genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  191  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20373346--20373999	342	1.9	342	86	1	927	20	28	29	21	1.98
20373973--20374025	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20373999--20374503	159	3.2	160	77	7	454	19	27	30	22	1.98
20377958--20378336	159	2.4	159	79	7	430	20	26	29	23	1.99
20378310--20378362	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20378506--20378558	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
20378201--20378727	196	2.7	195	85	3	686	20	26	28	24	1.99
20378935--20379559	158	3.9	157	75	7	453	20	28	28	22	1.98
20379532--20379584	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
20380269--20380761	158	3.1	158	76	6	485	19	25	30	23	1.98
20380744--20380794	26	2.0	26	88	7	77	25	27	17	29	1.98
20380872--20380901	11	2.7	11	94	0	51	20	23	36	20	1.95
20381490--20381542	26	2.0	26	85	0	70	28	28	20	22	1.99
20381516--20382019	159	3.2	158	79	5	493	18	27	31	23	1.97
20381991--20382043	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
20382514--20382565	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
20382995--20383047	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
20383729--20383781	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20383755--20384257	159	3.2	156	76	5	474	18	26	30	24	1.98
20384231--20384283	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
20385095--20385147	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20386814--20386865	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20386839--20387178	159	2.1	158	83	7	415	18	29	30	21	1.97
20387156--20387208	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20387917--20388219	159	1.9	158	85	3	412	17	27	32	22	1.97
20388915--20388967	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
20389081--20389471	158	2.5	157	78	4	392	21	25	29	23	1.99
20389707--20389732	13	2.0	13	100	0	52	0	38	30	30	1.58
20390482--20390534	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
20390824--20390876	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
20391520--20391572	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20391734--20392112	156	2.4	156	79	3	393	20	26	29	24	1.99
20392085--20392137	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20392808--20392860	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20393308--20393358	25	2.0	25	92	7	86	27	23	19	29	1.98
20393367--20393959	159	3.5	167	74	10	516	19	27	31	21	1.98
20394015--20394067	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
20394041--20394542	159	3.2	159	77	7	448	19	26	29	24	1.98
20394518--20394568	26	2.0	26	84	7	68	33	25	13	27	1.94
20395265--20395757	159	3.1	159	76	6	392	19	26	30	23	1.98
20395328--20395768	159	2.8	157	77	7	453	18	26	30	24	1.98
20395741--20395818	26	3.0	26	88	5	106	25	21	20	32	1.98
20396672--20396724	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
20396586--20397630	368	2.9	352	81	7	1100	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20397433--20397935	158	3.2	159	74	7	443	19	27	29	23	1.98
20397907--20397959	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20398630--20398682	26	2.0	26	81	0	61	30	24	18	26	1.98
20398688--20399157	158	3.0	159	73	4	349	20	27	30	22	1.98
20399836--20399887	25	2.0	26	85	3	70	28	23	19	28	1.98
20400333--20400401	26	2.7	26	93	0	120	24	21	24	28	1.99
20401073--20401125	26	2.0	26	88	0	79	26	22	22	28	1.99
20401572--20401624	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
20401963--20402015	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20401549--20402567	378	2.7	367	79	8	946	19	25	30	24	1.98
20402329--20402381	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20402825--20402876	26	2.0	25	92	3	86	28	25	17	28	1.97
20403028--20403078	26	1.9	27	92	4	86	23	29	19	27	1.98
20403736--20403787	26	2.0	26	85	7	70	28	28	15	26	1.96
20402310--20403830	703	2.2	704	83	1	1877	21	26	28	24	1.99
20404803--20404855	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20405513--20405563	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
20406380--20406432	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20406406--20406901	159	3.2	157	76	7	438	18	23	31	25	1.98
20406875--20406927	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20407405--20407456	26	2.0	26	88	7	79	26	25	17	30	1.97
20408129--20408179	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20408259--20409276	159	6.4	157	73	6	541	20	28	28	22	1.99
20409249--20409301	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20409698--20409750	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
20410484--20410536	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20410938--20411694	159	4.7	159	77	6	618	18	29	29	21	1.97
20411667--20411719	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20412151--20412203	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
20412508--20412557	26	1.9	26	92	8	84	24	22	20	34	1.97
20412732--20413146	157	2.6	156	77	6	451	20	28	28	22	1.99
20413264--20413316	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20413760--20413812	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20413852--20414147	159	1.9	159	86	1	432	19	27	32	20	1.97
20414312--20414364	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
20414377--20414705	171	1.9	169	85	2	453	19	28	32	19	1.96
20414678--20414730	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
20415019--20415068	26	1.9	26	92	8	84	28	24	16	32	1.96
20415411--20415463	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
20417866--20417918	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
20418578--20418630	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
20418711--20419425	159	4.5	158	77	8	655	18	26	30	24	1.98
20418604--20419426	317	2.6	316	85	3	1071	19	26	30	24	1.98
20419779--20419831	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20420122--20420174	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
20419728--20420491	343	2.2	343	86	0	1026	18	28	29	23	1.98
20420148--20420648	159	3.2	157	77	4	533	17	27	30	23	1.97
20421345--20421397	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
20421371--20421861	159	3.1	158	77	3	558	17	27	32	23	1.96
20422225--20422277	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
20422568--20422618	26	2.0	26	92	7	86	25	25	19	29	1.99
20422210--20422937	343	2.1	342	82	2	859	20	27	28	23	1.99
20422725--20423095	157	2.4	157	79	4	406	18	27	29	24	1.98
20422594--20423094	159	3.2	157	76	5	474	19	27	29	23	1.98
20423068--20423120	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20423962--20424014	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
20424022--20424849	159	5.2	157	76	7	574	18	27	31	22	1.97
20424022--20424849	158	5.2	159	76	6	521	18	27	31	22	1.97
20424584--20424988	171	2.4	171	76	4	413	19	24	30	24	1.98
20424944--20425062	58	2.1	58	91	0	193	24	20	21	33	1.97
20425793--20425845	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
20432549--20432601	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20433299--20433789	159	3.1	156	76	7	481	20	26	29	23	1.99
20434058--20434372	171	1.8	171	82	2	400	22	26	27	22	1.99
20434484--20434536	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
20434851--20434903	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20435193--20435245	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20434450--20435442	354	2.8	353	79	9	975	21	26	28	23	1.99
20435281--20435732	159	2.8	158	75	4	424	21	27	28	23	1.99
20435975--20436280	159	1.9	158	82	2	380	19	25	30	24	1.98
20436259--20436326	25	2.7	25	95	0	118	27	23	20	27	1.99
20437005--20437057	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20437031--20437523	159	3.1	158	75	7	476	21	27	28	22	1.99
20437716--20437768	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
20438059--20438109	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
20437254--20438662	550	2.6	547	83	2	1649	20	27	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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