genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  290  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605667--27605719	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
27605856--27606378	158	3.3	158	78	4	586	21	31	28	19	1.97
27606352--27606404	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27607075--27607127	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
27607100--27607403	159	1.9	158	83	6	391	24	31	27	16	1.96
27607418--27607470	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27607946--27608446	159	3.2	156	75	9	467	23	28	27	21	1.99
27607945--27608307	158	2.3	158	79	7	389	25	28	26	20	1.99
27608420--27608472	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
27608616--27608668	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
27608748--27608800	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27609727--27609779	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27610107--27610557	159	2.8	159	79	5	457	22	30	27	18	1.97
27611315--27611367	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27611658--27611705	26	1.9	26	87	8	73	27	18	25	29	1.98
27612026--27612367	158	2.2	158	79	6	379	22	29	28	19	1.98
27612341--27612393	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
27612707--27612759	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
27613163--27613215	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
27614239--27614294	26	2.2	26	93	0	94	23	21	26	28	1.99
27614449--27614501	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27614475--27614976	158	3.2	155	77	4	477	23	31	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27615145--27615489	160	2.2	159	79	9	373	22	30	28	18	1.97
27615463--27615518	26	2.2	26	90	6	87	28	19	23	28	1.98
27616554--27616606	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27617055--27617107	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27618073--27618125	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27618269--27618321	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
27618452--27618787	159	2.1	158	79	3	352	22	28	27	20	1.99
27618769--27618821	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
27619142--27619194	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
27619384--27619436	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27620036--27620085	25	2.0	26	96	4	93	30	16	22	32	1.95
27620782--27621140	158	2.3	157	80	4	407	24	31	25	18	1.98
27621259--27621310	26	2.0	26	88	0	77	28	15	25	30	1.96
27621977--27622029	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27622002--27622358	159	2.2	159	80	7	404	24	29	26	19	1.99
27622002--27622562	159	3.5	158	75	9	385	24	27	27	20	1.99
27622622--27622957	184	1.8	184	85	2	469	23	29	27	19	1.98
27623579--27623631	26	2.0	26	85	7	72	28	24	24	22	2.00
27623605--27624036	159	2.7	159	76	6	374	25	30	26	17	1.98
27624081--27624136	26	2.2	26	90	0	85	28	19	23	28	1.98
27626568--27627000	158	2.7	158	76	4	390	22	30	27	19	1.98
27628568--27628620	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27629239--27629288	26	1.9	26	88	8	75	28	20	24	28	1.99
27629581--27629633	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27628922--27629999	343	3.1	341	79	5	1058	24	28	25	20	1.99
27629786--27630145	184	2.0	184	80	2	409	25	28	24	21	1.99
27637577--27637629	26	2.0	26	85	0	70	24	22	28	24	2.00
27637955--27638007	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27638456--27638508	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27639202--27639604	158	2.6	159	78	7	401	24	29	28	18	1.98
27639677--27639729	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27640939--27640991	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
27640905--27641273	197	1.9	197	79	2	427	26	28	23	21	1.99
27641637--27641689	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27642018--27642070	26	2.0	26	92	7	90	30	22	22	24	1.99
27642043--27642405	158	2.3	157	80	3	388	24	30	26	19	1.98
27642043--27642488	159	2.8	157	75	4	410	23	28	27	19	1.99
27640977--27642615	882	1.9	882	81	2	2043	24	28	25	21	1.99
27642519--27642571	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
27643359--27643411	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27645766--27645816	26	2.0	26	96	0	93	25	15	31	27	1.96
27646790--27646842	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
27647494--27647544	26	2.0	26	92	0	84	29	13	25	31	1.94
27648133--27648185	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27648476--27648528	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
27648684--27648733	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
27648864--27648916	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27648663--27649298	198	3.4	178	75	12	571	24	27	26	21	1.99
27649246--27649323	26	3.0	26	88	3	113	29	20	23	26	1.99
27649062--27649500	210	2.1	210	84	5	566	25	27	26	21	1.99
27649272--27650126	184	4.5	184	75	9	714	24	27	26	21	1.99
27649640--27649692	26	2.0	26	92	0	88	24	15	26	33	1.95
27649849--27649901	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27650033--27650085	26	2.0	26	85	0	70	28	18	18	33	1.95
27650121--27650850	158	4.6	154	70	9	421	22	30	26	20	1.98
27650123--27650850	317	2.3	316	79	4	777	22	30	26	20	1.98
27650824--27650876	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27651205--27651257	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27651231--27651689	159	2.9	158	79	5	527	24	31	25	18	1.98
27652891--27652944	26	2.1	26	86	6	74	25	16	25	31	1.97
27653063--27653494	158	2.7	157	76	3	436	24	29	27	18	1.98
27653063--27653515	159	2.9	157	76	4	435	23	30	27	18	1.98
27653564--27653615	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
27655240--27655290	26	2.0	26	88	7	77	31	15	25	27	1.96
27656446--27656498	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
27656945--27656997	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656970--27657416	159	2.8	158	77	3	459	22	29	28	19	1.98
27656443--27657564	500	2.2	500	83	3	1391	24	29	26	19	1.98
27657446--27657497	26	2.0	26	84	0	68	28	17	25	28	1.97
27658182--27658232	26	2.0	26	100	0	102	27	15	27	29	1.96
27658208--27658651	159	2.8	157	77	3	460	22	30	28	18	1.97
27658718--27659164	158	2.8	157	80	5	474	26	30	25	18	1.98
27659193--27659245	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27659035--27659403	184	2.0	183	83	3	465	23	27	26	23	2.00
27658179--27659820	500	3.3	497	81	4	1754	23	28	27	20	1.99
27659219--27659670	159	2.9	159	76	4	367	21	28	28	21	1.99
27659695--27659746	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
27660725--27660776	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
27662004--27662056	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
27662727--27662779	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27662752--27663041	159	1.8	159	82	4	370	24	31	27	17	1.97
27663071--27663123	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27663766--27663818	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27664547--27664596	26	1.9	26	87	0	73	26	22	28	24	1.99
27664400--27664924	184	2.9	184	81	4	589	23	30	26	19	1.98
27665199--27665249	26	2.0	26	92	0	84	23	15	31	29	1.95
27665554--27665606	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27664944--27665691	356	2.1	356	83	4	909	24	27	28	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27665789--27666287	158	3.2	157	75	9	370	25	29	25	19	1.98
27666263--27666313	26	2.0	26	92	0	84	25	19	27	27	1.99
27666644--27667145	158	3.2	157	75	8	498	22	29	27	20	1.99
27667840--27667891	26	2.0	26	92	3	88	30	21	23	25	1.99
27668183--27668260	26	3.0	26	88	3	113	25	16	28	29	1.97
27668416--27668468	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27668442--27668943	159	3.2	155	77	7	467	24	29	25	21	1.99
27669639--27669691	26	2.0	26	82	13	65	26	20	26	26	1.99
27669822--27669874	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
27670539--27670591	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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