genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  199  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20982868--20983254	159	2.4	157	80	3	425	21	27	28	21	1.99
20983710--20983761	26	2.0	26	88	7	79	25	26	21	26	1.99
20984130--20984182	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20984339--20984391	26	2.0	26	92	7	90	24	30	20	24	1.99
20984831--20984883	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
20985213--20985263	26	2.0	26	92	0	84	27	25	21	25	1.99
20986804--20986856	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20986830--20987330	159	3.2	155	78	7	569	18	27	31	22	1.97
20988024--20988076	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
20988904--20988956	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
20987337--20989114	880	2.0	877	89	2	2726	24	23	24	26	2.00
20989075--20989589	158	3.3	159	75	8	460	19	25	30	23	1.98
20988930--20989431	159	3.2	158	76	7	498	18	26	31	23	1.98
20988994--20989589	159	3.8	159	75	6	476	18	27	30	23	1.98
20988930--20989511	317	1.8	317	84	2	794	18	26	32	22	1.97
20990103--20990572	159	3.0	155	75	7	439	21	27	29	21	1.99
20990555--20990606	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
20990405--20991157	184	4.0	184	73	11	530	20	28	28	23	1.99
20990738--20990790	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
20990946--20990998	26	2.0	26	85	7	72	32	26	18	22	1.97
20991288--20991340	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20992004--20992056	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20992030--20992520	159	3.1	156	77	6	522	17	27	31	23	1.97
20992884--20992933	25	2.0	26	92	4	84	22	26	24	28	1.99
20993079--20993131	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20999777--21000523	159	4.5	160	72	11	471	18	27	30	23	1.97
21000063--21000743	343	2.0	343	82	4	829	19	27	30	22	1.98
21000998--21001050	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20999627--21001879	853	2.7	834	78	7	2041	20	26	29	23	1.99
21001024--21003632	671	3.9	671	81	4	2808	20	26	29	23	1.99
21002049--21002402	158	2.2	158	76	7	367	20	27	29	23	1.99
21002337--21002708	171	2.3	164	81	8	429	17	26	31	24	1.97
21002694--21002746	26	2.0	26	82	7	63	30	24	16	28	1.97
21003812--21003862	26	2.0	26	88	7	77	31	25	13	29	1.94
21004534--21004586	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
21004560--21005386	157	5.2	155	73	10	409	20	28	28	22	1.99
21005696--21005748	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
21006063--21006115	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
21006699--21006750	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
21007073--21007125	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21007574--21007626	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
21008287--21008339	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21008368--21009028	171	3.8	170	73	9	501	19	27	30	22	1.98
21008812--21008864	26	2.0	26	85	7	72	30	28	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21008838--21009221	159	2.4	158	75	5	407	20	25	30	23	1.99
21009271--21009323	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21009966--21010018	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21016550--21017054	158	3.2	158	75	5	448	19	27	29	23	1.98
21017028--21017080	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21017749--21017801	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
21017915--21018277	158	2.3	158	81	7	432	18	24	31	25	1.98
21018249--21018301	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
21018616--21018668	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
21018064--21018985	367	2.6	342	79	8	895	21	27	28	23	1.99
21018713--21019146	159	2.7	159	77	7	396	18	28	29	22	1.98
21019118--21019170	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21021022--21021074	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21021915--21021968	26	2.1	26	86	6	74	27	25	20	25	1.99
21022980--21023032	26	2.0	26	85	0	70	33	22	15	28	1.94
21023101--21023496	159	2.5	159	79	3	388	17	27	30	24	1.97
21023101--21023542	158	2.8	158	76	5	487	19	27	30	23	1.98
21024164--21024216	26	2.0	26	85	0	70	24	20	18	35	1.95
21025572--21025624	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21025665--21026110	158	2.8	156	81	6	472	19	26	30	23	1.98
21027297--21027349	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
21027677--21027729	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21027743--21028206	159	2.9	158	79	3	493	19	26	31	22	1.98
21028176--21028231	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
21028388--21028440	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
21028731--21028783	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21029453--21029505	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
21029479--21029980	158	3.2	156	73	7	447	19	26	30	22	1.98
21029954--21030006	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
21031196--21031251	26	2.2	26	90	0	85	28	26	19	25	1.99
21029442--21031678	880	2.6	871	82	4	2718	21	26	28	23	1.99
21032190--21032239	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
21032998--21033050	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21033338--21033389	26	2.0	26	85	7	70	25	23	21	30	1.99
21034056--21034108	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21034089--21034423	159	2.1	155	80	6	379	21	25	28	23	1.99
21034776--21034828	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
21035277--21035329	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
21035500--21036038	157	3.4	157	73	10	411	20	25	29	24	1.99
21036211--21036263	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21036395--21036447	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
21037109--21037161	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
21037957--21038008	26	2.0	26	88	0	77	26	26	19	26	1.99
21038458--21038510	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21038654--21038711	25	2.3	25	88	5	82	25	25	22	25	2.00
21038729--21039089	197	1.8	196	82	2	456	21	25	27	24	1.99
21038299--21039241	381	2.5	380	82	3	1121	21	25	28	24	1.99
21039377--21039429	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
21040599--21040651	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21040441--21040810	184	2.0	184	82	3	440	20	27	27	24	1.99
21041106--21041158	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
21041009--21041525	196	2.6	195	85	3	646	21	26	28	23	1.99
21042190--21042260	26	2.7	26	89	4	99	28	21	18	32	1.96
21042405--21042457	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
21043402--21043809	158	2.6	157	81	1	492	18	27	29	24	1.98
21043792--21043861	26	2.7	26	97	0	131	25	25	20	28	1.99
21043634--21044019	211	1.8	210	85	1	549	21	26	27	23	1.99
21044187--21044238	26	2.0	25	88	3	77	25	26	21	26	1.99
21044212--21044598	159	2.4	158	75	5	377	19	26	31	22	1.97
21044689--21044739	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
21045002--21045583	159	3.7	158	83	3	663	16	27	32	23	1.96
21044272--21045851	869	1.8	869	85	2	2240	18	27	30	23	1.98
21045556--21045608	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21046072--21046124	26	2.0	26	89	7	81	32	24	18	24	1.97
21046296--21046751	158	2.9	154	83	7	521	19	25	30	24	1.98
21046727--21046777	26	2.0	26	92	7	86	27	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21047107--21047159	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21047057--21047504	182	2.4	186	84	4	568	20	27	27	23	1.99
21047289--21047341	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
21047087--21047504	189	2.3	182	85	4	534	21	26	27	24	1.99
21047819--21047870	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
21047845--21048210	159	2.3	158	76	6	373	21	25	27	24	1.99
21047911--21048429	159	3.3	158	76	8	379	19	27	28	23	1.98
21048485--21048535	26	2.0	26	92	0	84	27	27	15	29	1.96
21049338--21049390	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21049600--21049897	159	1.9	158	81	3	366	18	26	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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