genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  267  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25892025--25892075	26	2.0	26	84	0	66	25	11	29	33	1.91
25892747--25892798	26	2.0	26	84	0	68	28	17	23	30	1.97
25892772--25893209	159	2.8	158	77	5	422	22	30	29	17	1.97
25893247--25893299	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25893602--25893654	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25896800--25897240	159	2.8	158	80	4	485	23	29	29	17	1.97
25897645--25897697	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
25898700--25898751	26	2.0	26	92	0	86	23	19	30	26	1.98
25898330--25898994	355	1.8	355	84	6	901	22	27	28	21	1.99
25898895--25899204	158	2.0	158	84	2	408	21	30	28	20	1.98
25899578--25899628	26	2.0	26	96	0	93	31	19	21	27	1.97
25900826--25900876	26	2.0	26	92	0	84	25	21	29	23	1.99
25901170--25901219	26	1.9	26	88	8	75	26	14	30	30	1.94
25903073--25903125	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25903440--25903492	26	2.0	26	86	13	74	26	24	24	24	2.00
25903298--25903651	184	1.9	184	83	2	451	24	29	24	20	1.99
25903941--25903993	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25903967--25904675	341	2.1	341	81	3	818	24	28	25	21	1.99
25905520--25905572	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25905297--25905971	368	1.8	368	87	1	978	22	30	26	20	1.98
25907132--25907183	26	2.0	26	88	3	79	26	17	25	30	1.97
25907498--25907550	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25906950--25909398	367	6.8	367	76	7	1891	23	28	26	21	1.99
25908929--25908977	25	2.0	25	91	0	80	30	16	24	28	1.96
25909295--25909347	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25910059--25910190	69	1.9	69	88	0	201	31	31	26	11	1.91
25910429--25910506	26	3.0	25	96	3	138	24	20	28	26	1.99
25910583--25910630	24	2.1	24	85	11	66	16	41	18	22	1.90
25910809--25910861	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
25911292--25911333	21	2.0	21	81	9	50	7	38	23	30	1.82
25911517--25911568	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
25913505--25913991	159	3.1	156	77	5	483	23	29	27	19	1.98
25913972--25914024	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25914338--25914390	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25915086--25915516	159	2.7	157	76	6	411	24	31	27	17	1.97
25915931--25915983	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25916560--25916600	11	3.9	11	87	12	59	17	31	29	21	1.96
25916561--25916600	20	2.0	21	90	5	64	17	30	30	22	1.97
25922864--25922916	26	2.0	26	88	0	79	26	22	28	22	1.99
25923222--25923274	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
25924690--25924742	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25925951--25926002	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
25926147--25926199	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
25925951--25926315	197	1.8	198	82	2	475	24	27	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25926482--25926534	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25926052--25926714	335	2.0	335	83	4	845	22	29	26	21	1.99
25926478--25927668	368	3.2	363	82	2	1382	23	28	27	21	1.99
25927218--25927270	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
25927586--25927636	26	2.0	26	88	7	77	25	11	31	31	1.92
25927782--25927834	26	2.0	26	85	7	72	24	18	30	26	1.98
25927521--25928053	196	2.7	197	85	1	685	25	28	25	21	1.99
25927978--25928030	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
25929693--25929725	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
25929794--25929846	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25930295--25930347	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25930662--25930712	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
25931897--25931948	25	2.0	25	88	3	77	28	21	23	26	1.99
25932252--25932330	26	3.0	26	88	3	115	25	18	27	27	1.98
25934209--25934261	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25935417--25935468	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
25935257--25936081	355	2.3	358	80	5	914	24	29	26	19	1.98
25936593--25936629	11	3.4	11	92	0	65	21	24	27	27	1.99
25936984--25937036	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25937339--25937391	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25938025--25938076	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
25939019--25939043	11	2.3	11	100	0	50	16	32	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25940452--25940752	158	1.9	158	79	7	342	23	31	26	18	1.97
25942180--25942230	25	2.0	26	84	3	68	29	21	23	25	1.99
25942534--25942586	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25942902--25942954	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25943809--25943861	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25943623--25943963	184	1.8	185	83	5	458	23	27	27	21	1.99
25946092--25946594	159	3.2	159	74	5	352	22	28	27	21	1.99
25946568--25946646	26	3.0	25	87	7	113	26	20	25	27	1.99
25946791--25946843	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
25947159--25947211	26	2.0	26	96	0	97	28	16	26	28	1.97
25947791--25947815	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
25947916--25948318	158	2.5	157	79	7	449	23	29	28	17	1.97
25948403--25948455	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
25949111--25949163	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
25949136--25949575	159	2.8	158	76	7	401	22	30	28	18	1.97
25950618--25950669	26	2.0	26	84	0	68	26	19	26	26	1.99
25950431--25951792	368	3.8	359	79	7	1227	23	29	26	20	1.99
25951354--25951406	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
25952209--25952310	26	3.9	26	94	2	170	24	20	26	28	1.99
25952829--25952861	11	3.0	11	90	0	57	12	36	33	18	1.88
25953423--25953475	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25953788--25953840	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25957415--25957465	26	2.0	26	84	7	68	29	17	23	29	1.97
25957441--25958817	685	2.0	685	84	3	1786	23	30	26	19	1.98
25958991--25959024	15	2.4	14	90	5	50	41	0	2	55	1.15
25960121--25960172	26	2.0	26	88	7	79	26	19	26	26	1.99
25960304--25960354	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
25960672--25960724	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25961577--25961632	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
25961881--25961932	26	2.0	26	85	7	70	28	13	26	30	1.94
25963481--25963536	26	2.2	26	83	0	67	26	17	23	32	1.97
25963835--25963887	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
25964336--25964414	26	3.0	25	88	3	113	25	20	26	27	1.99
25964559--25964611	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
25964927--25964979	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
25965559--25965583	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
25965674--25966086	158	2.6	158	78	5	447	23	30	27	18	1.98
25966171--25966223	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
25966878--25966930	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
25966903--25967349	159	2.8	159	77	5	440	22	31	28	18	1.97
25967379--25967431	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
25967747--25967799	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
25968471--25968526	26	2.2	26	87	6	78	26	17	25	30	1.97
25968496--25968900	159	2.5	159	79	3	467	23	28	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25968966--25969024	26	2.3	26	88	5	86	27	18	25	28	1.98
25969326--25969378	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25969646--25969698	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
25970001--25970053	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25968812--25970444	675	2.4	674	94	0	2770	24	29	26	19	1.98
25971051--25971505	158	2.9	156	76	4	428	24	32	26	16	1.96
25971884--25971936	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25972629--25973035	159	2.6	157	81	3	451	25	29	27	17	1.97
25973103--25973155	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
25972787--25973582	355	2.3	354	81	6	892	23	28	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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