
21150630--21150682	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
21151131--21151183	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21152134--21152191	26	2.2	27	87	3	82	25	18	25	29	1.98
21152329--21152381	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
21153197--21153249	26	2.0	26	92	0	88	30	18	22	28	1.98
21152513--21153312	355	2.3	343	75	10	766	24	26	27	21	1.99
21153226--21153583	157	2.3	156	80	4	378	23	30	27	18	1.98
21154418--21154470	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21154761--21154811	26	2.0	26	88	0	75	23	17	27	31	1.97
21155171--21155599	159	2.7	159	76	5	382	24	30	27	17	1.97
21155646--21155698	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21156061--21156583	159	3.3	158	77	5	518	23	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21154444--21156554	885	2.4	879	81	3	2472	23	29	27	19	1.98
21157077--21157129	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21157629--21157681	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
21158484--21158536	26	2.0	26	88	0	79	20	20	32	26	1.98
21158522--21158838	172	1.9	172	80	4	381	23	30	25	19	1.98
21158509--21158881	170	2.2	172	78	5	398	23	28	26	20	1.99
21164116--21164168	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21164997--21165048	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
21165713--21165765	26	2.0	26	82	13	65	30	20	20	28	1.98
21166055--21166107	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21167486--21167537	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
21167779--21168368	158	3.7	158	77	6	534	23	27	26	22	1.99
21169077--21169129	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21169578--21169630	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
21169738--21170278	158	3.4	157	74	6	441	22	29	26	21	1.99
21170594--21170646	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21169935--21171025	343	3.2	339	81	5	1001	23	28	26	21	1.99
21179563--21179632	26	2.7	26	100	0	140	30	20	24	25	1.99
21180154--21180206	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21180183--21180597	159	2.6	158	77	4	406	26	28	26	18	1.98
21181376--21181428	26	2.0	26	96	0	97	28	16	22	32	1.96
21181401--21181815	159	2.6	158	78	5	426	24	28	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21182244--21182296	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
21183137--21183189	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21182269--21184587	698	3.3	693	81	4	2400	23	28	26	21	1.99
21183358--21183861	159	3.2	158	75	9	441	23	29	26	20	1.99
21183835--21183887	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21184030--21184082	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
21184522--21184574	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
21184914--21184945	11	2.9	11	90	0	55	21	37	21	18	1.94
21185301--21185353	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21185520--21185907	185	2.1	183	82	4	467	26	27	24	21	2.00
21187729--21187781	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21188039--21188089	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
21188272--21188683	159	2.6	159	76	6	404	25	30	26	16	1.97
21188741--21188791	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
21189380--21189430	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
21190601--21190653	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21190983--21191035	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
21192220--21192666	159	2.8	157	79	4	486	22	31	28	17	1.96
21192888--21193256	158	2.3	158	78	4	402	24	30	25	19	1.98
21192888--21193324	159	2.8	159	77	4	454	24	29	26	19	1.99
21194117--21194424	159	1.9	159	79	6	347	25	28	25	20	1.99
21195047--21195099	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21196273--21196325	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21196777--21196829	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21197164--21197216	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
21197898--21197950	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21197923--21198367	159	2.8	156	81	5	509	24	30	27	17	1.97
21198434--21198864	158	2.7	158	77	6	419	26	30	25	17	1.98
21199356--21199407	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
21200245--21200296	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
21200583--21200635	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
21201306--21201358	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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