genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  212  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21918639--21919459	159	5.2	159	73	5	521	19	27	30	23	1.98
21918646--21919459	318	2.6	317	81	1	914	19	27	30	23	1.98
21919432--21919484	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21920164--21920216	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
21920330--21920725	159	2.5	157	73	7	359	21	25	28	24	1.99
21920850--21920902	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
21920916--21921380	159	2.9	160	79	6	498	18	25	31	24	1.98
21921352--21921404	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
21921755--21922061	158	1.9	159	81	2	366	19	26	29	23	1.98
21922035--21922087	26	2.0	26	96	0	97	24	24	20	30	1.99
21922767--21922819	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21922792--21923293	159	3.2	155	77	8	503	20	26	30	22	1.98
21923267--21923319	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21923109--21923478	184	2.0	183	84	5	478	20	27	29	22	1.99
21923293--21923667	158	2.4	157	79	7	409	19	28	30	21	1.97
21922730--21923669	500	1.9	501	86	2	1336	19	27	29	22	1.98
21923981--21924033	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21924007--21924510	159	3.2	160	76	7	445	20	26	29	23	1.99
21924482--21924534	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21924324--21924693	184	2.0	184	83	3	467	21	27	28	22	1.99
21925344--21925396	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21925410--21925757	184	2.0	176	79	11	381	18	28	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21925759--21925806	21	2.3	21	77	0	51	20	25	39	14	1.91
21925578--21925974	205	1.9	205	85	3	548	17	26	32	22	1.97
21928921--21928973	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21929289--21929341	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
21929314--21929821	159	3.2	156	77	8	477	18	27	30	23	1.98
21929797--21929852	26	2.2	26	93	0	94	30	21	17	30	1.96
21929803--21929864	26	2.4	26	88	0	97	25	22	17	33	1.96
21929803--21929873	26	2.7	26	84	4	81	28	22	16	32	1.96
21930789--21930841	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21931353--21931405	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21931852--21931904	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21932217--21932272	26	2.2	26	86	0	76	28	25	17	28	1.98
21932748--21932799	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
21939392--21939444	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
21939894--21939946	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
21940091--21940143	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
21939799--21940302	197	2.6	197	81	5	534	19	26	28	25	1.99
21940591--21940643	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21940967--21941386	159	2.6	159	80	5	465	17	27	30	23	1.97
21941847--21942257	159	2.6	158	77	4	407	17	28	29	24	1.97
21941753--21942256	158	3.2	157	73	6	446	19	27	30	23	1.98
21942609--21942661	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21940969--21943165	870	2.5	868	82	3	2553	19	27	29	22	1.98
21942722--21943138	159	2.6	157	76	7	385	18	28	29	23	1.98
21944239--21944289	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
21944263--21944764	158	3.2	158	81	3	598	19	26	31	22	1.98
21945106--21945158	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
21945132--21945502	159	2.3	158	76	4	379	22	25	28	23	1.99
21945608--21945660	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21945817--21945869	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
21946918--21947577	158	4.2	155	74	9	487	19	26	30	23	1.98
21947235--21947919	342	2.0	342	84	3	896	20	27	29	23	1.98
21947577--21948077	158	3.2	158	76	6	503	21	27	28	22	1.99
21948054--21948103	26	1.9	26	87	0	73	24	24	22	30	1.99
21948602--21948654	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
21948439--21949193	354	2.1	353	80	3	822	22	26	28	23	1.99
21949602--21949654	26	2.0	26	85	0	70	26	28	20	24	1.99
21949699--21950131	159	2.7	158	78	3	458	17	27	30	24	1.97
21950103--21950154	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
21950825--21950877	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
21951040--21951163	65	1.9	65	96	0	230	26	19	29	25	1.98
21951625--21951677	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21951651--21952151	159	3.2	157	72	10	453	19	26	30	22	1.98
21952125--21952176	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21952872--21953212	158	2.2	157	80	5	384	20	27	29	22	1.98
21954197--21954249	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
21959475--21959527	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21959940--21959991	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
21962038--21962088	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
21962636--21962677	19	2.2	19	100	0	84	21	35	42	0	1.53
21962921--21962973	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21963654--21963706	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21965147--21965199	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21965867--21965919	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
21966249--21966376	43	3.0	43	96	0	238	23	16	40	19	1.91
21967109--21967161	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
21968174--21968226	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21968358--21968410	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
21969208--21969260	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21969714--21970038	170	1.9	170	83	5	424	21	27	28	22	1.99
21970011--21970063	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21970037--21970712	314	2.1	316	84	4	880	19	27	30	21	1.98
21970097--21970718	159	3.9	155	74	9	533	18	27	31	22	1.97
21970819--21970869	26	2.0	26	88	11	79	27	25	17	29	1.98
21971172--21971275	26	4.0	26	93	0	181	32	25	19	23	1.97
21971250--21971754	159	3.2	158	75	7	414	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21971726--21971804	26	3.0	26	87	7	108	26	21	20	31	1.98
21972474--21972526	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
21972500--21972923	159	2.7	158	75	5	388	19	26	32	22	1.97
21972976--21973028	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
21973071--21973607	185	2.8	184	80	6	522	18	26	29	24	1.98
21972820--21973608	381	2.1	381	88	0	1139	19	25	29	24	1.99
21974272--21974324	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21974298--21974789	159	3.1	155	76	6	504	18	26	31	22	1.97
21974772--21974824	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
21974622--21975011	185	2.1	183	84	0	492	20	25	29	24	1.99
21975663--21975715	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
21975689--21976103	159	2.6	157	76	5	413	19	28	31	20	1.97
21976514--21977114	159	3.8	159	74	6	432	19	26	29	23	1.98
21977088--21977140	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
21977472--21977521	26	1.9	26	92	8	84	26	26	20	28	1.99
21977495--21977996	158	3.2	157	80	4	560	19	27	29	23	1.98
21977973--21978022	26	1.9	26	92	8	84	28	22	18	32	1.97
21976612--21978904	882	2.6	879	82	3	2584	21	26	28	23	1.99
21978850--21978902	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21979574--21979626	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
21979758--21979810	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
21979994--21980285	157	1.8	157	81	4	363	19	28	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21980259--21980311	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21981246--21981298	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21981919--21981970	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
21982286--21982338	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
21982209--21982642	218	2.0	218	87	0	627	19	29	26	25	1.99
21982505--21982556	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
21983809--21983861	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21984531--21984583	26	2.0	26	92	0	88	30	28	18	22	1.98
21984581--21984607	13	2.1	13	100	0	54	40	22	29	7	1.81
21984594--21984939	184	1.9	184	84	3	464	20	27	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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