genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  145  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17013145--17013921	159	4.7	167	74	10	591	21	31	26	19	1.98
17013947--17013999	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
17014289--17014658	184	2.0	184	81	2	429	25	27	26	21	1.99
17014474--17014967	158	3.1	158	77	6	496	23	29	27	19	1.98
17014949--17015001	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
17013277--17015038	501	3.5	498	78	5	1739	23	29	26	20	1.99
17015626--17017098	157	9.2	158	75	9	1093	22	29	27	19	1.98
17015784--17017098	486	2.7	484	83	3	1613	22	29	27	19	1.98
17015625--17017091	643	2.3	636	79	6	1496	22	29	27	19	1.98
17016795--17017091	159	1.9	159	83	1	389	22	28	28	19	1.98
17017072--17017124	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
17017491--17017543	26	2.0	26	85	7	72	33	15	20	30	1.93
17017675--17017727	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
17017489--17017829	184	1.9	184	82	3	436	26	27	25	20	1.99
17018107--17018593	154	3.2	150	80	9	574	21	30	29	18	1.97
17018567--17018619	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17018592--17018974	151	2.6	150	82	9	462	21	31	29	16	1.96
17019048--17019100	26	2.0	26	82	7	63	28	20	24	26	1.99
17018054--17019158	481	2.3	482	86	5	1519	21	30	28	19	1.97
17025606--17025633	11	2.5	11	100	0	56	17	32	25	25	1.97
17026209--17026260	25	2.0	26	88	3	79	26	21	23	28	1.99
17026050--17026597	185	3.0	184	79	5	471	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17026895--17026947	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
17027970--17028020	26	2.0	26	96	0	93	27	15	25	31	1.96
17028690--17028745	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
17028898--17029366	159	3.0	157	76	7	446	24	31	25	18	1.97
17031797--17031849	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
17032247--17032299	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17038917--17039420	159	3.2	158	79	6	527	25	31	25	17	1.97
17039394--17039446	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17039737--17039789	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17039076--17040398	343	3.8	338	77	5	1116	24	29	26	19	1.98
17040117--17040544	159	2.7	156	73	4	383	24	30	26	18	1.98
17040593--17040645	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
17041815--17041867	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17042181--17042230	26	1.9	26	92	8	84	30	16	26	28	1.96
17043585--17043636	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
17043209--17043913	377	1.9	376	84	5	942	22	28	26	21	1.99
17043609--17044071	159	2.9	159	78	4	443	21	29	28	19	1.98
17049825--17049877	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
17051461--17051486	10	2.6	10	100	0	52	26	7	7	57	1.54
17053746--17053798	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
17053930--17053982	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17054067--17054151	44	1.9	44	95	0	152	32	5	27	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17054352--17054381	11	2.7	11	94	0	51	13	40	30	16	1.87
17054480--17054982	159	3.2	158	75	5	359	24	29	26	20	1.99
17054956--17055008	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17055153--17055205	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
17054925--17055306	197	1.9	196	85	3	518	22	28	26	21	1.99
17055179--17055680	158	3.2	155	74	9	435	22	29	27	20	1.98
17055654--17055706	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17056036--17056088	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
17054994--17056617	882	1.8	881	84	4	2191	22	28	27	20	1.99
17057248--17057300	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
17057798--17058259	158	2.9	157	80	4	493	22	30	28	19	1.98
17058273--17058324	26	2.0	26	84	0	68	26	17	26	28	1.97
17058279--17058332	26	2.0	26	82	3	63	25	18	27	27	1.98
17059852--17059904	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
17063001--17063053	26	2.0	26	82	7	63	26	22	22	28	1.99
17063810--17063860	26	2.0	26	100	0	102	31	17	23	27	1.97
17063838--17064287	159	2.8	158	74	6	410	23	28	28	19	1.98
17065541--17065599	26	2.3	26	77	11	70	27	16	25	30	1.97
17065928--17065980	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
17066217--17066905	368	1.9	361	80	9	804	22	29	28	20	1.98
17067539--17067969	159	2.7	158	81	3	517	22	30	28	18	1.97
17068014--17068066	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17067855--17068216	184	2.0	184	83	1	465	23	27	27	21	1.99
17068520--17068571	25	2.0	26	89	10	81	30	19	23	26	1.98
17068545--17069045	158	3.2	157	79	6	521	21	30	28	19	1.98
17069019--17069071	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
17069753--17069805	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17070919--17070971	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17072834--17072886	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17079450--17079502	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17079645--17079696	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99
17080023--17080075	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
17080048--17080487	159	2.8	158	76	11	423	22	29	28	18	1.98
17080524--17080576	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
17081243--17081578	150	2.2	155	79	9	375	24	30	25	19	1.98
17081552--17081604	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17081780--17082267	159	3.1	155	75	7	469	22	28	28	20	1.98
17083524--17083574	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
17083549--17083914	159	2.3	159	79	7	395	23	29	26	19	1.98
17084339--17084378	12	3.3	12	92	0	62	5	32	27	35	1.79
17084348--17084382	12	2.9	12	95	0	61	5	34	25	34	1.80
17084404--17084455	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
17085001--17085053	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
17085190--17085239	26	1.9	26	95	0	91	30	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17085218--17085721	159	3.2	159	76	6	430	23	32	25	17	1.97
17086047--17086099	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
17086522--17086574	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
17087585--17087637	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
17087704--17088061	159	2.3	157	82	2	430	20	31	29	17	1.96
17088135--17088479	159	2.2	158	84	3	435	20	29	29	20	1.98
17088453--17088505	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
17087781--17088602	354	2.4	348	85	3	1104	21	29	29	19	1.97
17088650--17088702	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
17089152--17089203	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
17089361--17089968	170	3.7	166	75	9	554	21	30	28	18	1.97
17089500--17089980	158	3.0	156	80	1	530	21	31	28	18	1.97
17089510--17089961	159	2.8	158	80	2	505	22	31	28	17	1.97
17090728--17090779	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
17091070--17091121	26	2.0	26	88	0	77	32	17	23	26	1.96
17091248--17091748	159	3.2	157	78	5	510	21	29	28	20	1.98
17091721--17091778	26	2.2	26	100	0	116	12	43	22	22	1.86
17091782--17091834	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
17092532--17093021	159	3.1	156	80	6	515	22	30	28	19	1.98
17093003--17093055	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
17093570--17093934	183	2.0	184	83	3	468	23	27	27	20	1.99
17093756--17094218	159	2.9	157	81	4	529	22	31	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17094225--17094277	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
17094591--17094643	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17093908--17094873	354	2.8	342	79	7	1026	23	28	27	20	1.99
17094617--17095060	159	2.8	156	80	4	480	22	30	27	18	1.98
17093529--17095195	867	1.9	854	83	3	2137	22	29	27	20	1.99
17095981--17096060	26	3.1	26	88	0	115	26	17	27	28	1.98
17096949--17097001	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17096974--17097345	171	2.2	170	80	6	412	22	30	26	19	1.98
17097318--17097371	26	2.1	26	89	6	83	31	20	22	25	1.98
17096791--17101272	355	12.7	353	71	15	2152	23	29	26	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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